Lidé poprvé osídlili území Papuy-Nové Guineje před 60-45 tisíci lety z území jihovýchodní Asie , když překonali několik mořských průlivů. V té době byla hladina moře nižší a ostrov byl jedním se sousedními ostrovy as Austrálií . Nejstarší naleziště v Papui Nové Guineji byla nalezena v údolí Ivane v nadmořské výšce cca. 2 tisíce metrů nad mořem ( okres Goilala , centrální provincie ). Stáří lokalit je 49 tisíc let [1] [2] .
Hladina moří stoupla na konci poslední doby ledové, asi před 12 000 lety. Na území ostrova se nacházelo jedno z nejstarších středisek zemědělství. Podle archeologických údajů tam vznikl asi před 8-10 tisíci lety, téměř současně s úrodným půlměsícem (viz starověká zemědělská osada Cook (Cook Swamp)).
V době evropské kolonizace bylo území Papuy-Nové Guineje obýváno Papuánci a Melanésany . Žili v podmínkách doby kamenné , lovili, rybařili a sbírali. V horských oblastech ostrova - zemědělství.
Novou Guineu objevil v roce 1526 portugalský mořeplavec Jorge de Menezes . Jméno ostrova dal španělský mořeplavec Iñigo Ortiz de Retes v roce 1545, když viděl podobnost obyvatelstva s obyvatelstvem Africké Guineje .
Průzkum ostrova a pronikání Evropanů tam začalo až v 19. století. Ruský badatel Nikolaj Miklucho-Maclay tedy žil mezi Papuánci celkem téměř čtyři roky (v 70. a na počátku 80. let 19. století). V 19. století Papuu Novou Guineu navštěvovali i další Evropané – obchodníci, velrybáři, misionáři. Evropané přinesli první železné nástroje na Papuu-Novou Guineu.
Od roku 1884 je jihovýchodní část ostrova Nová Guinea ( Papua ) pod nadvládou Britského impéria , které ji na počátku 20. století převedlo do Austrálie . Severovýchodní část ostrova Nová Guinea s přilehlými ostrovy - Bismarckovým souostrovím a dalšími (tomuto území byl později přidělen název Nová Guinea) byla v 80. letech 19. století dobyta Německem ( německy Nová Guinea ) , po 1. světové válce přenesena do Austrálie v roce 1920 jako mandátní území Společnosti národů (později svěřenecké území Spojených národů ).
Během druhé světové války byla významná část ostrova Nová Guinea zajata Japonskem ( Kampaň Nová Guinea ). V letech 1942-1945 probíhaly na ostrově tvrdohlavé boje mezi japonskými a anglo-americkými jednotkami. Od té doby se na Papui Nové Guineji každoročně slaví 23. červen jako den památky padlých v této válce.
V roce 1949 byly obě části (Papua a Nová Guinea) administrativně spojeny australskými úřady.
V roce 1973 získalo území Papuy-Nové Guineje vnitřní samosprávu. V září 1975 se stal nezávislým státem.
V letech 1988-1997 probíhala na ostrově Bougainville partyzánská válka - revoluční armáda Bougainville bojovala za oddělení ostrova od Papuy-Nové Guineje. K boji proti partyzánům využila vláda Papuy-Nové Guineje téměř všechny ozbrojené síly země (asi 2 tisíce vojáků a důstojníků) a také požádala o pomoc Austrálii, která vyslala malý vojenský kontingent a najala skupinu profesionálních žoldáků. Během této války zemřelo asi 15 tisíc lidí [3] . Válka vedla ke vzniku autonomní oblasti Bougainville
V roce 2012 došlo v hlavním městě země k povstání Yauru Sasu ve snaze vrátit moc bývalému premiérovi Michaelu Somarovi [4] , v létě téhož roku pak kanibalská sekta narušila volby terorizací místního obyvatelstva v Madangu . provincie [5] .