Acidobakterie

Aktuální verze stránky ještě nebyla zkontrolována zkušenými přispěvateli a může se výrazně lišit od verze recenzované 2. srpna 2019; kontroly vyžadují 6 úprav .
acidobakterie

Člen rodu Acidobacterium
vědecká klasifikace
Doména:bakterieTyp:acidobakterie
Mezinárodní vědecký název
Acidobacteria Thrash and Coates 2012

Acidobakterie  (lat.) - druh bakterií . Zástupci tohoto typu jsou rozšířeni a mají rozmanitý metabolismus , zejména mnoho z nich se nachází v půdě . Vypěstovat se však podařilo jen pár zástupcům [1] [2] [3] .

První zástupce tohoto typu, Acidobacterium capsulatum , byl popsán v roce 1991 [4] . Acidobacteria však byly jako samostatný typ izolovány až v roce 2012 [5] .

Popis

Acidobakterie jsou fyziologicky rozmanité a lze je nalézt v široké škále stanovišť: půda (včetně půdy kontaminované kovy ), horké prameny , oceány, jeskyně [6] . Mnoho zástupců Acidobacteria jsou acidofilové , včetně prvního popsaného druhu, Acidobacterium capsulatum [7] . Nedávno popsané druhy typu Acidobacteria : Holophaga foetida [8] , Geothrix fermentans [9] , Acanthopleuribacter pedis [10] a Bryobacter aggregatus [11] jsou v půdách extrémně četné, takže mohou hrát důležitou roli v mnoha ekosystémech [12] . Většinu zástupců Acidobacteria je však prakticky nemožné kultivovat, takže jejich fyziologie a ekologie jsou špatně pochopeny [2] . DNA ze dvou neklasifikovaných bakterií kmene Acidobacteria byla nalezena v soupravách pro extrakci DNA, což by mohlo zkreslit data o složení metagenomu a mikrobioty [13] .

Fylogeneze

Následující fylogenetický strom představuje fylogenezi Acidobakterií podle Seznamu prokaryotických jmen se stálou nomenklaturou (LPSN) [14] [15] . Fylogenetický strom byl zkonstruován ze sekvencí 16S rRNA poskytnutých projektem The All-Species Living Tree Project [16] .

Poznámky:
♠ Kmeny uvedené v NCBI , ale ne v LSPN.

Poznámky

  1. ↑ Barns SM , Cain EC , Sommerville L. , Kuske ČR Sekvence kmene acidobakterií v podpovrchových sedimentech kontaminovaných uranem značně rozšiřují známou diverzitu v rámci kmene.  (anglicky)  // Aplikovaná a environmentální mikrobiologie. - 2007. - Květen ( roč. 73 , č. 9 ). - str. 3113-3116 . - doi : 10.1128/AEM.02012-06 . — PMID 17337544 .
  2. ↑ 1 2 Quaiser A. , ​​Ochsenreiter T. , Lanz C. , Schuster SC , Treusch AH , Eck J. , Schleper C. Acidobakterie tvoří koherentní, ale vysoce různorodou skupinu v rámci bakteriální domény: důkazy z environmentální genomiky.  (anglicky)  // Molecular Microbiology. - 2003. - říjen ( roč. 50 , č. 2 ). - str. 563-575 . — PMID 14617179 .
  3. ↑ Rappé MS , Giovannoni SJ Nekultivovaná mikrobiální většina.  (anglicky)  // Annual Review Of Microbiology. - 2003. - Sv. 57 . - str. 369-394 . - doi : 10.1146/annurev.micro.57.030502.090759 . — PMID 14527284 .
  4. ↑ Kishimoto Noriaki , Kosako Yoshimasa , Tano Tatsuo. Acidobacterium capsulatum gen. nov., sp. nov.: Acidofilní chemoorganotrofní bakterie obsahující menachinon z kyselého minerálního prostředí  (anglicky)  // Current Microbiology. - 1991. - Leden ( roč. 22 , č. 1 ). - str. 1-7 . — ISSN 0343-8651 . - doi : 10.1007/BF02106205 .
  5. ↑ Seznam nových jmen a nových kombinací, které byly dříve účinně, ale neplatně zveřejněny – Validation List No. 143  (anglicky)  // INTERNATIONAL JOURNAL OF SYSTEMATIC AND EVOLUTIONARY MIKROBIOLOGIE. - 2012. - 1. dubna ( roč. 62 , č. Pt 4 ). - S. 1016-1016 . — ISSN 1466-5026 . - doi : 10.1099/ijs.0.68147-0 .
  6. ↑ Thrash J. Cameron , Coates John D. Acidobacteria phyl. listopad.  (anglicky)  // Bergey's Manual of Systematics of Archaea and Bacteria. - 2015. - 14. září. - str. 1-5 . — ISBN 9781118960608 . - doi : 10.1002/9781118960608.pbm00001 .
  7. ↑ Kuske ČR , Barns SM , Busch JD Rozmanité nekultivované bakteriální skupiny z půd suchého jihozápadu Spojených států, které se vyskytují v mnoha geografických oblastech.  (anglicky)  // Aplikovaná a environmentální mikrobiologie. - 1997. - září ( roč. 63 , č. 9 ). - S. 3614-3621 . — PMID 9293013 .
  8. ↑ Liesack W. , Bak F. , Kreft JU , Stackebrandt E. Holophaga foetida gen. nov., sp. nov., nová, homoacetogenní bakterie degradující methoxylované aromatické sloučeniny.  (anglicky)  // Archives Of Microbiology. - 1994. - Sv. 162 , č.p. 1-2 . - S. 85-90 . — PMID 8085918 .
  9. ↑ Coates JD , Ellis DJ , Gaw CV , Lovley DR Geothrix fermentans gen. nov., sp. nov., nová bakterie redukující Fe(III) z vodonosné vrstvy kontaminované uhlovodíky.  (anglicky)  // International Journal Of Systematic Bacteriology. - 1999. - Říjen ( sv. 49 Pt 4 ). - S. 1615-1622 . - doi : 10.1099/00207713-49-4-1615 . — PMID 10555343 .
  10. ↑ Fukunaga Y. , Kurahashi M. , Yanagi K. , Yokota A. , Harayama S. Acanthopleuribacter pedis gen. nov., sp. nov., mořská bakterie izolovaná z chitonu a popis Acanthopleuribacteraceae fam. nov., Acanthopleuribacterales ord. nov., Holophagaceae fam. nov., Holophagales ord. listopad. a Holophagae classis nov. v kmeni 'Acidobacteria'.  (anglicky)  // International Journal Of Systematic And Evolutionary Microbiology. - 2008. - Listopad ( roč. 58 , č. Pt 11 ). - S. 2597-2601 . - doi : 10.1099/ijs.0.65589-0 . — PMID 18984699 .
  11. ↑ Kulichevskaya IS , Suzina NE , Liesack W. , Dedysh SN Bryobacter aggregatus gen. nov., sp. nov., aerobní chemoorganotrof obývající rašelinu z pododdělení 3 Acidobacteria.  (anglicky)  // International Journal Of Systematic And Evolutionary Microbiology. - 2010. - únor ( roč. 60 , č. Pt 2 ). - S. 301-306 . - doi : 10.1099/ijs.0.013250-0 . — PMID 19651730 .
  12. ↑ Eichorst SA , Breznak JA , Schmidt TM Izolace a charakterizace půdních bakterií, které definují Terriglobus gen. nov., v kmeni Acidobacteria.  (anglicky)  // Aplikovaná a environmentální mikrobiologie. - 2007. - Duben ( roč. 73 , č. 8 ). - str. 2708-2717 . - doi : 10.1128/AEM.02140-06 . — PMID 17293520 .
  13. ↑ Salter SJ , Cox MJ , Turek EM , Calus ST , Cookson WO , Moffatt MF , Turner P. , Parkhill J. , Loman NJ , Walker AW Reagencie a laboratorní kontaminace mohou kriticky ovlivnit sekvenční analýzy mikrobiomů.  (anglicky)  // BMC Biology. - 2014. - 12. listopadu ( vol. 12 ). - str. 87-87 . doi : 10.1186 / s12915-014-0087-z . — PMID 25387460 .
  14. ↑ JP Euzeby. Acidobakterie (nedostupný odkaz) . Získáno 9. září 2016. Archivováno z originálu 27. ledna 2013. 
  15. ↑ Sayers. Prohlížeč taxonomie NCBI . Národní centrum pro biotechnologické informace. Získáno 9. září 2016. Archivováno z originálu 25. února 2018.
  16. ↑ 16S rRNA-based LTP release 123 (úplný strom) (downlink) . Komplexní databáze ribozomální RNA Silva. Získáno 9. září 2016. Archivováno z originálu 7. června 2019.