Návrhář Ascalaph

Ascalaph Designer  je univerzální program pro molekulární modelování. Poskytuje grafické prostředí pro programy pro kvantovou a klasickou mechaniku Firefly , CP2K a MDynaMix [1] [2] a má schopnosti pro vytváření molekulárních modelů, konformační optimalizaci a molekulární dynamiku. Firefly/PC GAMESS [3] [4] [5] poskytuje širokou škálu kvantově chemických metod.

Klíčové vlastnosti

• Sestavení molekulárního modelu ( polymery , nanostruktury, proteiny , nukleové kyseliny )
• Silová pole JANTAR/OPLS
• Optimalizace konformace
• Molekulární dynamika
• kvantová chemie
• Flexibilní vodní model SPC [6]

Rozsah

• Nukleové kyseliny [7]
• Veverky
• Modelování lipidových membrán [8]
• Polyelektrolyty [9]
• Iontové kapaliny [10] [11]
• Termodynamické vlastnosti kapalin [12]
• Vývoj molekulárně mechanických silových polí [13]

Poznámky

1. ↑ APLjubartsev, A.Laaksonen. MDynaMix – škálovatelný přenosný paralelní MD simulační balíček pro libovolné molekulární směsi   // Computer Physics Communications : deník. - 2000. - Sv. 128 . - str. 565-589 .
2. ↑ APLjubartsev, A.Laaksonen. Paralelní molekulární dynamické simulace biomolekulárních systémů // Applied Parallel Computing Large Scale Scientific and Industrial Problems  (anglicky) . - Heidelberg: Springer Berlin , 1998. - Sv. 1541. - S. 296-303. — (Poznámky z informatiky). — ISBN 978-3-540-65414-8 . - doi : 10.1007/BFb0095310 .
3. ↑ Computational Chemistry , David Young, Wiley-Interscience, 2001. Příloha AA2.3 str. 334, GAMESS
4. ↑ M. W. Schmidt a kol. General Atomic and Molecular Electronic Structure System  (anglicky)  // J. Compput. Chem. : deník. - 1993. - Sv. 14 . - S. 1347-1363 . - doi : 10.1002/jcc.540141112 .
5. ↑ MS Gordon a MW Schmidt, Pokroky v teorii elektronové struktury: GAMESS o dekádu později , v Theory and Applications of Computational Chemistry, prvních 40 let , CE Dykstra, G. Frenking. KS Lim a GE Scusaria, Elsevier, Amsterdam, 2005.
6. ↑ Toukan K a Rahman A. Molekulárně-dynamické studium pohybů atomů ve vodě  // Physical Review B  : journal  . - 1985. - Sv. 31 . - S. 2643-2648 .
7. ↑ Y. Cheng, N. Korolev a L. Nordenskiöld. Podobnosti a rozdíly v interakci K + a Na + s kondenzovanou uspořádanou DNA. Molekulární dynamická počítačová simulační studie  //  Nucleic Acids Research : deník. - 2006. - Sv. 34 . - S. 686-696 .
8. ↑ C.-J. Högberg, AMNikitin a A. P. Lyubartsev. Modifikace silového pole CHARMM pro DMPC lipidovou dvojvrstvu  //  Journal of Computational Chemistry : deník. - 2008. - Sv. 29 . - str. 2359-2369 .
9. ↑ A. Vishnyakov a A. V. Neimark. Specifika solvatace sulfonovaných polyelektrolytů ve vodě, dimethylmethylfosfonát a jejich směs: Molekulární simulační studie  (anglicky)  // Journal of Chemical Physics  : journal. - 2008. - Sv. 128 . — S. 164902 .
10. ↑ G. Raabe a J. Köhler. Termodynamické a strukturní vlastnosti iontových kapalin na bázi imidazolia z molekulární simulace  (anglicky)  // Journal of Chemical Physics  : journal. - 2008. - Sv. 128 . — S. 154509 .
11. ↑ X. Wu, Z. Liu, S. Huang a W. Wang. Simulace molekulární dynamiky směsi iontové kapaliny [bmim][BF 4 ] a acetonitrilu při pokojové teplotě pomocí zjemněného silového pole   // Phys . Chem. Chem. Phys. : deník. - 2005. - Sv. 7 . - str. 2771-2779 .
12. ↑ T. Kuzněcovová a B. Kvammeová. Termodynamické vlastnosti a mezifázové napětí modelového systému voda-oxid uhličitý  (anglicky)  // Phys. Chem. Chem. Phys. : deník. - 2002. - Sv. 4 . - S. 937-941 .
13. ↑ A. M. Nikitin a A. P. Ljubarcev. Nový šestimístný acetonitrilový model pro simulace kapalného acetonitrilu a jeho vodné směsi  //  J. Comp. Chem. : deník. - 2007. - Sv. 28 . - str. 2020-2026 .

Odkazy

• Domovská stránka