Farmakofor (z jiného řeckého φάρμακον „lék“ a φορός „nosič“) je soubor prostorových a elektronických prvků nezbytných k zajištění optimálních supramolekulárních interakcí se specifickým biologickým cílem , které mohou způsobit (nebo blokovat) jeho biologickou odpověď [1 ] . Farmakoforový model umožňuje vysvětlit, proč strukturně heterogenní ligandy interagují se stejnými receptorovými místy.
Farmakoforickými znaky (prvky) se obvykle rozumí centra farmakoforů a jejich vzájemné uspořádání v prostoru, nezbytné pro projev tohoto typu biologické aktivity. Typickými centry farmakoforu jsou v tomto případě hydrofobní oblasti, aromatické kruhy , donory a akceptory vodíkových vazeb , aniontová a kationtová centra. Pro podrobnější popis farmakoforu se často používají hydrofobní a vyloučené objemy a také přípustné intervaly prostorové orientace vektorů vodíkových vazeb a rovin aromatických kruhů.
První farmakofor zkonstruoval Monty Kier v roce 1967 [2] a samotný termín navrhl v roce 1971 [3] [4] . Často je tento termín mylně připisován Paulu Ehrlichovi , nicméně ani v běžně nabízeném zdroji [5] , ani v jeho dalších dílech není tento pojem zmíněn či používán [4] .
Farmakoforové vyhledávání je široce používáno při virtuálním screeningu knihoven chemických sloučenin, zejména v situacích, kdy struktura biologického cíle není známa nebo samotný cíl není definován. Vyhledávání farmakoforů hledá shodu mezi popisem farmakoforu a charakteristikami molekul z databáze, které jsou v přijatelných konformacích .