Kapalinová chromatografie je chromatografie , ve které je mobilní fáze kapalina.
Kapalinová chromatografie se dělí na kapalinovou adsorpční (separace sloučenin nastává díky jejich rozdílné schopnosti adsorbovat a desorbovat z povrchu adsorbentu), kapalina-kapalina, případně distribuční (separace se provádí z důvodu různé rozpustnosti v mobilní fázi - eluent a stacionární fáze, fyzikálně sorbovaná nebo chemicky naroubovaná na povrch pevného adsorbentu), iontoměničová chromatografie, kde separace je dosaženo díky reverzibilní interakci analyzovaných ionizovatelných látek s iontovými skupinami sorbentu - iontoměniče. Zvláštní místo v použití metod kapalinové chromatografie zaujímá vylučovací gelová nebo gelová chromatografie a afinitní nebo biospecifická.
Kapalinová chromatografie jako metoda byla objevena v roce 1903 ruským vědcem Michailem Tsvetem , který ji použil k oddělení rostlinných pigmentů do sloupců, které tvoří křídový prášek . Metoda kapalinové chromatografie navržená Tsvetem byla nezaslouženě zapomenuta a po více než 30 let se téměř nepoužívala.