Vlajka Ærø je neoficiální vlajka ostrova Ærø . Na vlajce jsou tři barvy: žlutá, zelená a červená.
Červená a žlutá barva symbolizují prapor vévody Kristiána, bratrance Kristiána IV . Zelená symbolizuje zelený ostrov Ærø . Vlajka byla údajně vytvořena v letech 1622 až 1633 princem Christianem.