Frameshift mutace

Mutace s posunem čtecího rámce  je typ mutace v sekvenci DNA, která se vyznačuje inzercí nebo delecí nukleotidů v množství, které není násobkem tří. Výsledkem je posun čtecího rámce během transkripce mRNA . Frameshift mutace se dělí na cílové, necílové, cílové zpožděné a necílové zpožděné Frameshift mutace.

Mutace posunu čtecího rámce, ve které je vložen nebo odstraněn nukleotid, musí být odlišena od polymorfismu jednoho nukleotidu , ve kterém je jeden nukleotid nahrazen jiným.

Mechanismus účinku

Vzhledem k tripletové povaze genetického kódu vede vložení nebo delece řady nukleotidů, které nejsou násobky tří, k silnému zkreslení informace v transkribované mRNA. Může také vést k stop kodonu , což vede k předčasnému ukončení syntézy proteinů.

Může také nastat obrácená situace, kdy změněný stop kodon začne kódovat jakoukoli aminokyselinu. To vede k abnormálnímu prodloužení polypeptidového řetězce. Pokud dojde k deleci a vložení kodonů jeden po druhém na stejném místě kodonového řetězce v DNA, může to vést k syntéze proteinu požadované délky, ale s jinou aminokyselinou v pozměněném fragmentu (mutace SNP - jediná nukleotidový polymorfismus ).

Cílová mutace Frameshift

Cílová mutace  s posunem čtecího rámce je mutace s posunem čtecího rámce, která se jeví jako opačné poškození DNA, které může zastavit syntézu DNA. Například opačné dimery cyklobutanpyrimidinu [1]  jsou hlavní příčinou ultrafialové mutageneze. Termín pochází ze slova „cíl“. Některé cílové mutace posunu čtecího rámce, jako jsou inzerce a delece jednoho nukleotidu, mohou být klasifikovány jako bodové mutace. Dělí se na cílové delece, cílové inzerce, cílové komplexní delece a cílové komplexní inzerce, respektive na cílové zpožděné delece, cílové zpožděné inzerce, cílové zpožděné komplexní delece a cílové zpožděné komplexní inzerce [2] [3] .

Mechanismy pro tvorbu cílových frameshift mutací

V současnosti je za nejrozumnější model vysvětlující mechanismus vzniku frameshift mutací považován Streisingerův model [4] [5] , který naznačuje, že příčina vzniku frameshift mutací spočívá ve výskytu mezer a prokluzu Řetězec DNA během syntézy [6] . Bylo prokázáno, že tvorba delecí je spojena s výskytem smyček nebo vyboulenin v molekule DNA [7] .

V rámci polymerázově-tautomerního modelu ultrafialové mutageneze byly vyvinuty modely mechanismů tvorby cílových inzercí [8] , cílových delecí [9] a inzercí cílových komplexů [10] způsobených cis-syn-cyklobutan thyminovými dimery. . Strukturální analýza inkorporace kanonických bází DNA naproti cis-syn-cyklobutanovým thyminovým dimerům obsahujícím thymin v jedné specifické vzácné tautomerní formě ukázala, že není možné vložit jakoukoli kanonickou bázi naproti nim, takže se mezi bázemi v této vzácné tautomerní formě vytvoří vodíkové vazby. formy a kanonických bází DNA. Na rozdíl od cis-syn-cyklobutanových thyminových dimerů obsahujících molekuly thyminu v této vzácné tautomerní formě se mohou objevit mezery jednoho nukleotidu. Vyklouznutí řetězce DNA a tvorba smyček může vést ke vzniku delecí nebo inzercí.

Patologie způsobené Frameshift Mutations

Poznámky

  1. Wang CI, Taylor JS. 1992. Důkaz in vitro, že mutace posunu a substituce v T traktech vyvolané UV zářením jsou výsledkem replikace zprostředkované nesprávným uspořádáním za specifickým thyminovým dimerem. Biochemistry 31:3671-3681.
  2. Kobayashi S, Valentine MR, Pham P, O'Donnell M, Goodman MF. 2002. Věrnost Escherichia coli DNA polymerázy IV. Preferenční generování malých delečních mutací dNTP-stabilizovaným nesprávným uspořádáním. J Biol Chem 277:34198-34207.
  3. Kim SR, Matsui K, Yamada P, Gruz P, Nohm T. 2001. Role chromozomálních a epizomálních genů dinB kódujících Pol IV v cílené a necílené mutagenezi u Escherichia coli. Mol Genet Genomics 266:207-215.
  4. Strand M, Prolla TA, Liskay RM, Petes TD. 1993. Destabilizace úseků jednoduché repetitivní DNA v kvasinkách mutacemi ovlivňujícími opravu chybného párování DNA. Nature 365:274-276.
  5. Bzymek M, Saveson CJ, Feschenko VV, Lovett ST. 1999. Mechanismy skluzu nesprávného zarovnání tvorby delecí: in vivo náchylnost k nukleázám. J Bacteriol, 181:477-482.
  6. Streisinger G, Okada J, Emerich J, Newrich J, Tsugita A, Terraghi E, Inouye M. 1966. Frameshift mutace a genetický kód. Cold Spring Harbor Symp Quant Biol 31:77-84.
  7. Baase WA, Jose D, Ponedel BC, von Hippel PH, Johnson NP. 2009. DNA modely delecí posunu trinukleotidu: tvorba smyček a vyboulenin na spojení primer-templát. Nucleic Acids Res. 37:1682-1689.
  8. Grebneva HA 2014. Mechanismy cílených frameshift mutací: inzerce vznikající během syntézy DNA obsahující cis-syn cyklobutan thyminové dimery náchylné k chybám nebo SOS. Mol Biol (Mosk) 48:457-467.
  9. Grebneva HA Polymeráza - tautomerní model pro cílené mutace s posunem čtecího rámce: tvorba delecí během replikace dvouřetězcové DNA obsahující cis-syn cyklobutan thyminové dimery náchylné k chybám nebo SOS. J Phot. Rohož. Techn. 2015.1:19-26.
  10. Grebneva E. A. 2015. Mechanismy tvorby inzercí cílových komplexů při syntéze molekuly DNA obsahující dimery cis-syn cyklobutan thymin. Zprávy Národní akademie věd Ukrajiny č. 5, s. 145-154.

Literatura