Limnologický institut ( lotyšsky : Limnoloģijas institūts ) je vědecký institut pro studia jezer jako součást Daugavpils University ve městě Daugavpils ( Lotyšsko ).
Zabývá se výzkumem nádrží v Latgale . V letech 2004 - 2009 vypracoval program pro vytvoření národního parku "Razna" kolem stejnojmenného jezera . S pomocí potápěčského klubu z Jekabpils byl proveden průzkum jezera Dridzis , jedním z výsledků bylo objasnění hloubky tohoto nejhlubšího jezera v Lotyšsku (66,2 metru, místo dřívějších 65,1). Ústav se také zabývá výzkumem řeky Západní Dviny (Daugava).
Vedoucím ústavu je profesor biologie Artur Shkut .