Haploskupina DE

Haploskupina DE  je lidská Y-chromozomální haploskupina . Je určena mutacemi jednonukleotidového polymorfismu M1(YAP), M145(P205), M203, P144, P153, P165, P167, P183 [5] .

Je známá díky jedinečnému polymorfismu události , který ji definuje,  vložení YAP . K této mutaci došlo, když kopie Aluovy DNA přidala kopii k chromozomu Y. Y-chromozomy obsahující mutaci YAP se tedy nazývají YAP+ a neobsahující - YAP-.

Vzhled

Pochází z mutace haploskupiny CT , která se vyskytla u muže , který žil asi před 68,5 tisíci lety (datum je určeno podle SNP podle YFulla [6] ).

Podle jedné verze se haploskupina DE a YAP+ objevila v Africe [7] . To je potvrzeno skutečností, že:

1. V Africe má YAP nejvyšší distribuci (přes 80 %).
2. DE obsahuje dvě podskupiny, které se fylogeneticky ani geograficky nepřekrývají.
3. Haploskupina C se objevila přibližně ve stejnou dobu jako DE někde v Asii a neexistují žádné důkazy, včetně archeologických důkazů, o migraci národů z Asie do Afriky v té době.

Podle jiné verze pochází YAP+ z Asie. To je podpořeno následujícími argumenty:

1. Vzhledem k přítomnosti YAP u přenašečů haploskupiny D v severovýchodní Indii a na Andamanských ostrovech lze předpokládat, že v jižní Asii některé z chromozomů M168 vedly k přidání YAP a mutace M174 [4] .
2. Haploskupina CT , z níž je DE odvozeno, je neafrického původu [8] .
3. Existují důkazy o poněkud pozdějších přesunech chromozomů z Asie do Afriky.

V roce 2016 Poznick a Underhill ukázali, že Y-chromozomální haploskupina E pochází mimo Afriku a společný předek všech neafrických linií (TMRCA), včetně haploskupin DE a CF žil před ~76 tisíci lety [9] . K rozdělení haploskupiny DE do podkladů D a E došlo před 69,0 ± 14,7 tisíci lety. n. došlo k příchodu přenašečů haploskupiny E do Afriky před 65,5 ± 8,5 tisíci lety [10] .

Chris Tyler-Smith a kolegové se domnívají, že linie DE a CF se rozcházely o 77 tisíc litrů. n. (na základě míry mutace 0,76×10-9 na nukleotidový pár za rok) [11] .

Etnogeografické rozšíření

Dosud nebyl nalezen jediný žijící zástupce paraskupiny DE . Nalezeno 5 vzorků od Nigerijců se ukázalo být ve skutečnosti vzácným podkladem haploskupiny D2 (A5580.2) [12] . Totéž platí pro vzorek od obyvatel Nalu z Guineje-Bissau [13] . Dva zástupci v Tibetu [14] se skutečně ukázali jako subklad D-M174 a také jeden vzorek z Altajské republiky v Beshpeltiru [15] .

Strom

Fylogenetický strom YCC 2008 [16] .

• DE (YAP, M145 [P205], M203, P144, P153, P165, P167, P183)
  • DE*
  • D (M174, (021355))
  • E (SRY4064, M96, P29, P150, P152, P154, P155, P156, P162)

Poznámky

1. ↑ Karafet a kol. (2008), Abstrakt Nové binární polymorfismy přetvářejí a zvyšují rozlišení lidského Y-chromozomálního stromu haploskupiny archivované 7. června 2008 na Wayback Machine , Genome Research, DOI: 10.1101/gr.7172008
2. ↑ Sibiřský genom z horního paleolitu odhaluje dvojí původ původních Američanů , Nature 505, 87–91 (02. ledna 2014)
3. ↑ Pod kopcem. Případ afrických spíše než asijských původů inzerce lidského Y-chromozomu YAP // Genetické, lingvistické a archeologické pohledy na lidskou rozmanitost v jihovýchodní Asii  (anglicky) . - 2001. - ISBN 9810247842 .
4. ↑ 1 2 Chandrasekar a kol. (2007), podpis vložení YAP v jižní Asii Archivováno 7. listopadu 2017 na Wayback Machine , 1: Ann Hum Biol. 2007 září-říjen;34(5):582-6.
5. ↑ Referenční webová stránka ISOGG. . Získáno 7. července 2009. Archivováno z originálu dne 20. května 2011. (neurčitý)
6. ↑ D.E. YTree . Získáno 23. července 2016. Archivováno z originálu 18. srpna 2016. (neurčitý)
7. ↑ Kámen, Lindo. Cesty, expanze prehistorického člověka // Geny, kultura a lidská evoluce  (neopr.) . — 2007.
8. ↑ Chuan-Chao Wang , Li Hui . Srovnání datování Y-chromozomální linie pomocí evoluční nebo genealogické míry mutace Y-STR , bioRxiv zveřejněno online 3. května 2014
9. ↑ Posnik GD a kol. (2016) Přerušované výbuchy v lidské mužské demografii odvozené z 1 244 celosvětových sekvencí Y-chromozomů Archivováno 28. května 2017 na Wayback Machine , Nature Genetics, 48, 593–599 .
10. ↑ Vicente M Cabrera a kol. Nositelé základních linií mitochondriální DNA makrohaploskupiny L3 migrovali zpět do Afriky z Asie asi před 70 000 lety Archivováno 14. ledna 2018 na Wayback Machine , 13. prosince 2017
11. ↑ Tyler-Smith, Chris; Xue, Yali; Thomas, Mark G.; Yang, Huanming; Arciero, Elena; ásan; Connell, Bruce A.; Jones, Abigail L.; Haber, Marc. Vzácná hluboce zakořeněná D0 africká Y-chromozomální haploskupina a její důsledky pro expanzi moderních lidí z Afriky  //  Genetics: journal. - 2019. - 13. června. - P. genetika.302368.2019 . — ISSN 0016-6731 . - doi : 10.1534/genetika.119.302368 . — PMID 31196864 .
12. ↑ Weale a kol. (2003), Rare Deep-Rooting Y Chromosome Lineages in Humans: Lessons for Phylogeography Archived 5. května 2009 na Wayback Machine , Genetics, Vol. 165, 229-234
13. ↑ Rosa a kol. (2007), Y-chromozomální diverzita v populaci Guinea-Bissau: multietnická perspektiva , BMC Evolutionary Biology vol . 7: 124, doi : 10.1186/1471-2148-7-124 , < http://www.biomedcentral. com/content/pdf/1471-2148-7-124.pdf > Archivováno 30. května 2009 na Wayback Machine 
14. ↑ Shi a kol. (2008) Důkaz chromozomu Y o nejranějším moderním lidském osídlení ve východní Asii a mnohonásobném původu tibetské a japonské populace Archivováno 31. března 2010 na Wayback Machine , BMC Biology
15. ↑ Charkov a kol. (2007)
16. ↑ Karafet a kol. (2008), Abstrakt Nové binární polymorfismy přetvářejí a zvyšují rozlišení lidského Y-chromozomálního stromu haploskupiny archivované 7. června 2008 na Wayback Machine , Genome Research, DOI: 10.1101/gr.7172008