Kód KF

Kód CF („klasifikace enzymů“) nebo kód enzymu  je klasifikační číslo enzymu podle mezinárodní hierarchické klasifikace. Převzatý systém klasifikuje enzymy do skupin a indexuje jednotlivé enzymy, což je důležité pro standardizaci výzkumu.

Klasifikace enzymů je založena a pravidelně aktualizována Enzyme Commission ( angl.  Enzyme Commission , odtud termín "EC number", přijatý v anglické literatuře) při International Union of Biochemistry and Molecular Biology . Každý CF kód je také spojen s doporučeným názvem odpovídajícího enzymu. Bylo klasifikováno více než 3500 enzymů.

Princip klasifikace

Klasifikace enzymů bere v úvahu reakční a substrátovou specifitu enzymů, nikoli jejich proteinovou strukturu. Kód CF definuje chemickou reakci katalyzovanou enzymem. Z tohoto důvodu mají podobné enzymy (někdy desítky) z různých organismů stejný CF, navzdory strukturálním rozdílům.

Někdy mají různé enzymy stejného organismu stejnou CF. Například pankreatická lipáza a jaterní lipáza patří do EC 3.1.1.3 , protože katalyzují stejnou chemickou reakci ( hydrolýzu esterové vazby v triglyceridu ), ačkoli první enzym je trávicí enzym a působí ve střevě , a druhý se týká enzymů metabolismu lipoproteinů v krvi .

Existuje databáze UniProt [1] , která identifikuje každý protein podle jeho primární sekvence. Obě databáze se vzájemně doplňují.

Formát šifry

Každé klasifikační číslo obsahuje zkratku KF a posloupnost čtyř čísel oddělených tečkami a je sestaveno podle určitého principu. Každé následující číslo představuje stále přesnější klasifikaci enzymu. Protože je databáze neustále aktualizována, kódy se mohou měnit a kódy některých úrovní mohou zůstat prázdné.

Třída

Podtřída

Podtřída

Kód úrovně 4

Nakonec všechny enzymy patřící do této podtřídy obdrží své sériové číslo ( čtvrté číslo v kódu).

CF 1 - Oxidoreduktázy EC 1.1 - Alkohol oxidoreduktáza EC 1.1.3 - Oxidoreduktázy, které oxidují skupinu CH-OH a redukují kyslík . EC 1.1.3.4 - Oxidoreduktázy, které oxidují glukózu v přítomnosti kyslíku . Z různých organismů jsou známy celkem 3 glukózooxidázy.

Kódy první úrovně

Třída katalyzovaná reakce Typ reakce Příklady
CF 1
oxidoreduktáza 		Redoxní reakce. Přenos atomů nebo elektronů H a O z jednoho substrátu na druhý AH + B → A + BH ( redukce )
A + O → AO ( oxidace ) 		dehydrogenáza , oxidáza
CF 2
transferázy 		Přenos funkční skupiny z jednoho substrátu na druhý. Může to být methyl, acyl, fosfát nebo amino skupina. AB+C→A+BC aminotransferáza , kinázy
KF 3
hydrolázy 		Vznik dvou produktů z jednoho substrátu hydrolýzou . AB + H2O → AOH + BH lipáza , amyláza , proteáza , fosfatáza
KF 4
Lyázy (syntázy) 		Nehydrolytická adice nebo odstranění skupiny na substrát nebo ze substrátu. Tvorba vazeb CC, CN, CO nebo CS. RCOCOOH → RCOH + CO2 karboxyláza
KF 5
izomerázy 		Intramolekulární přesmyk, tj. izomerizace molekuly substrátu. AB → BA izomerázy , mutázy atd.
CF 6
ligázy (syntetázy) 		Spojení dvou molekul v důsledku syntézy nové vazby CO, CS, CN nebo CC spojené se současnou hydrolýzou ATP . X + Y + ATP → XY + ADP + P i syntetáza
KF 7

Translokace

Transport iontů nebo molekul přes membrány nebo jejich separace v membránách. membránové transportní proteiny [2]

Historie

Enzymové nomenklaturní schéma bylo poprvé vyvinuto v roce 1955 , kdy Mezinárodní biochemický kongres v Bruselu ustavil Enzyme Commission . První verze nomenklatury se objevila v roce 1961 a zahrnovala asi 900 enzymů, ve verzi z roku 1978 to bylo více než 2000 enzymů. Verze z roku 1995 obsahuje přes 3500 enzymů.

Viz také

Poznámky

  1. ↑ ENZYME (databáze nomenklatury enzymů) (odkaz není k dispozici) . ExPASy. Získáno 14. března 2006. Archivováno z originálu 18. února 2006. 
  2. ↑ Mezinárodní unie biochemie a molekulární biologie. Nová třída enzymů: translokázy. . NOVINKY IUBMB (srpen 2018).

Odkazy


 Enzymy
Aktivita
Nařízení
Klasifikace
Typy