Autoantigeny jsou molekuly látek v buňkách, orgánech a tkáních vyšších živočichů, které jsou za určitých podmínek rozpoznány jako cizí.
Patří sem proteiny, jejichž syntéza začíná po dozrání imunitního systému (například ty, které jsou součástí spermatu, mateřského mléka) [1] , makromolekuly orgánů oddělených od imunitního systému histohematickou bariérou. Patří mezi ně hemato-encefalické , hemato-likvorové, hemato-testikulární , hemato-glomerulární , hemato-retinální , hemato-oftalmické, hemato-thymické .
Při porušení propustnosti těchto bariér nebo jiných poruch, při kterých imunitní systém vnímá normální proteiny jako cizí. V důsledku toho začíná vývoj autoimunitní reakce. Mohou vést k rozvoji široké škály autoimunitních onemocnění . Patří mezi ně zejména roztroušená skleróza , autoimunitní tyreoiditida atd.