Synapomorfie - v biologické systematice : podobnost několika porovnávaných skupin podle odvozeného stavu znaku. Související pojem autapomorfie (autopomorfie) znamená jedinečný odvozený stav vlastnosti vlastní určité skupině jako celku [1] .
Přítomnost synapomorfií může naznačovat, že ti, ve kterých se nacházejí, mohou tvořit jednu monofyletickou skupinu. Důležitým úkolem praktické taxonomie je odlišit synapomorfie od symplesiomorfií (podobnosti výchozího stavu znaku) a homoplazií (případy samostatného získávání odvozených stavů znaku, mezi nimiž existuje povrchní podobnost).
Dobrý příklad vysvětlující vztah mezi koncepty synapomorfie a autapomorfie : halteres dvoukřídlého hmyzu (řád Diptera ). U všech zástupců dvoukřídlých je druhý pár křídel upraven podobným způsobem: křídla jsou přeměněna na kyjovité útvary, tzv. „halteres“. Tato funkce je jedinečná. Mimo Diptera, v jiných řádech hmyzu, lze nalézt mnoho příkladů různých modifikací druhého páru křídel, ale nikdy nevypadají takto. Zvažujeme-li otázku, zda má cenu zařazovat určitou skupinu hmyzu do dvoukřídlých, hovoříme o přítomnosti halteres jako synapomorfii všech známých zástupců řádu. Pokud přitom (např. při konstrukci soustavy veškerého hmyzu) považujeme řád dvoukřídlých jako celek za další nerozložitelnou jednotku analýzy, skupinu, jejíž monofylii považujeme za dostatečně dobře podloženou, přítomnost halteres je považován za autapomorfie řádu Diptera.
Mezi zástupci řádu dvoukřídlých se však obecně vyskytuje bezkřídlý hmyz, například brauly nebo Melophagus , kteří nemají ani přední pár křídel, ani ohlávku.