BioBrick

BioBrick  (BioBlock) - DNA sekvence určené k sestavení metodou restrikční ligace, které slouží k vývoji a vytváření umělých biologických systémů s určitými vlastnostmi [1] [2] . Od roku 2008 je uznáván jako vedoucí standard pro syntetickou biologii [2] . Jakmile je kód vyvinut na počítači, je obvykle vstřikován do živých buněk, jako je Escherichia coli , aby jim dal nové funkce.

Hierarchie standardu

Norma má tříúrovňový hierarchický systém, na kterém je založena syntetická biologie :

1. Části: DNA sekvence, která tvoří funkční jednotku (např. promotory , vazebná místa pro ribozomy , kódující sekvence, terminátorové sekvence atd.)
2. Zařízení: soubor vzájemně propojených doplňkových částí, které mají danou funkci;
3. Systémy: sada zařízení, která provádějí úkoly na vysoké úrovni;

Výhody standardu

Standard byl vyvinut na MIT za účelem aplikace inženýrských principů abstrakce a modularity na programování biologických systémů a živých organismů. Výhody standardizovaného přístupu Biobrick :

• vysoká rychlost sestavování sekvencí;
• spolehlivost systémů na vysoké úrovni je zvýšena schopností samostatně testovat a klasifikovat jednotlivé části a zařízení nižší úrovně;
• potenciál pro větší pokrytí účastníků (vědců a specialistů) ve srovnání s klasickými přístupy;

Historie BioBrick

2003

Standard BioBrick popsal a představil Tom Knight na MIT. Od té doby začaly různé výzkumné skupiny používat BioBrick k vytváření nových biologických zařízení a systémů.

2006

V roce 2006 byla inženýry a vědci založena nezisková organizace BioBricks Foundation s cílem standardizovat biologické části v této oblasti vědy. [3]

2008

Od zahájení projektu bylo veřejnosti uvolněno více než 2000 BioBricks a jsou dostupné v Registru standardních biologických částí. BioBrick je uznáván jako přední standard v syntetické biologii [2]

2015

Soutěže iGEM 2015 se zúčastnilo 5018 účastníků (280 týmů) z 38 zemí [1]

2017

Soutěží iGEM 2017 se zúčastnilo 5400 účastníků (310 týmů).

2018

Katalog dílů BioBrick měl již více než 20 000 zdokumentovaných genetických dílů. Tyto části jsou k dispozici pro bezplatné použití týmy iGEM a akademickými laboratořemi [2] .

Alternativní normy

První pokus o vytvoření seznamu standardizovaných biologických částí NOMAD provedla v roce 1996 skupina vědců vedená D. Rebatchukem. Jeho tým představil klonovací strategii pro sestavení krátkých fragmentů DNA. Ale tento časný pokus nebyl široce přijat. [čtyři]

Poznámky

1. ↑ Tom Knight (2003). Idempotentní vektorový design pro standardní montáž biocihel . Získáno 26. září 2014. Archivováno z originálu 6. října 2014. (neurčitý)
2. ↑ 1 2 3 Rytíř, Thomas F; Reshma P Shetty; Drew Andy. Engineering BioBrick vectors from BioBrick parts  (neopr.)  // Journal of Biological Engineering. - 2008. - 14. dubna ( vol. 2 , č. 5 ). - S. 1-12 . - doi : 10.1186/1754-1611-2-5 . — PMID 18410688 . Archivováno z originálu 28. září 2015.
3. ↑ Nadace BioBricks . Nadace BioBricks . Získáno 19. března 2018. Archivováno z originálu 12. března 2018. (neurčitý)
4. ↑ Rebatchouk, Dmitrij; Daraselia, N.; Narita, JO NOMAD: všestranná strategie pro manipulaci s DNA in vitro aplikovaná na analýzu promotorů a návrh vektorů.  (anglicky)  // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America  : journal. - 1996. - 1. října ( roč. 93 , č. 20 ). - S. 10891-10896 . - doi : 10.1073/pnas.93.20.10891 . Archivováno z originálu 24. září 2015.