SIMAP@home

SIMAP  je zkratka pro " Podobnostní matice proteinů ", je dobrovolnická počítačová databáze podobností proteinů , která je volně dostupná pro vědecké účely. SIMAP používá algoritmus FASTA k predikci podobnosti proteinů, zatímco jiná aplikace používá skrytý Markovův model k hledání proteinových domén .

SIMAP je společný projekt Technické univerzity v Mnichově a Národního výzkumného centra pro životní prostředí a zdraví v Neuerbergu .

Ve čtvrtém čtvrtletí roku 2010 se projekt přesunul na Vídeňskou univerzitu .

Od roku 2011 se data SIMAP používají v databázi interakcí protein-protein STRING (od verze 9.0), namísto dat BLAST prováděných pro předchozí verze STRING [1] [2] .

Projekt obvykle vydává úkoly na začátku každého měsíce.

Projekt SIMAP byl ukončen v roce 2014 . Vývojáři oznámili SIMAP 2.

SIMAP 2

Projekt počítá podobnost pomocí Smith-Watermanova algoritmu [3] .

Poznámky

1. ↑ STRING - Známé a předpokládané interakce protein-protein . Získáno 5. srpna 2011. Archivováno z originálu dne 23. července 2010. (neurčitý)
2. ↑ Szklarczyk D, Franceschini A, Kuhn M, Simonovic M, Roth A, Minguez P, Doerks T, Stark M, Muller J, Bork P, Jensen LJ, von Mering C. Databáze STRING v roce 2011: funkční interakční sítě proteinů, globálně integrované a bodované.
3. ↑ Výpočet zarovnání sekvencí v SIMAP 2.0. Archivováno z originálu 11. ledna 2015.

Literatura

• Arnold R., Rattei T, Tischler P., Truong MD, Stumpflen V., Mewes W. SIMAP – matrice podobnosti proteinů, Bioinformatics (Oxford, Anglie), 1. září 2005. Archivováno 4. července 2008 na Wayback Machine
• Garcia MC, Sanz-Bobia MA, Picob J. SIMAP: Inteligentní systém pro prediktivní údržbu: Aplikace pro sledování zdravotního stavu převodovky větrných turbín, 2006.  (nedostupný odkaz)
• Rattei T., Tischler P., Arnold R., Hamberger F., Krebs J., Krumsiek J., Wachinger B., Stümpflen V., Mewes W. SIMAP — strukturování sítě proteinových podobností, 2007
• H. Werner Mewes, Andreas Ruepp, Fabian Theis, Thomas Rattei, Mathias Walter, Dmitrij Frishman, Karsten Suhre, Manuel Spannagl, Klaus FX Mayer, Volker Stumpflen a Alexey Antonov. MIPS: spravované databáze a komplexní sekundární datové zdroje v roce 2010

Odkazy

• Oficiální stránky projektu
• Vyhledávání v databázi "SIMAP 1"