Proteinový mikročip

Aktuální verze stránky ještě nebyla zkontrolována zkušenými přispěvateli a může se výrazně lišit od verze recenzované 21. prosince 2017; kontroly vyžadují 19 úprav .

Proteinový mikročip je technologie používaná v molekulární biologii. Proteinový mikročip je pevný nosič (základ), na kterém jsou na různých místech mikročipu kovalentně připojeny tisíce různých proteinů ( antigeny , protilátky , enzymy atd.) . Každý jednotlivý protein tvoří oblast své vysoké koncentrace na mikročipu. Tato technologie je velmi podobná technologii DNA microarray , pouze proteiny působí spíše jako sondy než jednovláknové molekuly DNA.

Typy proteinových mikročipů

V současné době se poměrně široce používají tři typy proteinových mikročipů: analytické, funkční a mikročipy s reverzní fází. [jeden]

Analytické mikročipy

Tyto mikročipy se běžně používají pro profilování komplexní směsi proteinů: měření afinity, specificity a úrovně exprese proteinu ve směsi. Při této technice se knihovny protilátek , aptamerů , antigenů ukládají na pevné substráty, které tvoří základ mikročipu. Dále se takový čip ponoří do proteinové směsi, pro kterou je nutné profilovat. Proteinové mikročipy využívající protilátky byly nejběžnější v 00. letech 21. století. [2] Analytické mikročipy lze použít k hledání diferenciální exprese a v klinické diagnostice. Příkladem je srovnání zdravých a nemocných tkání a také reakce tkáně na měnící se podmínky prostředí [3] .

Funkční mikročipy

Tento typ mikročipu se od analytických liší tím, že plně funkční proteiny nebo domény jsou umístěny na pevné bázi, a nikoli na analytické triádě (protilátky, aptamery, antigeny). Takové mikročipy umožňují analyzovat biochemickou aktivitu celého proteomu v jediném experimentu. Kromě toho se používají ke studiu četných interakcí proteinů s jinými proteiny, DNA, RNA, lipidy, nízkomolekulárními ligandy [4] [5] .

Mikročipy s reverzní fází (RPM)

Při výrobě mikročipů tohoto typu podléhají buňky izolované z různých tkání lýze. Lyzát je aplikován na nitrocelulózovou membránu pomocí speciálního stroje - vytvoření mikročipu, poté je každá buňka výsledného mikročipu analyzována různými protilátkami proti sledovanému proteinu. Tento typ microarray umožňuje detekovat proteiny, respektive jejich konformační změny, které se objevují pouze při určitých onemocněních [6] .

Poznámky

  1. ↑ David A. Hall, Jason Ptacek, Michael Snyder. Technologie Protein Microarray  // Mechanismy stárnutí a vývoje. — 2007-1. - T. 128 , č.p. 1 . — S. 161–167 . — ISSN 0047-6374 . - doi : 10.1016/j.mad.2006.11.021 . Archivováno z originálu 10. ledna 2016.
  2. ↑ Paul Bertone, Michael Snyder. Pokroky v technologii funkčních proteinových mikročipů  // The FEBS journal. - listopad 2005. - T. 272 ​​, no. 21 . — S. 5400–5411 . — ISSN 1742-464X . - doi : 10.1111/j.1742-4658.2005.04970.x . Archivováno z originálu 31. ledna 2018.
  3. ↑ A. Sreekumar, M. K. Nyati, S. Varambally, T. R. Barrette, D. Ghosh. Profilování rakovinných buněk pomocí proteinových mikročipů: objev nových radiací regulovaných proteinů  // Cancer Research. — 2001-10-15. - T. 61 , č.p. 20 . — S. 7585–7593 . — ISSN 0008-5472 . Archivováno z originálu 31. ledna 2018.
  4. ↑ H. Zhu, M. Bilgin, R. Bangham, D. Hall, A. Casamayor. Globální analýza proteinových aktivit pomocí proteomových čipů  // Science (New York, NY). — 2001-09-14. - T. 293 , č.p. 5537 . — S. 2101–2105 . — ISSN 0036-8075 . - doi : 10.1126/science.1062191 . Archivováno z originálu 31. ledna 2018.
  5. ↑ David A. Hall, Heng Zhu, Xiaowei Zhu, Thomas Royce, Mark Gerstein. Regulace genové exprese metabolickým enzymem  // Science (New York, NY). — 2004-10-15. - T. 306 , č.p. 5695 . — S. 482–484 . — ISSN 1095-9203 . - doi : 10.1126/science.1096773 . Archivováno z originálu 5. června 2018.
  6. ↑ Runa Speer, Julia D. Wulfkuhle, Lance A. Liotta, Emanuel F. Petricoin. Proteinové mikročipy s reverzní fází pro tkáňovou analýzu  // Aktuální názor v molekulární terapii. - Červen 2005. - T. 7 , no. 3 . — S. 240–245 . — ISSN 1464-8431 . Archivováno z originálu 5. června 2018.