Multiproteinový komplex (nebo jednoduše proteinový komplex ) je skupina dvou nebo více spojených polypeptidových řetězců. Různé polypeptidové řetězce mohou mít různé funkce. Multiproteinový komplex se liší od multienzymatického polypeptidu tím, že v něm jsou četné katalytické domény umístěny v jednom polypeptidovém řetězci [1] .
Proteinové komplexy jsou formou kvartérní struktury . Proteiny , které tvoří proteinové komplexy, jsou spojeny nekovalentními interakcemi protein-protein a různé proteinové komplexy mají různý stupeň stability v průběhu času. Tyto komplexy jsou základním kamenem mnoha (ne-li většiny) biologických procesů a společně tvoří různé typy molekulárních strojů, které plní širokou škálu biologických funkcí. Vědci stále častěji uvažují o buňce jako o komponentě sestávající z modulárních supramolekulárních komplexů, z nichž každý vykonává nezávislou, diskrétní biologickou funkci [2] .
Díky blízkosti lze výrazně zlepšit rychlost interakcí a selektivitu vazby mezi enzymovým komplexem a substráty , což má za následek vyšší buněčnou účinnost. Mnohé z technik používaných k pitvě buněk a izolaci proteinů jsou ze své podstaty destruktivní pro takové velké komplexy, a proto je často obtížné určit složky, které tvoří proteinový komplex. Příkladem proteinových komplexů jsou molekulární degradační proteazomy a většina RNA polymeráz . Ve stabilních komplexech se velké hydrofobní interakce mezi proteiny obvykle skrývají na ploše více než 2500 čtverečních angstromů [3] .
Molekulární strukturu proteinových komplexů lze určit pomocí experimentálních technik, jako je rentgenová krystalografie , analýza jednotlivých částic nebo nukleární magnetická rezonance (NMR).