Třetí období rozvoje biogeografie je charakteristické obrovskými vědeckými akvizicemi v oblasti přírodopisu. Hluboké povědomí o floristicko-faunistických a paleontologických datech již nezapadá do biblického vidění světa o stvoření světa. Nové paleontologické nálezy svědčily o tom, že se živé bytosti zlepšily od nejstarších po moderní geologické vrstvy, ve kterých byly objeveny. Absence některých článků v tomto řetězci se stala základem pro vznik kompromisu mezi náboženským a vědeckým světonázorem teorie katastrof. Vychází z toho, že stvořitel v každém geologickém eposu vytváří pro něj zvláštní organický svět, který ho po určité době ničí za hříchy. Poté začíná nový akt stvoření a mrtví tvorové jsou nahrazeni novými – vylepšenými. Během existence života na Zemi se to několikrát opakovalo.
Teorie katastrof se utvářela několik desetiletí, ale za jejího autora je považován francouzský zoolog a paleontolog J. Cuvier. V tomto období pokračoval rozvoj biologie a geografie pod vlivem teorie katastrof, kterou stoupenci J. Cuviera dovedli až k absurditě. Postupem času, když byly nalezeny chybějící články stromu života, nebylo třeba vysvětlovat teorii evoluce organického světa.
Třetí období je známé z prací německého vědce O. Humboldta. V letech 1799 - 1804 . společně s Francouzem E. Bonplandem prozkoumávali přírodu Střední a Jižní Ameriky. Výsledkem této výpravy bylo 30svazkové dílo Cesta do rovných oblastí Nového světa . 16 svazků, který je věnován studiu rostlin a živočichů tohoto subkontinentu. Systematizace jeho vlastního a materiálu shromážděného jeho předchůdci umožnila pochopit obecný obraz rozšíření živých organismů na pláních a horských systémech. A. Humboldt určil závislost rozšíření různých druhů vegetace na přírodních podmínkách a především klimatu. Vysvětlil myšlenku o šíření šířkové zonálnosti v závislosti na odpovídajících izotermách, položil základy nauky o centrech původu kulturních rostlin, která ve 20. stol. pokračoval ve vývoji ruský vědec N. Vavilov . Humboldt položil základy doktríny rostlinných seskupení - fytocenóz , která se formovala v následujících obdobích, stejně jako doktríny rostlinných forem života.
Z regionálních prací tohoto období můžeme jmenovat 4svazkové dílo C. Ledebour Flora of Russia, které popisuje více než 6,5 tisíce druhů cévnatých rostlin, včetně 400 nových druhů. Mezi pracemi historického směru stojí za zmínku švýcarské vědce O. (otec) a A. Dekandolev. Otec navrhl srovnávací morfologii (homologii) rostlin a připravil 7svazkové dílo Vstup do přirozeného systému rostlinné říše , na které pokračoval jeho syn - 8-17 svazků.
Ekologický směr v biogeografii vyvinul profesor moskevské univerzity K. Rul'e , který je považován za jednoho ze zakladatelů ekologie a evoluční paleontologie. Jeho žák M. Severtsov napsal 1. ekologickou monografii Periodické jevy v životě zvířat, ptáků a plazů Voroněžské provincie, ve které vysvětlil vliv fyzických a geografických podmínek na procesy migrace, rozmnožování, osídlení atd. sledování spojení mezi zvířecím světem a lesostepní krajinou. Princip aktualismu a historismu umožnil vysvětlit představy o vlivu faktorů prostředí na proměnu živých organismů. Tento vědec je považován za autora prvního holistického učení o divoké přírodě. Současně s G. Treviranusem zavedl do vědeckého použití termín biologie . Díla J. Lamarcka sehrála pozitivní roli v tom, že teorie katastrof začala ztrácet na významu.
To znamená, že 3. období v historii vývoje biogeografie je charakterizováno položením základů pro rozvoj hlavních oblastí vědy, zavedením a vyvrácením teorie katastrof a přípravou základů pro vysvětlení evoluční teorie vývoje života na Zemi.