Afinitní chromatografie je typ ligandové chromatografie. Ten je založen na reakci interakce oddělených nečistot s ligandem spojeným s inertním nosičem. V případě afinitní chromatografie působí biologicky aktivní látky ( proteiny , enzymy ) jako nečistoty , které vstupují do specifické biochemické interakce s ligandem (také zpravidla organickým ). Například: protilátka - antigen , hormon - receptor atd. Právě vysoká specifita takové interakce určuje vysokou účinnost afinitní chromatografie a její širokou distribuci (ve srovnání s jinými typy ligandové chromatografie).