28S rRNA

Aktuální verze stránky ještě nebyla zkontrolována zkušenými přispěvateli a může se výrazně lišit od verze recenzované 9. června 2021; kontroly vyžadují 4 úpravy .

28S ribozomální RNA je strukturní ribozomální RNA (rRNA) velké podjednotky eukaryotických cytoplazmatických ribozomů a je tedy jednou z hlavních složek všech eukaryotických buněk. U rostlin je to 25S a u savců 28S, odtud název 25S-28S rRNA [1] .

V kombinaci s 5,8S rRNA na 5' straně se jedná o eukaryotický jaderný homolog prokaryotické 23S a mitochondriální 16S ribozomální RNA [2] [3] [4] .

Použití ve fylogenezi

Geny kódující 28S rRNA se nazývají 28S rDNA. Srovnání sekvencí těchto genů se někdy používá v molekulární analýze ke konstrukci fylogenetických stromů , jako jsou prvoci , [5] houby , [6] hmyz , [7] tardigrady [ 8] a obratlovci [9] [10] .

Složení

28S rRNA je obvykle dlouhá 4000–5000 nt [11] .

U některých eukaryot je 28S rRNA v ribozomu rozdělena na dvě části, které se mohou [11] vyskytovat před i po sestavení ribozomu. To druhé je indikováno povrchovým umístěním místa řezu v jedné ze studií [11] [12] . Jev se nazývá „hidden break“ (skrytý zlom) [11] .

Databáze

Několik databází poskytuje srovnání a anotace sekvencí LSU rRNA pro účely srovnání :

Poznámky

  1. ↑ Lodish, Harvey F. Molecular cell biology  / Harvey F. Lodish, James E. Darnell. - Scientific American Books, 1995-01-01. - ISBN 978-0-7167-2380-6 .
  2. ↑ Eperon, IC (1980-07-31). „Výrazná sekvence lidských mitochondriálních ribozomálních RNA genů“. příroda __ _ ]. 286 (5772): 460-467. DOI : 10.1038/286460a0 . PMID  6157106 .
  3. ↑ Doris, Stephen M. (říjen 2015). "Univerzální a doménově specifické sekvence v 23S–28S ribozomální RNA identifikované počítačovou fylogenetikou." RNA . 21 (10): 1719-1730. DOI : 10.1261/rna.051144.115 .
  4. ↑ Lafontaine, DLJ (2001). „Funkce a syntéza ribozomů“. Příroda Recenze Molekulární buněčná biologie . 2 (7): 514-520. DOI : 10.1038/35080045 . PMID  11433365 .
  5. ↑ Baroin, A. (1988-05-01). „Částečná fylogeneze jednobuněčných eukaryot založená na rychlém sekvenování části 28S ribozomální RNA“. Proceedings of the National Academy of Sciences ]. 85 (10): 3474-3478. DOI : 10.1073/pnas.85.10.3474 . ISSN 0027-8424 . PMID 3368456 .  
  6. ↑ James, Timothy Y. (2006). „Rekonstrukce rané evoluce hub pomocí šestigenové fylogeneze“. příroda . 443 (7113): 818-822. DOI : 10.1038/nature05110 . PMID  17051209 .
  7. ↑ Whiting, Michael F. (1997-03-01). "Problém Strepsiptera: Fylogeneze řádů holometabolózního hmyzu odvozená ze sekvencí a morfologie ribozomální DNA 18S a 28S." Systematická biologie _ ]. 46 (1): 1-68. DOI : 10.1093/sysbio/46.1.1 . ISSN  1063-5157 . PMID  11975347 .
  8. ↑ Jørgensen, Aslak (2010-03-01). „Molekulární fylogeneze Arthrotardigrada (Tardigrada)“. Molekulární fylogenetika a evoluce . 54 (3): 1006-1015. DOI : 10.1016/j.ympev.2009.10.006 . PMID  19822216 .
  9. ↑ Le, Hoc Lanh Van (1993-03-01). "Fylogeny gnathostomů na bázi 28S rRNA: První kroky v analýze konfliktu a kongruence s kladogramy založenými na morfologii." Molekulární fylogenetika a evoluce . 2 (1): 31-51. DOI : 10.1006/mpev.1993.1005 . PMID  8081546 .
  10. ↑ Mallatt, Jon (prosinec 1998). „28S a 18S rDNA sekvence podporují monofylii mihule a hagfishes“ . Molekulární biologie a evoluce . 15 (12): 1706-1718. doi : 10.1093/oxfordjournals.molbev.a025897 . PMID  9866205 .
  11. ↑ 1 2 3 4 Natsidis, Paschalis (prosinec 2019). "Výpočetní objev skrytých zlomů v 28S ribozomálních RNA napříč eukaryoty a důsledky pro čísla integrity RNA." vědecké zprávy . 9 (1): 19477. doi : 10.1038 /s41598-019-55573-1 .
  12. ↑ Ben-Shem, A. a kol. Struktura eukaryotického ribozomu při rozlišení 3,0 Á. Věda. 334, 1524–1529 (2011).
  13. ↑ Projekt ribozomální databáze . RDP Release 11, Update 5 (30. září 2016). Získáno 31. prosince 2016. Archivováno z originálu 19. srpna 2020.
  14. ↑ Olsen, GJ (11. 5. 1992). „Projekt ribozomální databáze“. Výzkum nukleových kyselin . 20 (suppl): 2199-2200. DOI : 10.1093/nar/20.suppl.2199 . ISSN  0305-1048 . PMID  1598241 .
  15. ↑ Cole, James R. (2014-01-01). "Projekt ribozomální databáze: data a nástroje pro vysoce výkonnou analýzu rRNA." Výzkum nukleových kyselin . 42 (Dl): D633-D642. doi : 10.1093/nar/ gkt1244 . ISSN 0305-1048 . PMID24288368 . _  
  16. ↑ Quast, C. (2013-01-01). "Projekt SILVA ribozomální RNA genové databáze: vylepšené zpracování dat a webové nástroje." Výzkum nukleových kyselin . 41 (Dl): D590-D596. doi : 10.1093/nar/ gks1219 . ISSN 0305-1048 . PMID 23193283 .