| Sortase A | |
|---|---|
| Identifikátory | |
| Kód KF | 3.4.22.70 |
| Enzymové databáze | |
| IntEnz | pohled IntEnz |
| BRENDA | Vstup BRENDA |
| ExPASy | NiceZyme pohled |
| MetaCyc | metabolická dráha |
| KEGG | Vstup do KEGG |
| PRIAM | profil |
| Struktury PNR | RCSB PDB PDBe PDBj PDBsoučet |
| Vyhledávání | |
| PMC | články |
| PubMed | články |
| NCBI | NCBI proteiny |
Sortáza A (EC 3.4.22.70, SrtA , protein SrtA, sortáza SrtA ) je enzym . [1] [2] [3] Tento enzym katalyzuje následující chemickou reakci
Enzym katalyzuje třídicí reakci buněčné stěny , při které se třídicí signální povrchový protein obsahující motiv LPXTG štěpí mezi zbytky Thr a Gly.Tento enzym patří do rodiny C60 peptidáz .
Sortáza A má osmivláknový β-barelový záhyb s hydrofobní štěrbinou tvořenou β7-β8 řetězci. Tato mezera je obklopena smyčkami β3-β4, β2-β3, β6-β7 a β7-β8. Katalytický cysteinový zbytek sídlí v této mezeře a přijímá následnou vazbu nukleofilního činidla. Smyčka β3-β4 obsahuje vazebné místo pro vápník, které váže vápník prostřednictvím koordinace se zbytkem ve smyčce β6-β7. Tato vazba zpomaluje pohyb smyčky β6-β7, což umožňuje substrátu sortázy vázat se a osminásobně zvýšit jeho aktivitu. [čtyři]
Sortáza A je široce používána jako in vitro nástroj pro posttranslační modifikaci proteinů na N- a C-konci s připojenou značkou. Tyto značky zahrnují biotin, fluorofory, síťovadla a multifunkční sondy. [5]
V obou případech je jedna molekula navržena tak, aby obsahovala motiv LPXTG na jednom konci a druhá molekula je navržena tak, aby obsahovala motiv (Gly)n na druhém konci. Po odštěpení motivu LPXTG tvoří Sortase s upravenou molekulou thioesterový meziprodukt. Tento meziprodukt je poté štěpen nukleofilním útokem z molekuly obsahující (Gly)n za vzniku fúze dvou molekul s motivem meziproduktu LPXT (Gly)n.
Pro dosažení N-koncového značení proteinu byl navržen motiv LPXTG, který je umístěn na C-konci značky. Protein je konstruován s N-koncem (Gly)n. Aby se dosáhlo C-konce stejného proteinu, je navržen motiv LPXTG, který se nachází na C-konci proteinu. Molekula (Gly)n je navržena tak, aby obsahovala značku na svém C-konci.
Konečně, oba N a C konce proteinů mohou být značeny sortázami s různými substrátovými specificitami. Například Sortáza A ze Streptococcus pyogenes rozpoznává a štěpí motiv LPXTA a přijímá nukleofily na bázi Ala. Tento SrtA také rozpoznává a štěpí motiv LPXTG s menší účinností. Nicméně, Staph. A. Sortáza A nerozpoznává substráty LPXTA a je proto ortogonální k sekvencím LPXTA.
Kromě toho byla Sortáza A také použita k vytváření proteinů, proteinových domén a peptidů po částech. [6]