Etnologické misijní muzeum ( italsky Museo Missionario Etnologico ) je jedním z Vatikánských muzeí . První expozice muzea vznikla v roce 1926 na příkaz papeže Pia XI . a byla umístěna v Lateránském paláci . Expozice, která zahrnovala předměty shromážděné křesťanskými misionáři z celého světa: Čína, Japonsko, Korea, Tibet a Mongolsko, Afrika, Amerika a Oceánie, trvala do roku 1963 ). Poté ji papež Pavel VI . přenesl do Vatikánu. Nejprve sbírka muzea obsahovala asi 40 000 exponátů, později speciální komise vybrala k doplnění expozice asi 100 000 předmětů z celého světa.
Historie muzea začala Světovou misijní výstavou, kterou papež Pius XI. hodlal uspořádat v roce 1925 u příležitosti Jubilejního roku katolické církve (vyhlašované Vatikánem každých 25 let), ke které chtěl připojit významného misionáře význam. Ve 24 pavilonech speciálně postavených pro tuto příležitost byla ve Vatikánských zahradách představena misijní činnost církve od jejích počátků. Výstava měla úspěch a většinu materiálů tvořila expozice Etnologického misijního muzea, založeného 12. listopadu roku 1926.
Muzeum také vystavuje dary římské církve a osobně papežům jménem různých kongregací a jednotlivců. Muzeum má část nazvanou „Borgia Museum“, ve které jsou uloženy předměty shromážděné kardinálem Stefanem Borgiou nebo darované misionáři Sacra Congregatio de Propaganda Fide od jejího založení v roce 1622.