Proteoformy

Proteoformy ( anglicky proteoforms ) - proteinové skupiny nebo druhy proteinů , které vznikají v důsledku modifikací proteinů: substituce aminokyselin (polymorfismus jedné aminokyseliny) (SAP), alternativní sestřih (AS) a posttranslační modifikace (PTM), jako je fosforylace . Termín „druh proteinu“ nebo „proteoforma“ označuje nejmenší jednotku proteomu, tj. polypeptid , který má jedinečnou sekvenci a nese jedinečný soubor posttranslačních modifikací [1] .

Human Proteome Project

Cílem hlavní fáze projektu Human Proteome bylo doplnit hlavní proteom o informace o formách proteinů vzniklých různými modifikacemi, jako je přítomnost nesynonymních jednonukleotidových polymorfismů v genomu, alternativní procesy sestřihu a posttranslační modifikace. Výsledkem bylo, že namísto hlavního proteomu získaného v pilotní fázi, kdy jednomu genu odpovídal pouze jeden (master) protein, byla v hlavní fázi projektu analyzována celá řada možných proteoforem kódovaných jedním genem. Jeden gen může kódovat až 100 proteinů (tj. několik milionů proteoforem v měřítku organismu) nebo několik desítek tisíc pro lidský chromozom 18 . Hlavní fáze projektu Human Proteome umožní kriticky zhodnotit existující bioinformatické prediktivní algoritmy a případně vyvinout nové algoritmy založené na experimentálních datech pro detekci nekanonických proteoforem [2] .

Viz také

Poznámky

  1. ↑ Naryzhny, S. N., Zgoda, V. G., Mainskova, M. A., Ronzina, N. L., Belyakova, N. V., Legina, O. K., & Archakov, A. I. (2015). Experimentální odhad velikosti proteomů lidské buňky a plazmy . Biomedical Chemistry , 61(2), 279-285.
  2. ↑ Ponomarenko, E. A., Zgoda, V. G., Kopylov, A. T., advokát, E. V., Ilgisonis, E. V., Lisitsa, A. V., & Archakov, A. I. (2015). Rusko v mezinárodním projektu „lidský proteom“: první výsledky a vyhlídky . Biomedical Chemistry , 61(2), 169-175.