Poté , co se Burundi stalo nezávislým státem, začala Světová zdravotnická organizace (WHO) zemi poskytovat pomoc v oblasti zdraví. Pomoc zahrnovala školení zdravotnických pracovníků, organizaci zdravotních služeb a školení sester. Studenti z Burundi studovali medicínu ve Francii a Demokratické republice Kongo . WHO také pomohla v boji proti neštovicím , tuberkulóze a malárii .
Burundi získalo pomoc od WHO, Organizace OSN pro výživu a zemědělství a UNICEF . Tato pomoc byla zaměřena na zlepšení zdravotního stavu matky a dítěte.
Po atentátu na prezidenta v roce 1993 se obyvatelé Burundi začali stěhovat. Přibližně 683 000 lidí uprchlo do sousedních zemí, venkovských vesnic nebo měst se špatnou hygienou.
V roce 2004 připadalo na 100 000 obyvatel přibližně 5 lékařů, 28 sester a 1 lékárník. Celkové výdaje na zdravotnictví byly odhadnuty na 3,7 % HDP . Burundi má podle statistik v roce 2015 nejnižší spotřebu antibiotik ze všech zemí světa: 4,4 denních dávek na 1000 obyvatel za den [1] .
Průměrná délka života v roce 2005 byla 50 let, v roce 2000 byla odhadována na 42 let.
V Burundi se objevují ohniska meningitidy skupiny A. Bylo hlášeno více než 2 500 případů meningitidy. Trypanosomiáza (spavá nemoc), přenášená mouchou tse-tse , je běžná v údolí řeky Rurubu Malárie a schistosomóza jsou běžná onemocnění poblíž řeky Ruzizi .
V roce 2003 byla míra prevalence HIV/AIDS 6,00 na 100 dospělých. V roce 2004 žilo v Burundi přibližně 250 000 lidí s HIV. Odhaduje se, že v roce 2003 zemřelo na AIDS 25 000 lidí.
Konzumace živočišných bílkovin a tuků není v souladu s doporučeními, nemoci spojené s podvýživou jsou v Burundi běžné .
V roce 2010 byla porodnost 970 úmrtí na 100 000 narozených. Pro srovnání, toto číslo bylo 569,6 v roce 2008 a 711,6 v roce 1990. Úmrtnost dětí do 5 let byla zjištěna na 168 úmrtí na 1000 lidí. 26 % těchto úmrtí jsou kojenci. V Burundi připadají 4 porodníci na 1000 porodů a celoživotní riziko pro těhotné ženy je 1/25 [2] .
Antikoncepci užívalo 9 procent vdaných žen (ve věku 15 až 49 let) .
V roce 1999 byly děti do jednoho roku očkovány proti záškrtu , černému kašli a tetanu (74 procent) a proti spalničkám (75 procent). Podvýživa byla hlášena u 38 % dětí do 5 let.