Verrukomikrobie

Verrukomikrobie
vědecká klasifikace
Doména:bakterieTyp:Verrukomikrobie
Mezinárodní vědecký název
Verrucomicrobia Hedlund 1997 [1]

Verrucomicrobia ( lat. , z lat.  verruca - tubercle ) - druh bakterie , který zahrnuje především nekultivované formy. Podle metagenomických dat jsou v přírodě extrémně rozšířené. Tvoří 1 až 10 % půdní mikroflóry , a proto mají velký ekologický význam [2] .

Popis

Zástupci Verrucomicrobia jsou gramnegativní bakterie , z nichž mnohé mají na povrchu protézy (tuberkuly), pro které typ dostal své jméno. Buňky jsou tyčinkovité, vejčité, jednotlivé nebo v párech, vřetenovité. Prosthecobacter má na jednom konci buňky unikátní baňatou bouli. Podle typu výživy jsou Verrucomicrobia chemoorganoheterotrofy a fermentují různé cukry [3] . Někteří zástupci jsou schopni oxidovat metan při extrémně nízkých hodnotách pH [4] [5] .

Mezi Verrucomicrobia jsou anaeroby , fakultativní anaeroby a aeroby ; Zástupci kmene nejlépe rostou při teplotě 25 °C a pH 4 až 7. Kromě půd se nacházejí ve sladkovodních vodách, pelagické půdě a v lidském gastrointestinálním traktu [3] .

Systematika

Podle fylogenetické analýzy jsou nejbližšími příbuznými Verrumicrobia zástupci kmene Chlamydiae [6] . V roce 2008 byl sekvenován a publikován genom jednoho ze členů kmene, Methylacidiphilum infernorum . Jeho analýza ukázala možný vztah mezi Verrumicrobia a Proteobacteria [7] .

Fylogeneze

Níže je uveden fylogenetický strom Verrumicrobia vytvořený ze sekvencí 16S rRNA jako součást projektu The All-Species Living Tree .

Klasifikace

Od prosince 2017 kmen zahrnuje následující taxony až po rod [8] :

Poznámky

  1. ↑ Hedlund BP , Gosink JJ , Staley JT Verrucomicrobia div. nov., nové dělení bakterií obsahující tři nové druhy Prosthecobacter.  (anglicky)  // Antonie Van Leeuwenhoek. - 1997. - Červenec ( roč. 72 , č. 1 ). - str. 29-38 . — PMID 9296261 .
  2. ↑ Pinevich, 2006 , s. 127-128.
  3. ↑ 1 2 Pinevich, 2006 , s. 128.
  4. ↑ Pol Arjan, Heijmans Klaas, Harhangi Harry R., Tedesco Dario, Jetten Mike SM, Op Den Camp Huub JM Metanotrofie pod pH 1 novým druhem Verrucomicrobia // Nature. - 2007. - Sv. 450, str. 874-878. — ISSN 0028-0836 . - doi : 10.1038/nature06222 .
  5. ↑ Dunfield PF , Yuryev A. , Senin P. , Smirnova AV , Stott MB , Hou S. , Ly B. , Saw JH , Zhou Z. , Ren Y. , Wang J. , Mountain BW , Crowe MA , Weatherby TM , Bodelier PL , Liesack W. , Feng L. , Wang L. , Alam M. Oxidace metanu extrémně acidofilní bakterií kmene Verrucomicrobia.  (anglicky)  // Nature. - 2007. - Sv. 450, č. 7171 . - S. 879-882. - doi : 10.1038/nature06411 . — PMID 18004300 .
  6. ↑ Griffiths E. , Gupta RS Phylogeny a sdílené konzervované inzerty v proteinech poskytují důkaz, že Verrucomicrobia jsou nejbližšími známými volně žijícími příbuznými chlamydií.  (anglicky)  // Mikrobiologie (Reading, Anglie). - 2007. - Srpen ( roč. 153 , č. Pt 8 ). - S. 2648-2654 . - doi : 10.1099/mic.0.2007/009118-0 . — PMID 17660429 .
  7. ↑ Hou S. , Makarova KS , Saw JH , Senin P. , Ly BV , Zhou Z. , Ren Y. , Wang J. , Galperin MY , Omelchenko MV , Wolf YI , Yutin N. , Koonin EV , Stott MB , Mountain BW , Crowe MA , Smirnova AV , Dunfield PF , Feng L. , Wang L. , Alam M. Kompletní genomová sekvence extrémně acidofilního metanotrofního izolátu V4, Methylacidiphilum infernorum, zástupce bakteriálního kmene Verrucomicrobia.  (anglicky)  // Biology Direct. - 2008. - 1. července ( vol. 3 ). - str. 26-26 . - doi : 10.1186/1745-6150-3-26 . — PMID 18593465 .
  8. ↑ Klasifikace domén a kmenů - Hierarchická klasifikace prokaryot (bakterií) : Verze 2.0  : [ eng. ]  // LPSN. - 2016. - 2. října.

Literatura