Morfologie (v biologii ) studuje jak vnější strukturu (tvar, strukturu, barvu, vzory) organismu , taxonu nebo jeho součástí, tak vnitřní strukturu živého organismu (například morfologii člověka ). Dělí se na vnější morfologii (neboli eidonomii) a vnitřní morfologii (neboli anatomii ). Morfologie se liší od fyziologie v tom, že ta studuje především fungování organismu.
Ve skutečnosti pojem morfologie zavedl německý básník a přírodovědec I. W. Goethe a definoval jej jako „nauku o formě organických těles, jejich formování a přeměně“.
Také se používá termín "obecná morfologie", který se týká známých nebo hlavních rozlišovacích znaků organismu nebo morfologie taxonu. Popis obecné morfologie organismu může zahrnovat například jeho tvar, hlavní barvy, základní barvy atd., ale ne jemné detaily.
Většina taxonů se od ostatních liší morfologickými znaky. Blízké taxony mají zpravidla mnohem menší rozdíly než vzdálenější taxony s nimi příbuzné, existují však výjimky. Nespolehlivost spoléhat se pouze na morfologická data však spočívá v tom, že při analýze DNA dvou skupin morfologicky odlišných organismů se může ukázat, že všechny patří ke stejnému druhu. Naopak někdy se nepříbuzné taxony ukáží jako identické ve vzhledu prostřednictvím konvergentní evoluce nebo dokonce mimikry .