Preparativní chromatografie je typ chromatografie prováděný s cílem izolovat jednotlivé sloučeniny ze směsi. Na rozdíl od analytické chromatografie se preparativní separace provádějí na kolonách s velkým průměrem a používají speciální zařízení pro sběr jednotlivých složek (frakcí). V laboratorní praxi se používají kolony o průměru 8-15 mm a obvykle se izoluje od 100 mg do 10 g jednotlivé látky; V průmyslu byly vytvořeny kolony o průměru až 0,5 metru, na kterých je možné provádět separaci několika tun látky. Účinnost preparativních kolon je nižší než u kolon používaných v analytické chromatografii .
Preparativní chromatografie má řadu významných rozdílů od analytické chromatografie. Cílem preparativní chromatografie je izolovat, obohatit nebo vyčistit složky vzorku, zatímco pro analytickou chromatografii je hlavním cílem získat kvalitativní nebo kvantitativní informace. Praktickým účelem je množství vyčištěného materiálu za jednotku času. Velikost vzorku v případě mikropreparativní chromatografie může být menší než 100 mg, u preparativní chromatografie od 100 mg do 100 g, u makropreparativní chromatografie více než 100 g. Zátěž kolony se snaží o co největší, až 100 mg. na 1 g balení. Při oddělování píků látek často postačuje střední stupeň rozlišení. Detektor je žádoucí, ale není nutný. Frakce vzorku jsou odebírány, mobilní fáze může být vrácena zpět do systému [1] .