| Fykoerythrin, α/β řetězce | |
|---|---|
| Identifikátory | |
| Symbol | Phycoerythr_ab |
| Pfam | PF02972 |
| Interpro | IPR004228 |
| SCOP | 1qgw |
| NADRODINĚ | 1qgw |
| Dostupné proteinové struktury | |
| Pfam | struktur |
| PNR | RCSB PNR ; PDBe ; PDBj |
| PDB součet | 3D model |
Fykoerythrin (z jiného řeckého φῦκος - řasa a ἐρῠθρός - červená) je další červený fotosyntetický pigment nalezený v sinicích a červených řasách . Fykoerythrin, stejně jako všechny fykobiliproteiny , sestává z proteinové části sestavené z α- a β-částic organizovaných do šestiúhelníku a kovalentně spojených s chromofory , nazývanými fykobiliny . Fykoerytriny jsou schopny se vázat na největší počet fykobilinů (až šest na α-β dimer).
Absorpční maximum ve viditelné části spektra je přibližně 495 a 546/566 nm a závisí na konkrétním organismu . Emisní pík je v oblasti 575 ± 10 nm (fykoerythrin absorbuje světle zelenomodré/nažloutlé světlo a vyzařuje světle žlutooranžové).
Fykoeryrin je pomocný pigment v chlorofylu . Světelná energie je zachycena fykoerytrinem a poté přenesena do reakčního centra prostřednictvím fykobiliproteinů fykocyaninu a alofykocyaninu .
R-fykoerythrin se používá v laboratořích jako fluorescenční indikátor přítomnosti sinic a pro značení protilátek v technice zvané imunofluorescence . Existují také další typy fykoerythrinů, jako je B-fykoerythrin, které mají mírně odlišné spektrální charakteristiky. B-fykoerythrin absorbuje hlavně kolem 545 nm (světle nažloutlá zelená) a vyzařuje 572 nm (žlutá), takže je vhodnější pro některé laboratorní aplikace. B-fykoerythrin je také méně lepivý než R-fykoerythrin a hůře reaguje na signály pozadí v důsledku nespecifické vazby za určitých podmínek.
R-fykoerythrin a B-fykoerythrin patří mezi nejjasnější objevená fluorescenční barviva.
R-fykoerythrin je produkován hlavně červenými řasami. Protein se skládá ze tří různých podjednotek a jeho složení se liší v závislosti na řasách, které ho produkují. Nejběžnější uspořádání R-fykoerythrinových podjednotek je (αβ) 6 γ. Dva fykoerytrobiliny (PEB) jsou připojeny k podjednotce α, dva nebo tři PEB a jeden fykurobilin (FUB) jsou připojeny k podjednotce β, ale podjednotka γ podle posledních údajů obsahuje tři PEB a dva FUB (γ1) nebo jeden nebo dva PEB a jeden FUB (γ2). Molekulová hmotnost R-fykoerythrinu je 250 000 daltonů .
Jak bylo uvedeno výše, fykoerythrin lze nalézt v mnoha různých typech řas, a proto existuje mnoho jeho odrůd, které se liší úrovní absorpce a emise světla, které je nutné k usnadnění fotosyntézy . Může to být důsledek usazení řas ve vodním sloupci az toho vyplývající změna účinnosti pomocného pigmentu.
S rozvojem technologie zabraňující rychlému fotobělení se proteinové fluorofory staly mocným nástrojem pro výzkum v oblastech, jako je mikroskopie , analýza mikrotubulů a Western blotting. Ve světle toho všeho se pro výzkumníky stalo výhodným hledat odrůdy R-fykoerythrinu, aby mohli určit tu nejvhodnější pro každý typ výzkumu. I sebemenší zvýšení fluorescence může snížit šum na pozadí a omezit falešné negativy.