Dějiny geobotanické vědy lze podmíněně rozdělit do tří období: období předparadigmatu , období paradigmatu diskrétnosti vegetace a moderní období.
Jako každá věda byla geobotanika v období před paradigmatem eklektickým mixem různých alternativních hypotéz a soupeřících vědeckých komunit, z nichž každá, počínaje určitými fakty, vytváří své vlastní modely, aniž by příliš lákala jakékoli vnější autority.
První, fragmentární studie vegetace pocházejí z 16. - 17. století. Až do počátku 20. století se studium vegetačního krytu provádělo v rámci botanické geografie , geobotanika nevystupovala jako samostatná věda, neměla vlastní pojmový a terminologický aparát. Současně studie ruského vědce V. V. Dokučajeva ( 1846-1903 ) daly významný impuls k systematickému studiu vegetace .
Na počátku 20. století nabylo studium rostlinných společenstev značného rozsahu, takže bylo nutné koordinovat výzkum a vytvořit jednotnou terminologii pro novou vědu.
Za zrod geobotaniky jako vědy je považován rok 1910 , kdy byl na III. mezinárodním botanickém kongresu v Bruselu poprvé navržen název hlavního syntaxonu (klasifikační jednotky) vegetace - asociace . Fytocenózy v tomto období byly považovány za historicky vytvořené útvary reálného života s deterministickou strukturou, víceméně od sebe oddělené. Tento přístup byl založen na analogii rostlinného společenstva a organismu, proto se toto paradigma nazývalo také organismismus . Badatelé byli pod vlivem „otiskování“ (Meyen, 1977) vzorů odhalených při studiu organismů a podvědomě se snažili vidět jedince podobné rostlinám a typologické jednotky podobné rostlinným druhům na fytocenotické úrovni organizace vegetace.
Právě tento přístup používali největší a nejuznávanější geobotanikové té doby - F. Clements a V. N. Sukačev.
Za počátek novověku v dějinách geobotaniky je považována polovina 20. století, kdy bylo chápání vegetačního krytu jako souboru diskrétních fytocenóz nahrazeno pojmem vegetační kryt jako kontinuum . považuje fytocenózy za konvence, uměle izolované z rostlinného kontinua. Od 50. let minulého století začala nahrazovat koncept diskrétnosti. Tento koncept je založen na individualistické hypotéze, kterou poprvé formuloval ruský vědec L. G. Ramensky v roce 1910 . Podstatou této hypotézy je, že každý druh je specifický svým vztahem k vnějšímu prostředí a má ekologickou amplitudu , která se zcela neshoduje s amplitudami ostatních druhů (to znamená, že každý druh je distribuován „individuálně“). Každé společenstvo je tvořeno druhy, jejichž ekologické amplitudy se za daných podmínek prostředí překrývají. Když se změní nějaký faktor nebo skupina faktorů, bohatství postupně klesá a některé druhy mizí, objevují se jiné druhy a zvyšují bohatství, a tímto způsobem dochází k přechodu od jednoho typu rostlinných společenstev k jinému. Vzhledem ke specifičnosti (individuálnosti) ekologických amplitud druhu tyto změny neprobíhají synchronně a s postupnou změnou prostředí se postupně mění i vegetace. Objektivně existující komunity s deterministickou strukturou a dynamikou proto nelze vyčlenit.
Názory Ramenského a řady zahraničních vědců, kteří prosazovali podobné myšlenky, nebyly v geobotanické komunitě chápány a přijímány až do 50. let 20. století. Důvodem je jak nepřipravenost vědecké komunity přijmout inovativní myšlenky kontinualistů, tak kolosální prestiž badatelů, kteří se drží postojů organismů.
K „reanimaci“ myšlenek prvních kontinualistů došlo v 50. a 60. letech 20. století. V SSSR začal systematický výzkum založený na continualistickém paradigmatu na počátku 70. let 20. století, především díky úsilí V. I. Vasileviče, V. D. Aleksandrové a B. M. Mirkina.
V současnosti téměř všude převládá pohled na vegetační kryt jako na kontinuum, nicméně se má za to, že za různých ekologických podmínek může být stupeň kontinua různý: přibývá ve stepích, v podmínkách luk, ruderálních společenstev, tundry , atd. a ubývá v boreálních, subboreálních a subtropických lesích.