| základní struktura helix-loop-helix domény vázající DNA. | |
|---|---|
| základní strukturní motiv jaderného translokátoru helix-loop-helix AHR (ARNT). Dvě α-šroubovice (modrá) interagují s krátkou smyčkou (červená) [1] . | |
| Identifikátory | |
| Symbol | bHLH |
| Pfam | PF00010 |
| Interpro | IPR001092 |
| CHYTRÝ | SM00353 |
| PROSITE | PDOC00038 |
| SCOP | 1 mdy |
| NADRODINĚ | 1 mdy |
| CDD | cd00083 |
| Dostupné proteinové struktury | |
| Pfam | struktur |
| PNR | RCSB PNR ; PDBe ; PDBj |
| PDB součet | 3D model |
| Mediální soubory na Wikimedia Commons | |
Základní struktura helix-loop-helix (z anglického basic helix-loop-helix , zkr. bHLH ) je základní strukturní motiv přítomný v mnoha proteinech patřících do nadrodiny dimerizujících transkripčních faktorů [2] [3] [4] [ 5] . Tyto proteiny se nazývají proteiny bHLH. Tento proteinový strukturální motiv by neměl být zaměňován s jiným podobným proteinovým strukturálním motivem, tzv. helix-turn-helix motiv.
Motiv je charakteristický přítomností dvou α-helixů spojených smyčkou. Obecně platí, že transkripční faktory, které zahrnují tuto doménu, jsou dimerní, každý s jednou šroubovicí obsahující bazické aminokyselinové zbytky, které usnadňují vazbu molekul DNA [6] . V motivu je jedna šroubovice menší a díky pružnosti poutka umožňuje dimerizaci složením a přibalením k jiné šroubovici. Velká šroubovice obvykle obsahuje vazebná místa pro DNA. Proteiny bHLH se obvykle vážou na konsenzuální sekvenci zvanou E-box, CANNTG [7] . Kanonická sekvence E-boxu je CACGTG (palindromická), nicméně některé transkripční faktory bHLH, zejména z rodiny bHLH-PAS, se vážou na příbuzné nepalindromické sekvence, které jsou podobné E-boxu. bHLH TF mohou homodimerizovat nebo heterodimerizovat s jinými bHLH TF a tvořit širokou škálu dimerů, z nichž každý má specifické funkce [8] .
Příklady transkripčních faktorů obsahujících bHLH:
Transkripční faktory bHLH jsou často důležité při vývoji nebo buněčné aktivitě. BMAL1/Clock je hlavní transkripční komplex v cirkadiánních molekulárních oscilátorech. Jiné geny jako c-Myc a HIF-1 byly spojovány s rakovinou kvůli jejich vlivu na buněčný růst a metabolismus.
Protože mnoho transkripčních faktorů bHLH je heterodimerních [8] , je jejich aktivita často vysoce regulována dimerizací podjednotek. Exprese nebo dostupnost jedné podjednotky je často řízena, zatímco druhá podjednotka je exprimována konstitutivně. Mnoho ze známých regulačních proteinů, jako je protein Drosophila extramacrochaetae , má strukturu helix-loop-helix, ale postrádá oblast báze, což je činí neschopnými se samy vázat na DNA . Jsou však schopny tvořit heterodimery s proteiny, které mají strukturu bHLH, a tím deaktivovat jejich schopnost jako transkripčních faktorů [9] .
AHR ; AHRR ; ARNT ; ARNT2 ; ARNTL ; ARNTL2 ; ASCL1 ; ASCL2 ; ASCL3 ; ASCL4 ; ATOH1 ; ATOH7 ; ATOH8 ; BHLHB2 ; BHLHB3 ; BHLHB4 ; BHLHB5 ; BHLHB8 ; HODINY ; EPAS1 ; FERD3L ; FIGLA ; HAND1 ; HAND2 ; HES1 ; HES2 ; HES3 ; HES4 ; HES5 ; HES6 ; HES7 ; HEY1 ; HEY2 ; HIF1A ; ID1 ; ID2 ; ID3 ; ID4 ; KIAA2018 ; LYL1 ; MASH1 ; MATH2 ; MAX ; MESP1 ; MESP2 ; MIST1 ; MITF ; MLX ; MLXIP ; MLXIPL ; MNT ; M.S.C .; MSGN1 ; MXD1 ; MXD3 ; MXD4 ; MXI1 ; MYC ; MYCL1 ; MYCL2 ; MYCN ; MYF5 ; MYF6 ; MYOD1 ; MYOG ; NCOA1 ; NCOA3 ; NEUROD1 ; NEUROD2 ; NEUROD4 ; NEUROD6 ; NEUROG1 ; NEUROG2 ; NEUROG3 ; NHLH1 ; NHLH2 ; NPAS1 ; NPAS2 ; NPAS3 ; NPAS4 ; OAF1 ; OLIG1 ; OLIG2 ; OLIG3 ; PTF1A ; SCL ; SCXB ; SIM1 ; SIM2 ; SOHLH1 ; SOHLH2 ; SREBF1 ; SREBF2 ; TAL1 ; TAL2 ; TCF12 ; TCF15 ; TCF21 ; TCF3 ; TCF4 ; TCFL5 ; TFAP4 ; TFE3 ; TFEB ; TFEC ; TWIST1 ; TWIST2 ; USF1 ; USF2 ;