Sekvence Shine-Dalgarno

Shine-Dalgarnova sekvence ( Eng.  Shine-Dalgarno sekvence, Shine-Dalgarno box ) je vazebné místo pro ribozom na prokaryotické molekule mRNA , obvykle ve vzdálenosti asi 10 nukleotidů od startovacího kodonu . [1] Popsali australští vědci John Shine a Lynn Dalgarno . [2] AUG

Konsensus je sekvence šesti nukleotidů AGGAGG; v případě E. coli je Shine-Dalgarnova sekvence AGGAGGU. Komplementární sekvence CCUCCU, nazývaná anti-Shine-Dalgarnova sekvence, se nachází na 3' konci 16S ribozomální molekuly RNA . Komplementární interakce mezi sekvencemi Shine-Dalgarno a anti-Shine-Dalgarno slouží k umístění startovacího kodonu mRNA do místa P ribozomu k zahájení biosyntézy proteinu. [3]

Mutace v Shine-Dalgarnově sekvenci snižují účinnost translace . To je způsobeno snížením účinnosti tvorby komplexu mRNA- 30S -ribozomální podjednotky. Ukázalo se, že komplementární mutace v sekvenci anti-Shine-Dalgarno obnovují účinnost translace.

V okamžiku tvorby komplexu sekvencí Shine-Dalgarno a anti-Shine-Dalgarno se iniciační faktory translace IF2-GTP, IF1, IF3 a také iniciátor formylmethionyl - tRNA ( fMet-tRNA ) vážou na 30S-ribozomální podjednotka. 50S-ribozomální podjednotka se poté připojí k vytvořenému pre-iniciačnímu komplexu. [čtyři]

Protein S1 ribozomů gramnegativních bakterií

U gramnegativních bakterií není pro rozpoznání startovacího kodonu vyžadována přítomnost Shine-Dalgarnovy sekvence . Například se ukázalo, že delece Shine-Dalgarnovy sekvence z 16S rRNA nevede k zahájení translace na nesprávných místech. Navíc některé prokaryotické mRNA vůbec neobsahují Shine-Dalgarnovu sekvenci. Ribozomální protein S1 se zjevně váže na AUsekvence bohaté na p, které jsou vzdálené 15-30 nukleotidů od startovacího kodonu.

Viz také

Poznámky

  1. ↑ Kapp LD, Lorsch JR Molekulární mechanika eukaryotického překladu // Annual Review of Biochemistry 73/2004, 657-704
  2. ↑ Shine J., Dalgarno L. Determinant cistronové specificity v bakteriálních ribozomech // Nature. - 1975. - Sv. 254, č. 5495 . — S. 34–8. - doi : 10.1038/254034a0 . — PMID 803646 .
  3. ↑ Noller HF Struktura bakteriálního ribozomu a některé důsledky pro translační regulaci // Translační kontrola v biologii a medicíně / Editovali N. Sonenberg, JWB Hershey a MB Mathews. Cold Spring Harbor, NY: Cold Spring Harbor Press, 2007. S. 41-58
  4. ↑ Benelli D., Londei P. Začněte od začátku: evoluce translační iniciace // Research in Microbiology 160, 2009, 493-501

Literatura

Odkazy