Arkansas v občanské válce ve Spojených státech amerických byl zastáncem Konfederace .
Důvodem připojení státu ke Konfederaci jižních států (založené 8. února 1861 ) byla touha vlastníků bavlníkových plantáží vystoupit z Unie států amerických.
Největší bitva války, bitva u Pea Ridge, se odehrála v severozápadní části státu na jaře roku 1862 . Vojáci Konfederace zaútočili na armádu Unie a neuspěli.
V prosinci 1862 byla armáda Konfederace zcela poražena v severovýchodním Arkansasu v bitvě u Prairie Grove.
Nový státní kapitál byl založen v Little Rocku přívrženci odboru .
Během války se počet obyvatel státu výrazně snížil. Na bojišti zemřelo asi tisíc lidí bez ohledu na rasu.
Na konci války zavládla v Arkansasu devastace az tohoto důvodu byl zvolen kurs rekonstrukce.
Vliv ultraprávní organizace Ku Klux Klan se rozšířil.