Endonukleázy jsou proteiny ze skupiny nukleáz , které štěpí fosfodiesterové vazby uprostřed polynukleotidového řetězce. Restrikční endonukleázy nebo restrikční endonukleázy štěpí DNA na specifických místech (nazývaných restrikční místa), jsou klasifikovány do tří typů (I, II a III) na základě jejich mechanismu účinku. Tyto proteiny se často používají v genetickém inženýrství k vytvoření rekombinantní DNA, která se pak zavádí do bakteriálních, rostlinných nebo živočišných buněk.
V důsledku enzymatické degradace endonukleáz dochází k úplnému rozpuštění chromatinu v karyolytických jádrech.
Nicase ( notching endonuclease ) je enzym, který štěpí pouze jeden řetězec dvouřetězcové DNA v určitých nukleotidových sekvencích (rozpoznávacích místech) nazývaných restrikční místo . Výsledkem je spíše vrubová než řezaná DNA. Nicases spolu s DNA polymerázou 1 se používají k nahrazení některých nukleotidů v sekvenci DNA jejich analogy značenými fluorescenční nebo radioaktivní značkou , což pak umožňuje tuto DNA použít jako sondu pro fluorescenční in situ hybridizaci , blotování , a řada dalších metod molekulární biologie.