Pomocné pigmenty jsou světlo pohlcující sloučeniny fotosyntetických organismů , které pracují v kombinaci s chlorofylem a plní funkci sběru nebo stínění světla. Patří mezi ně různé formy chlorofylu, jako je chlorofyl b u zelených řas a světlosběrných tykadel vyšších rostlin, nebo chlorofyly c nebo d u jiných řas. Kromě toho existuje mnoho dalších doplňkových pigmentů, jako jsou karotenoidy nebo fykobiliproteiny , které také absorbují světlo a přenášejí jeho energii do hlavního pigmentu fotosystému. Některé z těchto pomocných pigmentů, zejména karotenoidy, slouží k absorpci a rozptýlení přebytečné světelné energie a jsou antioxidanty .
Chlorofyly a pigmenty spojené s fotosystémy mají různá absorpční spektra , protože spektra různých chlorofylů jsou modifikována jejich lokálním proteinovým prostředím, nebo protože akcesorické pigmenty mají významné strukturální rozdíly. Výsledkem je, že za přirozených podmínek je kombinované absorpční spektrum všech pigmentů širší než absorpční spektrum každého z nich samostatně. To umožňuje rostlinám a řasám absorbovat větší rozsah viditelného a infračerveného záření. Většina fotosyntetických organismů neabsorbuje zelené světlo, takže pod baldachýnem listů v lese nebo pod vrstvou vody bohaté na plankton převládá zelené světlo. Tento spektrální efekt se nazývá „zelené okno“. Některé organismy, jako jsou sinice a červené řasy , obsahují doplňkové pigmenty zvané fykobiliproteiny , které jim umožňují absorbovat zelené světlo, které proniká hluboko do jejich prostředí.
Ve vodních ekosystémech má hlavní vliv na spektrum absorpce vody spolu s organickou hmotou v ní rozpuštěnou . To určuje hlavní ekologické niky pro fototrofní organismy. Šest ramen (absorpční rozpady) v absorpčním spektru vody o vlnových délkách mezi 400 a 1100 nm odpovídá nejméně dvaceti různým druhům fototrofních bakterií. Další účinek je způsoben obecnou tendencí vody absorbovat nízkofrekvenční světlo , zatímco organické látky absorbují vysokofrekvenční světlo. To je důvod, proč se otevřený oceán jeví jako modrý a je bohatý na žlutě zbarvené fototrofní druhy , jako je Prochlorococcus , který obsahuje divinyl-chlorofyl a a b . Synechococcus je zbarven fykoerytrinem do červena a přizpůsoben podmínkám na pobřeží, zatímco fykocyanin umožňuje těmto sinicím prospívat v tmavších vodách [1] .