Mikrokoková nukleáza je enzym, jehož hlavní vlastností je schopnost narušovat primární strukturu nukleových kyselin, zejména DNA , v oblastech mezi nukleozomy .
Jinými slovy, mikrokoková nukleáza odděluje nukleozomy od sebe, ničí oblast DNA, která je spojuje, ale neovlivňuje oblast DNA přímo spojenou s histonovými proteiny .
Preparáty mikrokokových nukleáz se v molekulární biologii používají ke studiu molekul chromozomální DNA.