Náboženské názory Thomase Jeffersona byly zcela odlišné od obecně přijímaného křesťanství jeho éry. Z učení jemu nejbližších lze vyčlenit deismus , racionalismus a unitarismus [1] . Jefferson obecně sdílel a sympatizoval s morálním aspektem křesťanství a věřil, že tato doktrína je nejpůsobivějším etickým kodexem, který má lidstvo k dispozici. Jefferson však zastával názor, že původní Kristovo poselství bylo následně jeho učedníky překrouceno [2] .
Ve svém prvním inauguračním projevu Jefferson poznamenal, že je důležité „uznávat a uctívat nejvyšší prozřetelnost“ a ve svém druhém vyzval k hledání „přízně Toho, v jehož rukou jsme a který vedl naše předky, starověký lid Izrael." Spolu s Jamesem Madisonem však Jefferson vedl dlouhou a úspěšnou kampaň za ukončení veřejného financování kostelů ve Virginii . Jefferson také přišel s konceptem „dělící zdi mezi státem a církví“ v dopise z roku 1802 baptistům v Connecticutu . Během volební kampaně v roce 1800 byl Jefferson napaden kritiky, kteří tvrdili, že se nehodí do prezidentského úřadu kvůli svým postojům k náboženství.
V koloniálních dobách byl Jefferson farníkem anglikánské církve - jediné, která získala vládní podporu a finanční prostředky. Před revolucí farnosti sloužily jako místní správy a Jefferson zastával sekulární administrativní pozici ve své místní farnosti.
Po americké revoluci byla anglikánská církev v Americe reorganizována na episkopální církev . Podle manželky jednoho z Jeffersonových přátel během první zimy svého prezidentství pravidelně navštěvoval bohoslužby v malém biskupském kostele z úcty k duchu společné bohoslužby. Uvnitř roku od jeho uvedení do úřadu, Jefferson začal navštěvovat bohoslužby ve Sněmovně reprezentantů (což nedělal, když byl viceprezidentem ), kde kázali zástupci různých křesťanských denominací [3] .
Ve svých ubývajících letech se Jefferson odmítl chovat jako kmotr dětí, protože nepřijal doktrínu o Trojici . Navzdory důkazům, že navštěvoval bohoslužby, neexistuje žádný spolehlivý důkaz, že byl pomazán nebo přijal přijímání .
V roce 1760, ve věku sedmnácti let, Jefferson vstoupil na College of William and Mary , kde studoval dva roky matematiku, metafyziku a filozofii pod vedením profesora Williama Smalla, který také uvedl budoucího prezidenta do školy britského empirismu (jako např. John Locke , Francis Bacon a Isaac Newton ). Životopisci Jeffersona poznamenávají, že filozofie deismu ho ovlivnila během jeho vysokoškolských let.
Fráze jako „ Bůh přírody “ , které Jefferson zahrnul do Deklarace nezávislosti , jsou pro deismus charakteristické, i když ne exkluzivní. Tento přístup navíc zapadá do starověkého římského paradigmatu myšlení o přirozeném právu , které ovlivnilo Jeffersona prostřednictvím Cicera .
Většina deistů odmítla křesťanskou víru v zázraky a dogma o Trojici. Navzdory skutečnosti, že Jefferson celý svůj život maximálně respektoval morální aspekty křesťanské doktríny, nevěřil v zázraky popsané v Bibli ani v božstvo Ježíše Krista. V dopise z roku 1788 poznamenává, že od útlého věku nepřijal koncept Trojice.