SBGN

SBGN ( Systems Biology Graphical Notation ) je  jazyk pro grafické znázornění prvků biologických systémů a interakcí mezi nimi, vyvinutý skupinou biochemiků , molekulárních biologů a bioinformatiků [1] .

Historie

Kurt Kohn z National Cancer Institute (NCI) [2] jako první vytvořil konzistentní a komplexní systém popisující interakce prvků biologických systémů . Konsorcium specialistů na vývoj standardu SBGN založil Hiroaki Kitano, ředitel Tokijského institutu systémové biologie, v roce 2005.

Specifikace SBGN Process Description, později přejmenovaná na Process Diagrams, byla vydána 23. srpna 2008 [3] . Změny a opravy specifikace byly zveřejněny 1. září 2009 [4] . Specifikace vztahu SBGN Entity byla zveřejněna 1. září 2009 [5] ve stejnou dobu jako první specifikace SBGN Activity Flow [6] .

Typy diagramů

Specifikace jazyka SBGN popisuje tři typy diagramů:

Pomocí těchto tří diagramů mohou biologové jednoznačným způsobem graficky znázornit znalosti o struktuře interakcí v biologickém systému. Při vývoji standardů byla velká pozornost věnována vytvoření omezeného souboru grafických prvků (abecedy) s přesně definovanou sémantikou. Díky omezené grafické abecedě a jednoduché gramatice je SBGN jednoduchý a pohodlný, vhodný nejen pro vědecké publikace, ale také pro použití v knihách a učebních pomůckách.

Procesní diagram představuje biologický systém jako síť vzájemně souvisejících a časově organizovaných procesů [3] [4] .

Interakční diagram představuje biologický systém jako soubor párových interakcí bez zohlednění jejich organizace v čase. Hlavním důvodem pro vytvoření tohoto diagramu byla potřeba překonat efekt tzv. kombinatorické exploze . Systémy popsané SBGN-ER jsou prezentovány jako soubory pravidel, které popisují vliv prvků systému na interakce v rámci systému [5] .

Diagram toku aktivit , na rozdíl od předchozích dvou, popisuje systém nikoli jako soubor fyzikálních činitelů, molekulárních poolů ( SBGN-PD ) nebo jednotlivých činitelů ( SBGN-ER ), ale jako tok informací mezi různými biochemickými aktivitami. Aktivitu mohou realizovat různá biologická činidla (například různé enzymy se společným číslem EC) a jedno činidlo se může podílet na realizaci několika biologických činností (funkcí) [6] .

Softwarové produkty, které podporují standardy SBGN (hlavně SBGN-PD ) jsou již k dispozici [7] .

Viz také

Odkazy

Poznámky

  1. ↑ Le Novère N., Hucka M., Mi H., Moodie S., Schreiber F., Sorokin A et al. Grafická notace systémové biologie.  (anglicky)  // Nature Biotechnology  : journal. - Nature Publishing Group , 2009. - Sv. 27 , č. 8 . - str. 735-741 . - doi : 10.1038/nbt.1558 . — PMID 19668183 .
  2. ↑ Kohn KW, Aladjem MI, Weinstein JN, Pommier Y. Molekulární interakční mapy bioregulačních sítí: obecná rubrika pro systémovou biologii. Mol Biol Cell (2006) doi:10.1091/mbc.E05-09-0824
  3. ↑ 1 2 Le Novère N, Moodie S, Sorokin A, Hucka M, Schreiber F, Demir E, Mi H, Matsuoka Y, Wegner K, Kitano H. Systems Biology Graphical Notation: Process Diagram Level 1. Nature Precedings (2008) doi :10101/npre.2008.2320.1 Archivováno 5. května 2014 na Wayback Machine
  4. ↑ 1 2 Moodie S, Le Novère N, Sorokin A, Mi H, Schreiber F. Systems Biology Graphical Notation: Process Description Language Level 1. Nature Precedings (2009) doi:10.1038/npre.2009.3721.1 Archivováno 17. července 2010 Wayback Machine
  5. ↑ 1 2 Le Novère N, Moodie S, Sorokin A, Schreiber F, Mi H. Systems Biology Graphical Notation: Entity Relationship language Level 1. Nature Precedings (2009) doi:10.1038/npre.2009.3719.1 Archived 16. July 2010 Wayback Machine
  6. ↑ 1 2 Mi H, Schreiber F, Le Novère N, Moodie S, Sorokin A. Systems Biology Graphical Notation: Activity Flow language Level 1. Nature Precedings (2009) doi:10.1038/npre.2009.3724.1 Archived 16. července 2010 Wayback Machine
  7. ↑ Komunita#SBGN_Software . sbgn.org. Získáno 4. srpna 2010. Archivováno z originálu dne 4. května 2012.