Konfounding je faktor ohrožující vnitřní validitu spočívající v tom, že závislá proměnná je obvykle ovlivňována různými irelevantními podněty , kterých se v podstatě nelze zbavit. Úkolem výzkumníka je určit míru vlivu těchto podnětů na závisle proměnnou, aby si byl jistý, jaký vliv na ni má změna nezávislé proměnné, která je pro experimentátora zajímavá .
Při studiu vlivu různých částí mozku na chování zvířat může samotná skutečnost podstoupení operace k odstranění odpovídající části změnit chování pokusného zvířete (například Gaffanův experiment ).