Bacteroidetes

Aktuální verze stránky ještě nebyla zkontrolována zkušenými přispěvateli a může se výrazně lišit od verze recenzované 4. května 2022; ověření vyžaduje 1 úpravu .
Bacteroidetes

Bacteroides biacutis
vědecká klasifikace
Doména:bakterieTyp:Bacteroidetes
Mezinárodní vědecký název
Bacteroidetes Krieg a kol. 2012
třídy [1]
  • bakteroidie
  • Cytofagie
  • Flavobakterie
  • Sfingobakterie

Bacteroidetes  (lat.) je oddělení gramnegativních , nesporotvorných , anaerobních , tyčinkovitých bakterií , široce rozšířených v životním prostředí, včetně půdy , bahna , mořské vody , jakož i gastrointestinálního traktu a kůže zvířat .

V současnosti patří k nejvíce prozkoumaným bakteriím třída Bacteroidia , která zahrnuje rody Bacteroides (organismy četné v exkrementech teplokrevných živočichů včetně člověka) a Porphyromonas (organismy žijící v lidské ústní dutině).

Bakterie patřící do rodu Bacteroides jsou oportunní patogeny. Členové ostatních dvou tříd zřídka způsobují onemocnění u lidí.

Systematika

divize Bacteroidetes je někdy seskupena spolu s Chlorobi , Fibrobacteres , Gemmatimonadates , Caldithrix a Marine skupinou A do skupiny FCB nebo supra divize [2] . Alternativní klasifikační systém navržený Cavalier-Smithem řadí tento taxon do třídy Sphingobacteria .

Afinity divizí Bacteroidetes , Chlorobi a Fibrobakteres

Druhy divizí Bacteroidetes a Chlorobi se nacházejí velmi blízko na fylogenetických stromech, což naznačuje blízkou příbuznost. Pomocí komparativní genetické analýzy byly identifikovány tři proteiny, které se nacházejí pouze v divizích Bacteroidetes a Chlorobi [2] . Byly také nalezeny konzervované taxonově specifické indely , které podporují společný původ těchto dvou divizí [2] [3] . Kromě toho se ukázalo, že divize Fibrobakteres souvisí s těmito dvěma divizemi. Existenci kladu skládajícího se z těchto tří divizí dobře podporují fylogenetické analýzy založené na sekvenci několika různých proteinů [3] . Tato oddělení odbočují z fylogenetického stromu přibližně na stejné pozici [4] . A konečně, nejzávažnějšími argumenty ve prospěch rodinných vazeb jsou dva konzervativní taxonově specifické indely: v RpoC (beta podjednotka RNA polymerázy ) a serinhydroxymethyltransferáza, stejně jako jeden specifický protein PG00081, který odděluje všechny bakterie z těchto tří divizí. [2] [3] .

Rodiny

Od května 2015 zahrnuje divize Bacteroidetes následující taxony až do čeledi včetně [1] :

Genomika

Srovnávací genetická analýza vedla k identifikaci 27 proteinů přítomných ve většině organismů divize Bacteroidetes . Z nich byl jeden protein nalezen ve všech sekvestrovaných genomech, zatímco dva další byly nalezeny ve všech kromě bakterií rodu Bacteroides . Absence těchto dvou proteinů v tomto rodu je s největší pravděpodobností výsledkem selektivní ztráty [2] . Kromě toho byly nalezeny další čtyři proteiny, které jsou přítomny ve všech druzích Bacteroidetes kromě Cytophaga hutchinsonii (opět kvůli selektivní ztrátě genu). Osm dalších proteinů je přítomno ve všech sekvestrovaných genomech sekvenovaných Bacteroidetes kromě Salinibacter ruber . Absence těchto proteinů může být způsobena buď opět selektivní ztrátou, nebo, protože S. ruber se velmi brzy oddělil od zbytku rodokmenu skupiny, mohly se tyto proteiny objevit po odvětvení S. ruber . U této skupiny bakterií byl také nalezen konzervovaný signaturní indel (CSI) : delece tří aminokyselin v chaperonu ClpB je přítomna u všech druhů divize Bacteroidetes , kromě S. ruber . Tato delece je také nalezena u jednoho z druhů Chlorobi a jednoho z archaea , pravděpodobně kvůli horizontálnímu přenosu genů . Těchto 27 proteinů a delece tří aminokyselin slouží jako molekulární markery pro Bacteroidetes [2] .

Fylogeneze

V současné době akceptovaná taxonomie je založena na Seznamu prokaryotických jmen s postavením v nomenklatuře [5] a údajích z Národního centra pro biotechnologické informace (NCBI) [6] . Fylogeneze je založena na analýze sekvencí 16S rRNA v projektu „The All-Species Living Tree“ [7] .

Poznámky k kladogramu:
♠ Kmeny nalezené v Národním centru pro biotechnologické informace , ale neuvedené v seznamu prokaryotických názvů s názvoslovím
♪ Prokaryota, z nichž nebyly izolovány žádné čisté kultury, tj. nekultivovány nebo nemohou být udržovány v kultuře po více než několik přenosů

Viz také

Poznámky

  1. ↑ 1 2 Klasifikace domén a kmenů - Hierarchická klasifikace prokaryot (bakterií): Verze 2.0  : [ eng. ]  // LPSN. - 2016. - 2. října.
  2. ↑ 1 2 3 4 5 6 Gupta RS a Lorenzini E. (2007). Fylogeneze a molekulární signatury (konzervované proteiny a indely), které jsou specifické pro druhy Bacteroidetes a Chlorobi“ BMC Evolutionary Biology 7:71. doi : 10.1186/1471-2148-7-71
  3. ↑ 1 2 3 Gupta, RS (2004). Charakteristiky fylogeneze a podpisových sekvencí Fibrobakteres, Chlorobi a Bacteroidetes. Kritické recenze v mikrobiologii. 30:123-140. doi : 10.1080/10408410490435133 .
  4. ↑ Griffiths E, Gupta RS. (2001) Použití podpisových sekvencí v různých proteinech k určení relativního pořadí větvení bakteriálních dělení: důkaz, že Fibrobacter se rozcházel v podobnou dobu jako Chlamydia a divize Cytophaga-Flavobacterium-Bacteroides“ Microbiology 147:2611-22.
  5. ↑ JP Euzeby. Bacteroidetes (nedostupný odkaz) . Seznam prokaryotických jmen s postavením v nomenklatuře [1] . Získáno 20. března 2013. Archivováno z originálu 13. června 2011. 
  6. ↑ Sayers a kol. Bacteroidetes . Databáze taxonomie Národního centra pro biotechnologické informace (NCBI) [2] . Získáno 20. března 2013. Archivováno z originálu 22. května 2018.
  7. ↑ Projekt „Všedruhový živý strom“ . 16S LTP na bázi rRNA vydání 111 (úplný strom) . Komplexní databáze ribozomální RNA Silva [3] . Získáno 20. března 2013. Archivováno z originálu 23. září 2015.

Odkazy