DDX5

Předpokládaná ATP-dependentní DDX5 RNA helikáza , také známá jako DEAD 5 box protein nebo p68 RNA helicase,  je enzym kódovaný u lidí genem DDX5 [1] .

Funkce

Box DEAD proteiny , charakterizované konzervovaným motivem Asp-Glu-Ala-Asp (DEAD), jsou pravděpodobně RNA helikázy . Podílejí se na mnoha buněčných procesech, jako jsou změny sekundární struktury RNA, iniciace translace, jaderný a mitochondriální sestřih , sestavení ribozomů a spliceosomů . Na základě jejich distribučních vzorců se předpokládá, že někteří členové této rodiny se podílejí na embryogenezi , spermatogenezi a buněčném růstu a dělení. Tento gen kóduje protein DEAD box, což je RNA-dependentní ATPáza , stejně jako jaderný antigen spojený s proliferací specificky reagující na nádorový antigen opičího viru 40. Tento gen se skládá z 13 exonů , existuje několik sestřihových variant obsahujících intronové sekvence. , ale tyto přepisy nebyly detekovány [1] .

Interakce

Ukázalo se, že DDX5 interaguje s:

• AKAP8 , [2]
• DDX17 (str. 72), [3]
• DHX9 (helikáza RNA), [4]
• ESR1 , [5] [6]
• Fibrillarin [ 7]
• HDAC1 , [8]
• NCOA1 , [9]
• NCOA2 , [9]
• NCOA3 , [9]
• p53 , [10]
• CTCF . [jedenáct]

Poznámky

1. ↑ 1 2 Entrez Gen: DDX5 DEAD (Asp-Glu-Ala-Asp) box polypeptid 5 . (neurčitý)
2. ↑ Akileswaran L., Taraska JW, Sayer JA, Gettemy JM, Coghlan VM Protein ukotvující A-kinázu AKAP95 je zaměřen na jadernou matrici a asociuje se s helikázou p68 ​​RNA  //  J. Biol. Chem.  : deník. - 2001. - Květen ( roč. 276 , č. 20 ). - S. 17448-17454 . - doi : 10.1074/jbc.M101171200 . — PMID 11279182 .
3. ↑ Ogilvie VC, Wilson BJ, Nicol SM, Morrice NA, Saunders LR, Barber GN, Fuller-Pace FV Vysoce příbuzné helikázy RNA z DEAD boxu p68 a p72 existují jako heterodimery v buňkách  // Nucleic Acids Res  . : deník. - 2003. - březen ( roč. 31 , č. 5 ). - S. 1470-1480 . - doi : 10.1093/nar/gkg236 . — PMID 12595555 .
4. ↑ Wilson BJ, Giguère V. Identifikace nových partnerů v dráze helikáz RNA p68 a p72 prostřednictvím metaanalýzy Oncomine  //  BMC Genomics : deník. - 2007. - Sv. 8 . - str. 419 . - doi : 10.1186/1471-2164-8-419 . — PMID 18005418 .
5. ↑ Endoh H., Maruyama K., Masuhiro Y., Kobayashi Y., Goto M., Tai H., Yanagisawa J., Metzger D., Hashimoto S., Kato S. Purification and Identification of p68 RNA Helicase Acting as a Transkripční koaktivátor specifický pro aktivační funkci 1 lidského estrogenového receptoru a  (anglicky)  // Mol. buňka. Biol. : deník. - 1999. - srpen ( roč. 19 , č. 8 ). - S. 5363-5372 . — PMID 10409727 .
6. ↑ Rossow KL, Janknecht R. Synergismus mezi p68 RNA helikázou a transkripčními koaktivátory CBP a  p300 //  Onkogen : deník. - 2003. - Leden ( roč. 22 , č. 1 ). - S. 151-156 . - doi : 10.1038/sj.onc.1206067 . — PMID 12527917 .
7. ↑ Nicol SM, Causevic M., Prescott AR, Fuller-Pace FV Nukleární DEAD box RNA helikáza p68 interaguje s nukleolárním proteinem fibrillarinem a specificky se kolokalizuje v nascentních jadérkách během telofáze   // Exp . Cell Res. : deník. - 2000. - Červen ( roč. 257 , č. 2 ). - S. 272-280 . - doi : 10.1006/excr.2000.4886 . — PMID 10837141 .
8. ↑ Wilson BJ, Bates GJ, Nicol SM, Gregory DJ, Perkins ND, Fuller-Pace FV Helikázy RNA z DEAD boxu p68 a p72 interagují s HDAC1 a potlačují transkripci způsobem specifickým pro promotor  //  BMC Mol. Biol. : deník. - 2004. - Srpen ( 5. díl ). — Str. 11 . - doi : 10.1186/1471-2199-5-11 . — PMID 15298701 .
9. ↑ 1 2 3 Watanabe M., Yanagisawa J., Kitagawa H., Takeyama K., Ogawa S., Arao Y., Suzawa M., Kobayashi Y., Yano T., Yoshikawa H., Masuhiro Y., Kato S Podrodina RNA-vazebných DEAD-box proteinů působí jako koaktivátor estrogenového receptoru a prostřednictvím N-terminální aktivační domény (AF-1) s RNA koaktivátorem, SRA  // EMBO  J. : deník. - 2001. - březen ( roč. 20 , č. 6 ). - S. 1341-1352 . - doi : 10.1093/emboj/20.6.1341 . — PMID 11250900 .
10. ↑ Bates GJ, Nicol SM, Wilson BJ, Jacobs AM, Bourdon JC, Wardrop J., Gregory DJ, Lane DP, Perkins ND, Fuller-Pace FV The DEAD box protein p68: nový transkripční koaktivátor nádorového  supresoru p53.)  // EMBO J. : deník. - 2005. - únor ( roč. 24 , č. 3 ). - str. 543-553 . - doi : 10.1038/sj.emboj.7600550 . — PMID 15660129 .
11. ↑ Yao H., Brick K., Evrard Y., Xiao T., Camerini-Otero RD, Felsenfeld G. Zprostředkování transkripční izolace CTCF proteinem p68 vázajícím RNA DEAD-box a aktivátorem RNA steroidního receptoru   SRA / Genes Dev  : časopis. - 2010. - Sv. 24 , č. 22 . - S. 2543-2555 . - doi : 10.1101/gad.1967810 . — PMID 20966046 .

Literatura

• Iggo RD, Jamieson DJ, MacNeill SA a kol. p68 RNA helikáza: identifikace nukleolární formy a klonování příbuzných genů obsahujících konzervovaný intron v kvasinkách   // Mol . buňka. Biol. : deník. - 1991. - Sv. 11 , č. 3 . - S. 1326-1333 . — PMID 1996094 .
• Hloch P., Schiedner G., Stahl H. Kompletní cDNA sekvence lidského proteinu p68  // Nucleic Acids Res  . : deník. - 1990. - Sv. 18 , č. 10 . — S. 3045 . doi : 10.1093 / nar/18.10.3045 . — PMID 2349099 .
• Ford MJ, Anton IA, Lane DP Nukleární protein se sekvenční homologií s translačním iniciačním faktorem eIF-4A  (anglicky)  // Nature : journal. - 1988. - Sv. 332 , č.p. 6166 . - str. 736-738 . - doi : 10.1038/332736a0 . — PMID 2451786 .
• Iggo R., Gough A., Xu W. a kol. Chromozomové mapování lidského genu kódujícího 68-kDa jaderný antigen (p68) pomocí polymerázové řetězové reakce   // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America  : journal. - 1989. - Sv. 86 , č. 16 . - str. 6211-6214 . - doi : 10.1073/pnas.86.16.6211 . — PMID 2762324 .
• Buelt MK, Glidden BJ, Storm DR Regulace p68 RNA helikázy kalmodulinem a proteinkinázou C  //  J. Biol. Chem.  : deník. - 1994. - Sv. 269 , č.p. 47 . - S. 29367-29370 . — PMID 7525583 .
• Brody LC, Abel KJ, Castilla LH a kol. Konstrukce transkripční mapy obklopující lokus BRCA1 lidského chromozomu 17  // Genomics  :  journal. - Academic Press , 1995. - Sv. 25 , č. 1 . - str. 238-247 . - doi : 10.1016/0888-7543(95)80131-5 . — PMID 7774924 .
• Endoh H., Maruyama K., Masuhiro Y., a kol. Purifikace a identifikace p68 RNA helikázy působící jako transkripční koaktivátor specifický pro aktivační funkci 1 lidského estrogenového receptoru a   // Mol . buňka. Biol. : deník. - 1999. - Sv. 19 , č. 8 . - S. 5363-5372 . — PMID 10409727 .
• Rössler OG, Hloch P., Schütz N., et al. Struktura a exprese genu lidské p68 RNA helikázy  // Nucleic Acids Res  . : deník. - 2000. - Sv. 28 , č. 4 . - S. 932-939 . doi : 10.1093 / nar/28.4.932 . — PMID 10648785 .
• Nicol SM, Causevic M., Prescott AR, Fuller-Pace FV Nukleární DEAD box RNA helikáza p68 interaguje s nukleolárním proteinem fibrillarinem a specificky se kolokalizuje v nascentních jadérkách během telofáze   // Exp . Cell Res. : deník. - 2000. - Sv. 257 , č.p. 2 . - S. 272-280 . - doi : 10.1006/excr.2000.4886 . — PMID 10837141 .
• Watanabe M., Yanagisawa J., Kitagawa H. a kol. Podrodina RNA-vazebných DEAD-box proteinů působí jako koaktivátor estrogenového receptoru a prostřednictvím N-terminální aktivační domény (AF-1) s RNA koaktivátorem, SRA  // EMBO  J. : deník. - 2001. - Sv. 20 , č. 6 . - S. 1341-1352 . - doi : 10.1093/emboj/20.6.1341 . — PMID 11250900 .
• Akileswaran L., Taraska JW, Sayer JA a kol. Protein ukotvující A-kinázu AKAP95 je namířen do jaderné matrice a asociuje se s p68 ​​RNA helikázou  //  J. Biol. Chem.  : deník. - 2001. - Sv. 276 , č.p. 20 . - S. 17448-17454 . - doi : 10.1074/jbc.M101171200 . — PMID 11279182 .
• Andersen JS, Lyon CE, Fox AH a kol. Řízená proteomická analýza lidského jadérka  (anglicky)  // Curr. Biol.  : deník. - 2002. - Sv. 12 , č. 1 . - str. 1-11 . - doi : 10.1016/S0960-9822(01)00650-9 . — PMID 11790298 .
• Jurica MS, Licklider LJ, Gygi SR a kol. Purifikace a charakterizace nativních spliceosomů vhodných pro trojrozměrnou strukturní analýzu  //  RNA : journal. - 2002. - Sv. 8 , č. 4 . - str. 426-439 . - doi : 10.1017/S1355838202021088 . — PMID 11991638 .
• Liu ZR p68 RNA helikáza je základní lidský sestřihový faktor, který působí v duplexu U1 snRNA-5' sestřihu   // Mol . buňka. Biol. : deník. - 2002. - Sv. 22 , č. 15 . - S. 5443-5450 . - doi : 10.1128/MCB.22.15.5443-5450.2002 . — PMID 12101238 .
• Strausberg RL, Feingold EA, Grouse LH a kol. Generování a počáteční analýza více než 15 000 lidských a myších sekvencí cDNA v plné délce  // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America  : journal  . - 2003. - Sv. 99 , č. 26 . - S. 16899-16903 . - doi : 10.1073/pnas.242603899 . — PMID 12477932 .
• Rossow KL, Janknecht R. Synergismus mezi p68 RNA helikázou a transkripčními koaktivátory CBP a  p300 //  Onkogen : deník. - 2003. - Sv. 22 , č. 1 . - S. 151-156 . - doi : 10.1038/sj.onc.1206067 . — PMID 12527917 .
• Guil S., Gattoni R., Carrascal M. a kol. Role hnRNP A1, SR proteinů a p68 helikázy v cH-ras alternativní regulace sestřihu   // Mol . buňka. Biol. : deník. - 2003. - Sv. 23 , č. 8 . - S. 2927-2941 . - doi : 10.1128/MCB.23.8.2927-2941.2003 . — PMID 12665590 .
• Fujita T., Kobayashi Y., Wada O. a kol. Plná aktivace funkce aktivace estrogenového receptoru alfa-1 indukuje proliferaci buněk rakoviny prsu  //  J. Biol. Chem.  : deník. - 2003. - Sv. 278 , č.p. 29 . - S. 26704-26714 . - doi : 10.1074/jbc.M301031200 . — PMID 12738788 .
• Ota T., Suzuki Y., Nishikawa T. a kol. Kompletní sekvenování a charakterizace 21 243 lidských cDNA plné délky   // Nat . Genet.  : deník. - 2004. - Sv. 36 , č. 1 . - str. 40-5 . - doi : 10.1038/ng1285 . — PMID 14702039 .