Oligonukleotid (z řeckého ολιγος - malý, málo, bezvýznamný a z lat. nucleus - jádro, anglicky oligonukleotid ) - krátký fragment DNA nebo RNA získaný buď chemickou syntézou, nebo štěpením delších polynukleotidů. Používají se jako sondy nebo primery .
Oligonukleotid délky L je krátká nukleotidová sekvence délky L se specifickým nukleotidovým složením. Například sekvence "ATTAGGACA" obsahuje následující oligonukleotidy délky 5 - "ATTAG", "TTAGG", "TAGGA", "AGGAC", "GGACA".
Chemická syntéza oligonukleotidů je nejúčinnější ve variantě na pevné fázi založené na fosforamiditových stavebních blocích. Syntéza oligonukleotidů je z velké části automatizovaná. Jiné metody, jako je fosfodiesterová metoda, fosfotriesterová metoda nebo H-fosfonátová metoda, jsou většinou historicky zajímavé a používají se jen zřídka. [jeden]
Chemická syntéza oligonukleotidů se provádí na pevném nosiči postupným přidáváním vhodně aktivovaných a chráněných nukleosidových stavebních bloků, dokud se nezíská požadovaná sekvence. Dále jsou všechny ochranné skupiny potřebné v procesu prodlužování řetězce odstraněny současně s oddělením oligonukleotidu od pevného nosiče. Délka a čistota produktu je určena kvalitou vazby a deprotekce. [jeden]