| GeneCards | |
|---|---|
| Datum založení / vytvoření / výskytu | 1997 |
| Hlavní téma | gen |
| Tvůrce | Weizmannův institut |
| Oficiální stránka | genecards.org |
GeneCards je databáze lidských genů , která poskytuje genomické , proteomické , transkriptomické , genetické a funkční informace o všech známých a předpokládaných lidských genech [1] [2] [3] . Je vyvinut a udržován Korunním centrem pro lidský genom v Ústavu vědy. Weizmann .
Tato databáze si klade za cíl podat stručný přehled aktuálně dostupných biomedicínských informací o hledaných genech, včetně lidských genů, kódovaných proteinů a příbuzných chorob [1] [4] [5] . GeneCards poskytuje přístup k bezplatným webovým zdrojům o více než 7 000 všech známých lidských genů shromážděných z více než 90 zdrojů, jako jsou HGNC , Ensembl a NCBI . Jádro genového seznamu je založeno na schválených genových symbolech zveřejněných HUGO Gene Nomenclature Committee (HGNC) [6] [7]. Informace byly pečlivě shromažďovány a vybírány z těchto databází pomocí výkonného a pohodlného motoru. Pokud vyhledávání nevrátí žádné výsledky, tato databáze poskytne řadu návrhů, které uživatelům pomohou dokončit hledání v závislosti na typu dotazu, a poskytne přímé odkazy na další databázové vyhledávače [1] . V průběhu času společnost GeneCards vyvinula sadu nástrojů (GeneDecks, GeneLoc, GeneALaCart), které poskytují specializovanější funkce. Od roku 1998 je databáze GeneCards široce používána v bioinformatice, genomice a lékařské komunitě [6] [7] .
Od 80. let 20. století jsou sekvenční informace stále rozsáhlejší a mnohé laboratoře si to uvědomily a začaly tyto informace ukládat do centrálních datových úložišť – primárních databází [8] . Informace poskytované primární sekvenční databází (databáze nižší úrovně) se však zaměřují na jiné aspekty. Pro shromažďování těchto různorodých dat vyvinulo Korunní centrum lidského genomu Weizmann Institute of Science databázi nazvanou „GeneCards“ v roce 1997. Tato databáze je věnována především informacím o lidském genomu, lidských genech, funkcích kódovaných proteinů a komorbiditách [1] .
Nejprve obsahoval pouze dvě hlavní funkce: funkci pro získávání integrovaných biomedicínských informací o určitých genech ve formátu „mapy“ a textový vyhledávač.
Od roku 1998 byly přidány nové zdroje a datové typy, jako je exprese proteinů a genová síť, byl použit rychlejší a sofistikovanější vyhledávač , což vedlo k lepšímu výkonu a aktualizovaná, technologicky přívětivá infrastruktura pro rozšíření analýzy genů ve srovnání s originální verze. Verze 3 v současnosti shromažďuje informace z více než 90 zdrojů na základě hlavního seznamu genů a tento proces lze provádět offline. Byly také vyvinuty specializovanější komplexy založené na GeneCards. GeneNote a GeneAnnot pro analýzu transkriptomu, GeneLoc pro genomové lokační markery, GeneALaCart pro dávkové dotazy a GeneDecks pro nalezení funkčních partnerů a pro destilační sadu genů. Každé 3 roky začíná nová fáze plánování pro následnou revizi, včetně implementace, vývoje a poloautomatizovaného zajištění kvality a nasazení. Mezi použité technologie patří Eclipce , Apache , Perl , XML , PHP , Propel , Java , R a MySQL [6] [7] .