| Thioredoxin | |
|---|---|
| Jedna molekula lidského thioredoxinu (PDB ID 1ERT), kanonický příklad thioredoxin fold. | |
| Identifikátory | |
| Symbol | Thioredoxin, Trx |
| Pfam | PF00085 |
| klan Pfam | CL0172 |
| PROSITE | PDOC00172 |
| SCOP | 3trx |
| NADRODINA | 3trx |
| CDD | cd01659 |
| Dostupné proteinové struktury | |
| Pfam | struktur |
| PNR | RCSB PNR ; PDBe ; PDBj |
| PDB součet | 3D model |
Thioredoxin fold je protein fold společný pro enzymy , které katalyzují tvorbu disulfidových vazeb a izomerizaci . Záhyb je pojmenován po kanonickém příkladu thioredoxinu a nachází se v prokaryotických i eukaryotických proteinech. Toto je příklad skládání alfa/beta proteinu, který má oxidoreduktázovou aktivitu. Prostorová topologie záhybu se skládá ze čtyřvláknového antiparalelního beta listu uzavřeného mezi třemi alfa helixy .
Navzdory sekvenční variabilitě v mnoha oblastech skládání sdílejí thioredoxinové proteiny sekvenci aktivního místa se dvěma reaktivními cysteinovými zbytky : Cys-XY-Cys, kde X a Y jsou často, ale ne nutně, hydrofobní aminokyseliny . Redukovaná forma proteinu obsahuje dvě volné thiolové skupiny na cysteinových zbytcích, zatímco oxidovaná forma mezi nimi obsahuje disulfidovou vazbu.
Různé proteiny obsahující thioredoxin fold se velmi liší ve své reaktivitě a v pKa jejich volných thiolů, což je způsobeno schopností celkové proteinové struktury stabilizovat aktivovaný thiolát . Ačkoli je struktura mezi proteiny obsahujícími thioredoxinový záhyb zcela univerzální, pKa je extrémně citlivá na malé změny ve struktuře, zejména na umístění atomů proteinové kostry v blízkosti prvního cysteinu.
Mezi lidské proteiny obsahující tuto doménu patří:
| Terciární struktura proteinu | |
|---|---|
| obecná informace | |
| Styl All-α: |
|
| All-β styl: |
|
| α/β stohování: |
|
| α+β stohování: |
|
| Nepravidelný styling | |