SMART (databáze)

SMART (Simple Modular Architecture Research Tool) je databáze používaná při identifikaci a analýze proteinových domén v proteinových sekvencích [1] [2] . SMART používá algoritmus založený na aplikaci Hidden Markov Models na vícenásobné zarovnání k detekci domén v proteinových sekvencích . K lednu 2012 obsahoval SMART 1009 doménových modelů [3] . Data SMART byla použita k vytvoření databáze konzervovaných domén ( CDD , databáze konzervovaných domén) a jsou také prezentována jako součást databáze InterPro . [čtyři]

Databáze je organizována Evropskou laboratoří molekulární biologie v Heidelbergu .

Viz také

• PROSITE
• Interpro

Odkazy

• SMART web

Poznámky

1. ↑ Schultz J., Milpetz F., Bork P., Ponting CP SMART, jednoduchý výzkumný nástroj modulární architektury: identifikace signálních domén   // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America  : journal. - 1998. - Květen ( roč. 95 , č. 11 ). - S. 5857-5864 . - doi : 10.1073/pnas.95.11.5857 . — PMID 9600884 .
2. ↑ Letunic I., Doerks T., Bork P. SMART 6: nedávné aktualizace a nový vývoj  // Nucleic Acids Res  . : deník. - 2009. - Leden ( roč. 37 , č. Vydání databáze ). - P.D229-32 . doi : 10.1093 / nar/gkn808 . — PMID 18978020 .
3. ↑ Letunic I., Doerks T., Bork P. SMART 7: nedávné aktualizace zdroje anotací proteinové domény  // Nucleic Acids Res  . : deník. - 2012. - Leden ( roč. 40 , č. Vydání databáze ). - P.D302-5 . doi : 10.1093 / nar/gkr931 . — PMID 22053084 .
4. ↑ Mulder NJ, Apweiler R., Attwood TK, et al. InterPro: integrovaný dokumentační zdroj pro proteinové rodiny, domény a funkční stránky   // Brief . Bioinformatika: časopis. - 2002. - září ( vol. 3 , no. 3 ). - str. 225-235 . - doi : 10.1093/bib/3.3.225 . — PMID 12230031 .