Jezuitský kostel je jedním z nejstarších kostelů ve Vallettě a zároveň jedním z největších v místní diecézi. Na církevním území se kromě samotného chrámu nachází také kolej. Svatý Ignác de Loyola , zakladatel jezuitského řádu , se rozhodl založit kolej na Maltě již v roce 1553 , ale jeho podoba byla realizována až v roce 1592 , kdy dal papež Klement VIII příslušné pokyny. 4. září 1595 velmistr řádu špitálních Martin Garzezpoložil k němu základní kámen. Jezuitská kolej byla původně církevní, nikoli vědecká, kde se připravovali kandidáti na kněžství.
V září 1634 došlo v areálu kostela k velké explozi, která způsobila vážné škody jak chrámu, tak koleji. Přestavby nového kostela se ujal vojenský inženýr a architekt řádu johanitů Francesco Buonamici z Luccy . Kostel byl první stavbou na Maltě , na jejíž stavbu dohlížel v té době celosvětově uznávaný architekt. Průčelí kostela je barokní , interiér je dórský .
Jezuité vedli kolej až do roku 1798 , kdy velmistr Manuel Pinto da Fronseca musel kvůli francouzské okupaci opustit ostrov. V průběhu let škola obnovila svou činnost a stala se známou jako University of Malta.