Infračervená mikroskopie je výzkumná metoda pozorováním vzorků přes mikroskop v infračerveném světle. Metoda je určena ke studiu vzorků velmi malých rozměrů (řádově mikrometrů). Navzdory tomu, že první komerční IR mikroskop se objevil v roce 1953, skutečný průlom v této oblasti nastal až s příchodem Fourierových IR spektrometrů, které díky svému vysokému rozlišení, vysoké intenzitě záření a možnostem počítačového zpracování spekter dosáhly skutečného průlomu. výrazně zvýšil citlivost mikroskopické analýzy [1] .
IR mikroskop se svým designem podobá běžnému světelnému mikroskopu: vzorek je také umístěn na stolek s předmětem a pozorován binokulárem . Vzorek je osvětlen buď zespodu (pro transmisní spektroskopii) nebo ze strany (pro reflexní spektroskopii). V tomto případě viditelné světlo pozorované experimentátorem i infračervené světlo zaznamenané detektorem prochází jedním společným optickým systémem, takže obraz v binokuláru odpovídá oblasti, která je analyzována v IR záření [1] .
IR mikroskopie se používá k analýze vzorků ve velmi malých množstvích (od 0,01 do 100 µg) nebo malých velikostech (od 10–1 do 10–3 mm), stejně jako kolísání koncentrace a inkluzí [1] .