.NET Bio

.NET Bio
Typ Knihovna pro bioinformatiku a genomiku
Autor Výzkum společnosti Microsoft
Vývojář Nadace Outercurve
Zapsáno v C#
Operační systém Linux , macOS , Windows
Hardwarová platforma .NET Framework , Mono
Licence Licence Apache 2.0
webová stránka research.microsoft.com/en-US/projects/bio/mbf.aspx

.NET Bio  je open source bioinformatická a genomická knihovna navržená pro usnadnění načítání, ukládání a analýzy biologických dat. Byl vyvinut pro .NET Standard 2.0 a původně byl součástí Microsoft Biology Initiative v divizi eScience.

Historie

.NET Bio původně vydala společnost Microsoft Research pod názvem Microsoft Biology Foundation (MBF) a později byla znovu vydána neziskovou organizací Outercurve Foundation jako software s otevřeným zdrojovým kódem pod licencí Apache 2.0 [1] .

Funkce

Knihovna se skládá ze sady objektově orientovaných tříd napsaných v C# pro provádění běžných bioinformatických úkolů, jako jsou:

  1. Čtení a zápis sekvenčně zarovnaných souborů genetických dat, jako jsou FASTA a GenBank .
  2. Přístup k online službám, jako je NCBI BLAST , pro vyhledávání fragmentů sekvencí ve stávajících databázích.
  3. Algoritmy pro lokální a globální zarovnání.
  4. Algoritmy sekvenčního sestavení , včetně paralelní implementace assembleru DeNovo [2] .

Přestože je samotná knihovna napsána v C# , lze ji použít z libovolného jazyka kompatibilního s .NET a obsahuje různé příklady použití, včetně těch ze skriptů IronPython .

Viz také

Poznámky

  1. ↑ MBF se stává .NET Bio  (eng.)  (downlink) (18. října 2011). Archivováno z originálu 18. října 2011.
  2. ↑ PadeNA: Paralelní de novo assembler . — ISBN 978-989-8425-36-2 .

Odkazy