| PubMed | |
|---|---|
| URL | ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/ |
| Komerční | Ne |
| Typ webu | Databáze vědeckých periodik |
| Registrace | Volitelně |
| jazyky) | Angličtina |
| Majitel | Národní centrum pro biotechnologické informace |
| Začátek práce | 1997 |
| Aktuální stav | Funkční |
| Země | |
| Mediální soubory na Wikimedia Commons | |
PubMed je bezplatný vyhledávač pro biomedicínský výzkum vytvořený Národním centrem pro biotechnologické informace ( NCBI) v roce 1997 . Portál denně navštíví asi 2,5 milionu uživatelů [1] [2] .
PubMed poskytuje přístup k několika databázím najednou, ale za klíčovou je považována kolekce MEDLINE , která obsahuje více než 30 milionů citací z přírodních, chemických a behaviorálních věd , včetně bioinženýrství a biofyziky [3] . Postupem času byly do PubMed integrovány PreMEDLINE, OLDMEDLINE a sbírka knih NCBI [4] [5] [6] . PubMed také poskytuje přístup k online úložišti PubMed Central [4] .
Portál má zásadní vliv na rozvoj přírodních věd tím, že poskytuje badatelům možnost svobodně vyhledávat potřebné informace a šíří principy medicíny založené na důkazech a otevřené vědy [7] .
Historie PubMed sahá až do konce 19. století, kdy terénní chirurg John Shaw Billings s kolegou Robertem Fletcherem indexovali sbírku Vojenské lékařské knihovny . V té době ji tvořilo více než 50 000 knih, časopisů a brožurek z oblasti lékařství a přírodních věd. První z 15 svazků katalogu vyšel v roce 1880, poslední v roce 1895. Celkem bylo v letech 1880 až 1961 vydáno pět řad indexového katalogu [8] .
Aby klinikům a výzkumníkům usnadnila vyhledávání informací, začala knihovna od roku 1879 vydávat Index Medicus , měsíční bibliografický rejstřík , který obsahoval informace o nejnovějších vydáních časopisů, jakmile byly knihovně k dispozici. V roce 1927 byl Index Medicus sloučen s podobným čtvrtletníkem Americké lékařské asociace Quarterly Cumulative Index Medicus . Na konci každého roku také probíhal kumulativní index všech měsíčních vydání Index Medicus s názvem The Cumulated Index Medicus . Aby badatel v červnu 1930 našel potřebnou literaturu, musel si nejprve prohlédnout šest svazků Index Medicus z posledních měsíců a poté svazky Cumulated Index Medicus vydané v předchozích letech [8] .
V roce 1956 byla aktem Kongresu založena Národní lékařská knihovna Spojených států ( NLM ) . Pod jejím vedením v roce 1964 zavedli mechanizované metody indexování knihovních katalogů. Brzy byla vytvořena bibliografická databáze MEDLARS, která nahradila Index Medicus [8] [9] . Prohledávání MEDLARS však bylo stále obtížným úkolem: speciálně vyškolení specialisté museli přeložit každý vyhledávací dotaz do strojového kódu , prorazit potřebné karty, sestavit balíčky s výsledky vyhledávání a zadat je do systému. Počítač poté automaticky prohledal databázi uloženou na magnetických páskách a získal odpovídající záznamy. Následně mohly být vytištěny a zaslány balíkovou poštou. Průměrná doba zpracování mezi odesláním žádosti a obdržením výsledků byla 4–6 týdnů, takže jakékoli upřesnění vyhledávání vyžadovalo více času. Přes nedostatky byl proces méně pracný než ruční prohledávání svazků Index Medicus [8] .
V roce 1971 iniciovalo Národní centrum pro biotechnologické informace (NCBI) při Národní lékařské knihovně USA (NLM) vytvoření MEDLINE , online vyhledávače biomedicínské literatury. MEDLINE umožnil knihovnám provádět v reálném čase bibliografické vyhledávání citací indexovaných v katalogu. MEDLINE byl poháněn vyhledávacím softwarem ELHILL , který umožňoval vyhledávání podle názvu, autora, titulů, data vydání. Páteřní spojení s městy v USA a Evropě zajišťovala obchodní síť Tymshare . V době svého vzniku byla MEDLINE jednou z největších strojově čitelných databází na světě s více než 1,5 miliony citací v lékařské literatuře [8] .
Zpočátku byl MEDLINE dostupný pouze v lékařských knihovnách, kde pracovníci zpracovávali žádosti výzkumníků a převáděli požadavky pomocí předmětových hesel. Poté prováděli vyhledávání pomocí terminálů připojených k počítači NLM. Doba připojení byla příliš drahá na to, aby se dala plýtvat, takže uživatelé před odesláním požadavku konzultovali objemy tištěných katalogů, aby připravili nejúčinnější strategii vyhledávání. Pro zlepšení dostupnosti NLM spustila Entrez , textový vyhledávač založený na proprietárním softwaru. Pro rychlé vyhledání informací Entrez použil indexovací systém [10] [4] [5] , který umožňoval přímý přístup do databáze [11] . Uživatelé mohli upřesnit své hledané výrazy a vytisknout maximálně 25 výsledků s úplnými bibliografickými údaji. Další citace byly k dispozici na vyžádání prostřednictvím tiskové služby, která je následně zaslala poštou. Po dvou letech poskytování bezplatných služeb NLM zavedla poplatek za využívání MEDLINE. Počáteční cena byla 6 USD za hodinu za připojení k terminálu a 10 ¢ za stránku za samostatný tisk. V roce 1976 byla sazba zvýšena na 12 $ za hodinu [8] .
Dne 26. června 1997 oznámil americký viceprezident Al Gore na ceremonii v Capitolu vytvoření PubMed, webového vyhledávače pro přírodovědnou databázi MEDLINE [10] . Hlavním cílem projektu bylo poskytnout otevřený přístup k informacím v oblasti biomedicíny [6] . PubMed rozšířil Entrez propojením článků MEDLINE s fulltextovými weby podporovanými vydavateli. V době svého vzniku obsahoval PubMed citace z více než 4 000 časopisů publikovaných od roku 1965, včetně Cell , Journal of Biological Chemistry , Journal of Cell Biology , The New England Journal of Medicine and Science [5] [12] .
V průběhu let prošel PubMed četnými transformacemi, aby se stal více než jen rozhraním pro vyhledávání citací MEDLINE. Do PubMed byly integrovány databáze PreMEDLINE, OLDMEDLINE a také knihy ze sbírky Národního centra biotechnologických informací [4] [5] [6] . PubMed také poskytuje přístup k databázi PubMed Central plných textů biomedicínských prací [4] .
Vyhledávač PubMed poskytuje přístup k největší databázi biomedicínských citací a je nezbytným nástrojem pro práci specialistů v oblasti přírodních věd [13] .
PubMed dokumentuje lékařské a biologické články z odborné literatury a poskytuje také odkazy na články v plném znění. PubMed zahrnuje data z následujících oblastí: lékařství , stomatologie , veterinární lékařství , všeobecné zdraví , psychologie , biologie , genetika , biochemie , cytologie , biotechnologie , biomedicína atd. Zdokumentováno je přibližně 3800 biomedicínských publikací. Databáze PubMed se ročně rozroste o 500 000 dokumentů. Vyhledávání je založeno na principu Medical Subject Headings (MeSH).
Každému článku je přiděleno jedinečné identifikační číslo PMID ( PubMed Identifier - PubMed identifier ) [14] .
MEDLINE je databáze klíčů PubMed. Obsahuje aktuální informace pro odborníky v oblasti základního výzkumu , lékařské péče, sociální hygieny a organizace zdravotnictví . MEDLINE zahrnuje údaje o pracích v přírodních, chemických, behaviorálních vědách a také v bioinženýrství a biofyzice [9] . Všechny časopisy a články zařazené do MEDLINE jsou pečlivě kontrolovány z hlediska kvality použité literatury, obsahu, objemu, dostupnosti článků v cizích jazycích, peer review [4] [7] [10] . Vydavatelé zasílají elektronická metadata přímo do NLM, načež pracovníci knihovny ručně indexují příchozí položky – kontrolují chyby a přiřazují heslá lékařských předmětů (MeSH).
MEDLINE obsahuje informace pouze o metadatech, v procesu indexace jsou však do děl s otevřeným přístupem přidávány odkazy na plnou verzi [9] . Většina materiálů pochází z anglických jazykových zdrojů nebo má abstrakty v angličtině [10] . K červnu 2022 obsahoval portál MEDLINE více než 30 milionů citací biomedicínské literatury [15] .
PubMed integruje PreMEDLINE, databázi citací z vědeckých prací, které již byly předloženy MEDLINE, ale ještě nebyly indexovány. Po zpracování jsou automaticky nahrány do MEDLINE a odstraněny z PreMEDLINE. Databáze se nejčastěji používá k vyhledávání referenčních materiálů na „horká témata“. Bibliografické popisy z databáze PreMEDLINE mají speciální značku [PubMed - in process] [16] .
V roce 2003 byla databáze OLDMEDLINE integrována do PubMed. Obsahuje citace článků publikovaných v mezinárodních biomedicínských časopisech z oblasti medicíny, preklinického výzkumu a příbuzných zdravotnických věd, které byly publikovány v tištěných indexech 1953-1965 [17] . Německý institut pro lékařské záznamy a informace (DMDI) spolu s Mezinárodním centrem MEDLARS v Německu a Národní lékařskou knihovnou USA sestavil v polovině 90. let OLDMEDLINE. DMDI vlastnilo pásky obsahující původní data Cumulated Index Medicus (CIM) pro roky 1953-1965, která byla následně převedena a převedena do NLM. Citace OLDMEDLINE byly vytvořeny pomocí jiných standardů než MEDLINE. V citacích OLDMEDLINE také chybí kumulativní změny a vylepšení, které byly provedeny v jiných souborech NLM během roční údržby. Některé sekce mohou obsahovat zastaralé nebo chybné informace. Databáze odráží především obsahy původních tištěných rejstříků, které byly vytvořeny v souladu s dobovými politikami a postupy [17] [16] .
Knihovnička Národního centra pro biotechnologické informace (NCBI) je bezplatný online archiv více než 6 000 vědeckých a zdravotnických knih a článků. Vzniká v roce 1999 sbírkou oborových učebnic a klíčových textů z těchto oborů. Následně byla doplněna o soubor tematických monografií ve volném přístupu. Autoři, redaktoři, sponzoři a vydavatelé poskytují fulltextový obsah díla ve formátu XML sami . To jim přináší řadu výhod, z nichž hlavní je rozšíření okruhu potenciálních čtenářů [18] .
PubMed neposkytuje přístup k fulltextovým verzím článků, ale poskytuje odkazy na PubMed Central (PMC), bezplatný online výzkumný repozitář [19] [20] [21] . PMC byla založena v roce 1999 z iniciativy ředitele National Institutes of Health (NIH) Harolda Varmuse [6] a spuštěna v roce 2000. Před vytvořením PubMed Central byli výzkumníci nuceni nezávisle vyhledávat plné verze článků na webových stránkách vydavatelů. Většina těchto publikací však byla skryta za paywallem . S příchodem online úložiště mohou uživatelé přímo získat plné textové verze příspěvků (pokud jsou veřejně dostupné) kliknutím na odkaz z PubMed [22] .
V roce 2008 oznámil Národní institut zdraví zavedení politiky otevřeného přístupu. Jedním z jeho ustanovení bylo povinné umístění kopií článků publikovaných s granty NIH v PubMed Central [19] . Od roku 2019 se sbírka PMC skládala z přibližně 88 % časopiseckých článků zahrnutých do databází PubMed a 12 % jednotlivých článků, které spadaly pod mandát NIH [4] [23] . K červnu 2022 bylo v PMC archivováno přes 8 milionů dokumentů [24] .
Někteří výzkumníci kritizovali integraci PubMed a PubMed Central za to, že v posledně jmenovaném mají publikace z predátorských časopisů . Studie z roku 2017 tedy ukázala, že více než 10 % predátorských časopisů v některých příbuzných oborech je indexováno v PubMed. Do dubna 2017 se tato čísla zvýšila na 23,7 % u pracovních míst v oblasti rehabilitace, 16 % u neurověd a 24,7 % u neurověd [25] [4] .
Citace z tak unikátních databází jako HealthSTAR, AIDSLINE, HISTLINE, SPACELINE, BIOETHICSLINE [10] [8] [26] [9] jsou také integrovány do PubMed .
Domovská stránka PubMed obsahuje jednoduché vyhledávací pole a hypertextové odkazy na příručky, nástroje a další zdroje. Poté, co uživatel zadá otázku, PubMed ji automaticky zpřesní prostřednictvím identifikačního systému MeSH ( Medical Subject Headings ). To umožňuje nejdůkladnější vyhledávání všech materiálů v souvisejících databázích [27] [9] [8] .
PubMed poté zobrazí výsledky. Ve výchozím nastavení systém třídí výsledky podle data, kdy byly přidány do PubMed, a prezentuje je v souhrnném formátu s 20 články na stránku. Uživatelé mají přístup k názvu článku, seznamu autorů, zdroji informací (např. název časopisu, za kterým následuje datum vydání, ročník, číslo, strany) a jedinečné číslo záznamu PubMed nebo identifikátor PubMed (PMID). U článků v jiném než anglickém jazyce je název přeložen do angličtiny a umístěn v závorkách. V tomto případě je původní jazyk uveden jako dodatečná položka. Název deníku se u každého záznamu zobrazuje ve zkrácené podobě [8] .
Stránka s výsledky také poskytuje uživateli nástroje a možnosti pro filtrování podle typu a data publikace. Pokud je počet publikovaných článků dostatečně vysoký, zobrazí se v pravém horním rohu stránky sloupcový graf znázorňující trend jejich využívání v posledních letech. Všechna data lze stáhnout ve formátu CSV . PubMed také zobrazuje abstrakt článku, kontakt na hlavního autora, odkaz na celý text a související citace [8] .
PubMed neuchovává plné znění samotných článků. Pokud je však na webu vydavatele k dispozici plná verze díla, systém na ni automaticky vygeneruje odkaz, i když je článek skrytý za paywallem . Pokud je plná textová verze hostována v úložišti PubMed Central, objeví se odkaz na plný text, když je jeho abstrakt zobrazen v PubMed [8] .
Domovská stránka PubMed obsahuje jednoduché vyhledávací pole a hypertextové odkazy na příručky, nástroje a další zdroje. Poté, co uživatel zadá otázku, PubMed ji automaticky zpřesní prostřednictvím identifikačního systému MeSH ( Medical Subject Headings ). To umožňuje nejdůkladnější vyhledávání všech materiálů v souvisejících databázích [27] [9] [8] .
PubMed poté zobrazí výsledky. Ve výchozím nastavení systém třídí výsledky podle data, kdy byly přidány do PubMed, a prezentuje je v souhrnném formátu s 20 články na stránku. Uživatelé mají přístup k názvu článku, seznamu autorů, zdroji informací (např. název časopisu, za kterým následuje datum vydání, ročník, číslo, strany) a jedinečné číslo záznamu PubMed nebo identifikátor PubMed (PMID). U článků v jiném než anglickém jazyce je název přeložen do angličtiny a umístěn v závorkách. V tomto případě je původní jazyk uveden jako dodatečná položka. Název deníku se u každého záznamu zobrazuje ve zkrácené podobě [8] .
Stránka s výsledky také poskytuje uživateli nástroje a možnosti pro filtrování podle typu a data publikace. Pokud je počet publikovaných článků dostatečně vysoký, zobrazí se v pravém horním rohu stránky sloupcový graf znázorňující trend jejich využívání v posledních letech. Všechna data lze stáhnout ve formátu CSV . PubMed také zobrazuje abstrakt článku, kontakt na hlavního autora, odkaz na celý text a související citace [8] .
PubMed neuchovává plné znění samotných článků. Pokud je však na webu vydavatele k dispozici plná verze díla, systém na ni automaticky vygeneruje odkaz, i když je článek skrytý za paywallem . Pokud je plná textová verze hostována v úložišti PubMed Central, objeví se odkaz na plný text, když je jeho abstrakt zobrazen v PubMed [8] .
Pro indexování článků v PubMed je integrován systém Medical Subject Headings . MeSH umožňuje vytvořit standardní systém slovní zásoby, který usnadňuje efektivní vyhledávání informací. Příkladem jsou slova „ telemedicína “ a „telehealth“, která se často používají zaměnitelně. Databáze MeSH obsahuje řízenou slovní zásobu a rejstříkové termíny. Je přístupný z domovské stránky PubMed. MeSH má tři hlavní pojmy: předmětová hesla (deskriptory), vstupní podmínky a podnadpisy (kvalifikátory) [28] [29] . MeSH umožňuje vypořádat se s problémem nejednotné terminologie v biomedicínské práci, která má velký vliv na přesnost dotazů [30] .
Pracovníci NLM ručně identifikují termíny MeSH (obvykle 10-12) v každém příchozím papíru [31] . To vám umožní předdefinovat termíny a integrovat synonyma. Například dotaz „infarkt“ je v MeSH indexován jako „infarkt myokardu“ [31] .
Poté, co uživatel zadá dotaz, PubMed automaticky zahrne alternativní hláskování a výrazy MeSH spojené s požadovanou frází. Pomocí MeSH pro vyhledávání je přesnější [31] . Termíny jsou uspořádány hierarchicky podle předmětových kategorií. Pro rozšíření nebo zúžení vyhledávání mohou uživatelé nezávisle vybrat výrazy umístěné nad nebo pod ve struktuře [32] .
MeSH také umožňuje zaměřit vyhledávání na konkrétní témata, jako je ekonomika telemedicíny pro diabetes. K tomu musí uživatelé nejprve vyhledat slovo „telemedicína“, ale před odesláním termínu MeSH konstruktoru vyberte titulek (kvalifikátor) zaškrtnutím příslušných políček. Výsledkem bude kombinace termínu MeSH a podnadpisu v okně nástroje pro tvorbu vyhledávání, v tomto případě: "Telemedicína/Ekonomika"[Mesh]. Podnadpisy MeSH jsou připojeny k nadpisu předmětu s lomítkem (/). Vyhledávací dotaz zůstane v okně nástroje pro tvorbu vyhledávání, což uživatelům umožní k dotazu přidat další výrazy. Do vyhledávacího dotazu lze poté doplnit výraz MeSH pro diabetes, tj. „Diabetes Mellitus“ [Mesh], a kombinaci těchto dvou výrazů lze odeslat pro vyhledávání PubMed. Tato metoda výrazně sníží počet výsledků ve srovnání s použitím termínu MeSH bez kvalifikátoru. Výsledky však budou konkrétnější a tím pádem i relevantnější pro dotaz [28] .
Rozhraní portálu prošlo několikrát velkými změnami. V roce 2000 byl kompletně změněn jeho design, byly přidány filtry podle jazyka a let a také funkce prohlížení historie vyhledávání, ukládání, analýza a tisk vybraných citací pro jeden nebo více výsledků vyhledávání [6] .
Začátkem roku 2020 byla spuštěna aktualizovaná verze, která získala smíšené recenze od uživatelů, kteří jsou zvyklí na staré rozhraní [2] . Tři hlavní funkce „Using PubMed“, „PubMed Tools“ a „Additional Resources“ byly změněny na „Learn“, „Find“, „Download“ a „Explore“. Nová verze se zaměřuje na zrychlené vyhledávání informací a je pohodlnější v mobilní verzi. Byla také přidána funkce „Výsledky podle roku“, která uživateli umožňuje sledovat trendy používání. Typ článku, přítomnost textu, věkové a jazykové filtry jsou některé z oblíbených nástrojů přenesených ze staré verze PubMed [33] .
askMEDLINE je bezplatný textový vyhledávací nástroj pro MEDLINE/PubMed. Byla vytvořena na základě PICO ( anglicky Patient, Intervention, Comparison, Outcome nebo „Patient, Intervention, Comparison, Outcome“), vyhledávací metody MEDLINE / PubMed vyvinuté pro zaneprázdněné klinické lékaře se zájmem o praxi medicíny založené na důkazech , ale nezná řízené slovníky, které by mohly zefektivnit vyhledávání [34] . Uživatelé AskMEDLINE mohou zadat klinickou otázku v „hovorovém“ jazyce a vyhledávač automaticky najde příslušné články v časopisech [34] .
askMEDLINE je založen na vícefázové strategii vyhledávání. V první fázi analyzátor ignoruje interpunkci a odstraňuje slova nalezená v seznamu ignorovaných slov. Analyzátor, PHP skript, pak odešle upravený požadavek do E-Utilities PubMed Entrez. Soubor XML (Extensible Markup Language) vrácený E-Utilities určuje kategorii každého výrazu v dotazu. Termíny označené "Všechna pole" znamenají, že se nejedná ani o termíny pro lékařské předměty (MeSH), ani o podnadpisy MeSH. Pokud je slovo "Všechna pole" v podpůrném slovníku, zůstane v dotazu; pokud tomu tak není, je odstraněn. Zbývající podmínky jsou zaslány zpět PubMed prostřednictvím E-Utilities. Pokud je počet vyhledání protokolu po prvním kole mezi 1 a 50 000 , zobrazí se prvních 20 výsledků a vyhledávání se ukončí [34] .
Vyhledávání může postoupit do druhého kola, pokud bylo v prvním kole použito příliš mnoho filtrů, což vedlo k tomu, že nebyl nalezen dostatek článků, nebo pokud počet vyhledávacích dotazů v prvním kole přesáhl 50 000 článků (což znamená, že vyhledávání bylo příliš široké) [ 34] .
Jen za první rok obdržel askMEDLINE více než 15 000 požadavků, většinou ve formě otázek nebo složitých frází. Nejžádanější dotazy se týkaly terapie [35] .
Moje NCBIOd roku 2010 si uživatelé PubMed mohou vytvářet vlastní účty díky funkci My NCBI . Personalizovaný přístup umožňoval ukládat relevantní citace a vyhledávání, nastavovat jedinečné parametry vyhledávání a nastavovat upozornění na vyhledávání a využívat další pokročilé možnosti v PubMed [36] . Od 1. června 2021 již účty NCBI nebudou dostupné. Uživatelé byli požádáni, aby se přihlásili prostřednictvím přihlašovacích údajů eRA Commons, ORCID , Google , Login.gov nebo Einstein AD [37] .
LinkOutLinkOut spojuje PubMed s jakýmikoli externími zdroji NCBI. Program poskytuje uživatelům přístup k plnotextovým verzím článků umístěných na publikačních portálech. K červnu 2022 poskytovalo údaje LinkOut pravidelně 4271 vydavatelů [38] [39] .
Hospodský prohledávačPubMed je integrován s webovou službou PubCrawler , která uživatelům umožňuje vytvářet personalizované webové stránky. PubCrawler původně existoval jako skript v Perlu , který automaticky sleduje nové výsledky pro předdefinované dotazy v PubMed prostřednictvím vyhledávače Entrez NCBI. Brzy se však jeho tvůrci rozhodli zpřístupnit jej dalším uživatelům. Po registraci mohou uživatelé nastavit své požadavky na PubMed prostřednictvím konfigurátoru PubCrawler. Po obdržení výsledků je systém automaticky porovná s předchozími požadavky uživatele a ponechá pouze nezhlédnutá díla. Služba vám tak umožňuje sledovat nové články a doporučení. PubCrawler funguje také jako automatický výstražný systém, který rozesílá krátká upozornění nebo e-maily s nejnovějšími aktualizacemi, jakmile budou k dispozici [40] .
PubMed CommonsV roce 2013 NCBI spustila pilotní verzi PubMed Commons. Služba umožňovala uživatelům veřejně komentovat abstrakty umístěné v databázi. Tvůrci se snažili vytvořit prostor pro diskusi o vědeckých pracích [41] a bojovat tak s problémem nereprodukovatelnosti vědeckých poznatků [42] , ale služba mezi badateli rozruch nevzbudila. Přesto v roce 2015 tvůrci projektu prodloužili financování PubMed Commons o další rok. V tomto období však byly komentáře ponechány pouze u 6000 z 28 milionů článků a v roce 2018 padlo definitivní rozhodnutí o ukončení služby [43] . Uživatelé byli vyzváni, aby přešli na podobnou platformu PubPeer , která umožňovala komentátorům zůstat v anonymitě [44] .
Identifikátor PubMedPubMed Identifier neboli PMID je 1 až 8místné inventární číslo pro správu záznamů v PubMed. Každému dílu indexovanému v databázi je přiřazen identifikátor, přičemž pomocí PMID lze nalézt jakoukoli citaci. S nárůstem sběru bylo v roce 2012 rozhodnuto rozšířit identifikátor PMID a přidat desetitisícový zlomek (například PMID-10097079.2). Před rokem 2004 obsahovalo mnoho záznamů kromě PMID také jedinečný identifikátor MEDLINE, od toho se však od té doby upustilo [45] .
PubMed MobileV roce 2012 byla vydána aplikace PubMed pro iOS [46] .
V roce 2015 byla pro uživatele, kteří stránku kontrolují z mobilních zařízení, k dispozici mobilní verze – PubMed Mobile [47] . Aktualizace pro rok 2020 zlepšila prostředí PubMed Mobile na zařízeních s poměrem stran na výšku [33] .
PubMed je jedním z nejdůležitějších vyhledávacích nástrojů pro biomedicínskou literaturu a byl přirovnáván k přírodnímu vyhledávači Google [7] [48] . Platforma poskytuje uživatelům bezplatný přístup k databázi citací z milionů vědeckých publikací téměř ve všech biomedicínských výzkumech v anglickém jazyce [49] . Podle údajů z roku 2017 navštívilo portál denně asi 2,5 milionu uživatelů [1] .
Nejčastěji PubMed využívají výzkumníci a odborníci v oblasti biomedicíny a přírodních věd. Členové široké veřejnosti však mohou snadno najít informace o špičkovém výzkumu jakékoli nemoci [50] . Všechna indexovaná díla v MEDLINE splňují přísná kritéria, takže vydavatelé, knihovníci a autoři využívají zdroj k ověření kvality svých zdrojů [4] .
PubMed prosazuje principy otevřené vědy a volného přístupu k vědeckým poznatkům. Portál je propojen s PubMed Central, prvním online úložištěm výzkumné literatury. V roce 2005 zavedla NIH politiku, která vyžaduje, aby byly do centrální databáze PubMed předloženy recenzované primární kopie [51] . Veškerý státem financovaný výzkum se tak stává dostupným veřejnosti. To pomáhá praktikům získat přístup ke klíčovým materiálům v jejich oboru a bojovat proti paywallům. Otevřený přístup také zvyšuje pravděpodobnost citování díla autora [4] [19] .
Databáze PubMed se také často používají pro scientometrickou analýzu . Například Verum Analytics, komerční firma se sídlem v Connecticutu , vyvinula nástroj pro analýzu a zlepšení reprodukovatelnosti článků na základě měření údajů o článcích, ve kterých jsou citovány [52] .