Haploskupina L0 (mtDNA)

Haploskupina L0
Typ mtDNA
Doba vzhledu 188-112,2 tisíc litrů. n. [jeden]
Umístění spawn Jižní Afrika
Rodová skupina Mitochondriální Eva
Podklady L0a'b'f'k, L0d
Markerové mutace 263!, 1048, 3516A, 5442, 6185, 9042, 9347, 10589, 12007, 12720 [2]

Haploskupina L0  - v populační genetice - haploskupina lidské mitochondriální DNA .

Haploskupina L0 je jednou ze dvou větví z nejnovějšího společného předka (MRCA) pro společnou lidskou mateřskou linii. Haploskupina L0 se skládá z pěti hlavních větví (L0a, L0b, L0d, L0f, L0k). Čtyři z nich byly původně klasifikovány do kladů L1 jako L1a, L1d, L1f a L1K.

K oddělení linií L0 a L1′2′3 došlo před 124 tisíci lety. n. (95% interval spolehlivosti - před 151-97 tisíci lety) [3] . V roce 2019 genetici spočítali, že linie L0 vznikla ve zbytkovém paleo-mokřadu Makgadikgadi - Okavango v jižní Africe přibližně před 200 tisíci lety. n. (95% interval spolehlivosti - před 240-165 tisíci lety) [4] .

Malawijské exempláře mají podklady L0k2 (před 10 000–5 000 lety), L0a2 (před 7230 lety), L0f (Fingira, před 2400 lety) – všechny z hory Hora, L0k2 (před 5400–4800 lety BP) a L0k1 (4525 let) ze skalního úkrytu Chencherere II, L0d1c (před 5290 lety) a L0d1b2b (před 5270 lety) z Fingiry [5] .

Mitochondriální haploskupina L0a2a1 [6] identifikována ve vzorcích 2/SEII (před 7970–7800 lety) a 2/SEI (před 7920–7690 lety) z lokality Shum Laka v Kamerunu .

L0f1 byl identifikován ve vzorku LUK003 z Lukenya Hill v Keni (3500 BP , neolit) [7] .

L0f2b byl stanoven ve vzorku I3706 (Baqah_MLBA, 1424-1288 př. n. l.) z jeskyně B3 (jeskyně B3) v údolí Baq҅ah, 20 km severozápadně od Ammánu ( Jordánsko z doby bronzové ), sekvenováním DNA z kamenné části spánkové kosti [8] .

V roce 2014 byla identifikována podvětev L0d2c1c [9] u 2330 let starého exempláře z Jižní Afriky (záliv Svatá Helena) .

V roce 2016 byla identifikována mitochondriální haploskupina L0 u mumie z oblasti Tuli v severní Botswaně (pozdní doba železná ) [10] .

V roce 2017 tři lidé z doby kamenné (Ballito Bay A, Ballito Bay B a Doonside), kteří žili ca. 2 tisíce litrů n., a jeden muž z doby železné z hradu Champagne, který žil 448-282 let. n., určil přímku L0d2 [11] .

V roce 2017 jihoafrický vzorek I9133 z Faraoskop Rock Shelter, starý 2000 let. n. identifikovaný podklad L0d1b2b1b, ve vzorku I9134 z Kasteelbergu, starý 1310 let. n. identifikovaný podklad L0d1a1a (nekalibrovaná data). Subklad L0a byl identifikován v tanzanském exempláři z Pemby (I1048) před 1520 lety [5] .

L0a2 (s největší pravděpodobností) byl stanoven z keňského vzorku I8931 (White Rock Point (GrJb2), jižní břeh Winamského zálivu Viktoriina jezera) z mladší doby kamenné (N/A), L0a byl stanoven z tanzanského vzorku I13981 ( Jeskyně Gishimangeda, Pastoral_Neolithic (jiné), 2730–2460 BP), L0a2d určeno z keňského exempláře I8758 (Naishi Rockshelter, Pastoral_Neolithic (jiné), 2700–2370 BP), L0f2a1 určeno z tanzanského exempláře I8758 (CaNeolith, I8777 2000–1890 BP), L0a1d určeno z keňského exempláře I8805 (Egerton Cave (GrJh10), Pastoral_Neolithic (Elmenteitan), 1870–1740 BP), L0f2a určeno z keňského exempláře I8892 (Ilkek Mounds/Ilkek Mounds/Ilkek M. Doba železná, 1170–980 BP), L0a1c1 byla určena z keňského exempláře I12381 (Laikipia District Burial Site (GoJl45), Pastoral Iron Age, 650–560 BP)) [12] .

L0k1a2 byla nalezena ve vzorku XAR002 z Xaro (1400 BP, starší doba železná) v Botswaně, L0d3b1 byla nalezena ve vzorku TAU001 z Taukome (1100 BP, starší doba železná) z Botswany, L0a1 let00ind0IN0IN (2000 let byl nalezen KIN0IN ) současnost , 1636-1800) v Demokratické republice Kongo [7] .

L0a1a1 byla stanovena ze vzorků z křesťanského hřbitova R (∼650-1000) na ostrově Kulubnarti (Kulb) v severním Súdánu [13] .

Bylo zjištěno, že haploskupina L0 se nejčastěji vyskytuje v subsaharské Africe. Nejvyšší frekvence dosahuje mezi národy Khoisan (73 %) [14] , dosahuje v Namibi (!Xun) 79 %, v Jižní Africe (Khwe/!Xun) 83 % a v Botswaně (!Xun) 100 % [15] .

Ve studii mitochondriálních genomů ve skupině Khoisan Behar et al. v roce 2008 zjistili, že starověké genomy Khoisan byly omezeny na mitochondriální haploskupiny L0d a L0k, v jejich odhadu rané mitochondriální větve L0k, která vznikla přibližně před 144 000 lety, což je asi 3/4krát více než u nejbližšího mitochondriálního příbuzného ( mitochondriální Eva ) [16] . Jiné odhady umisťují větvení mitochondriální linie L0k mezi 120 000 a 160 000 lety [17] [18] . K divergenci haploskupin L0d a L0a'b'f'k došlo ~ před ~ 119 000 (100 100–138 200) lety, k divergenci haploskupin L0k a L0a'b'f ~ před ~ 98 700 lety (od 82 300 do 115 000 let), divergence z L0a došlo před 42 400 (33 000–52 000) lety [19] .

Níže uvedený fylogenetický strom je založen na publikaci Van Ovena a Manfreda Kaisera [2] a následných publikovaných studiích.

Poznámky

  1. ↑ Soares, Pedro; Ermini, Luca; Thomson, Noel; Mormina, Maru; Rito, Tereza; Rohl, Arne; Salas, Antonio; Oppenheimer, Stephen; MacAulay, Vincent. Korekce pro očistný výběr: Vylepšené lidské mitochondriální molekulární hodiny  // The American  Journal of Human Genetics : deník. - 2009. - Sv. 84 , č. 6 . - str. 740-759 . - doi : 10.1016/j.ajhg.2009.05.001 . — PMID 19500773 .
  2. ↑ 1 2 Vanová pec, Mannis; Kaiser, Manfred. Aktualizovaný komplexní fylogenetický strom globální variace lidské mitochondriální DNA  // Human  Mutation : deník. - 2009. - Sv. 30 , č. 2 . - S. E386-94 . - doi : 10.1002/humu.20921 . — PMID 18853457 .
  3. ↑ Emily HM Wong, Andrey Khrunin, Larissa Nichols, Dmitrij Pushkarev, Denis Khokhrin, Dmitrij Verbenko, Oleg Evgrafov, James Knowles, John Novembre, Svetlana Limborska, Anton Valouev. Rekonstrukce genetické historie sibiřských a severovýchodních evropských populací , 2015
  4. ↑ Eva KF Chan a kol. Lidský původ v jihoafrickém paleo-mokřadu a první migrace , 2019
  5. ↑ 1 2 Pontus Skoglund a kol. Rekonstrukce prehistorické africké populační struktury Archivováno 31. ledna 2019 na Wayback Machine , 21. září 2017
  6. ↑ Mark Lipson a kol. Starověké západoafrické sběrače v kontextu historie africké populace Archivováno 25. ledna 2020 na Wayback Machine , 2020
  7. ↑ 1 2 Ke Wang a kol. Starověké genomy odhalují složité vzorce pohybu populace, interakce a nahrazování v subsaharské Africe Archivováno 12. června 2020 na Wayback Machine // Science Advances, 12. června 2020
  8. ↑ Lily Agranat-Tamir a kol. Genomická historie jižní Levanty doby bronzové archivována 8. srpna 2021 na Wayback Machine , 28. května 2020 (Tabulka S1. Přehled 73 jedinců nově hlášených v této studii, související s obrázkem 1)
  9. ↑ Alan G. Morris, Anja Heinze, Eva KF Chan, Andrew B. Smith, Vanessa M. Hayes. První starověký mitochondriální lidský genom od předpastoralisty z jižní Afriky  // Biologie a evoluce  genomu : deník. - 2014. - doi : 10.1093/gbe/evu202 .
  10. ↑ Frank J. Rühli, Maryna Steyn, Morongwa N. Mosothwane, Lena Öhrström, Molebogeng K. Bodiba, Abigail Bouwman. Radiologická a genetická analýza mumie z pozdní doby železné z Tuli Block, Botswana  // South African Journal of  Science : deník. — Sv. 112 , č. 1/2 . Archivováno z originálu 21. června 2016.
  11. ↑ Carina M. Schlebusch et al. Starověké genomy z jižní Afriky posouvají moderní lidskou divergenci před 260 000 lety , 2017
  12. ↑ Mary E. Prendergast a kol. Starověká DNA odhaluje několikastupňové rozšíření prvních pastevců do subsaharské Afriky Archivováno 1. června 2019 na Wayback Machine (tabulka S7. (samostatný soubor) mtDNA haplogroups), 2019
  13. ↑ Kendra A. Sirak a kol. Sociální stratifikace bez genetické diferenciace na místě Kulubnarti v křesťanském období Núbie Archivováno 6. března 2021 na Wayback Machine , 17. února 2021 ( doplňkový obrázek 5, 6 Archivováno 23. října 2021 na Wayback Machine )
  14. ↑ Rosa, Alexandra; Brehm, Antonio; Kivisild, Toomas; Metspalu, Ene; Williams, Richard. Profil MtDNA Guinejců ze západní Afriky: K lepšímu porozumění regionu Senegambie   // Annals of Human Genetics : deník. - 2004. - Sv. 68 , č. 4 . - S. 340-352 . doi : 10.1046/ j.1529-8817.2004.00100.x . — PMID 15225159 .
  15. ↑ Tishkoff, SA; Gonder, M. K.; Henn, BM; Mortensen, H.; Rytíř, A.; Gignoux, C.; Fernandopulle, N.; Lema, G.; Nyambo, TB Historie klikajících populací Afriky odvozená z genetické variace mtDNA a chromozomu Y  //  Molekulární biologie a evoluce : deník. - Oxford University Press , 2007. - Sv. 24 , č. 10 . - str. 2180-2195 . - doi : 10.1093/molbev/msm155 . — PMID 17656633 .
  16. ↑ Behar, D.M.; Willems, R; Williams; Goodyall, H; Goodyall; Blue-Smith, J; modrý-kovář; Pereira, L; Pereira; Metspalu, E; Metspalu; Scozzari, R; Scozzari; Makkan, H; Makkan; Tzur, S; Tzur; D. Úsvit lidské matrilineární diverzity  // American Journal of Human  Genetics : deník. - 2008. - Květen ( roč. 82 , č. 5 ). - S. 1130-1140 . - doi : 10.1016/j.ajhg.2008.04.002 . — PMID 18439549 .
  17. ↑ Soares, P; Ermini, L; Ermini; Thomson, N; Thomson; Mormina, M; Mormina; Rito, T; Rito; Rohl, A; Rohl; Salas, A; salas; Oppenheimer, S; Oppenheimer; Macaulay, V; MacAulay; MB Korekce pro purifikační výběr: vylepšené lidské mitochondriální molekulární hodiny  // American  Journal of Human Genetics : deník. - 2009. - Červen ( roč. 84 , č. 6 ). - str. 740-759 . - doi : 10.1016/j.ajhg.2009.05.001 . — PMID 19500773 .
  18. ↑ Gonder, M.K.; Mortensen, HM; Mortensen; Reed, F. A.; rákos; de Sousa, A; De Sousa; Tishkoff, SA; Tiškoff. Analýza sekvence genomu celé mtDNA starých afrických linií  (anglicky)  // Mol. Biol. Evol: deník. - 2007. - prosinec ( roč. 24 , č. 3 ). - str. 757-768 . - doi : 10.1093/molbev/msl209 . — PMID 17194802 .
  19. ↑ Daniel Shriner a kol. Genetic Ancestry of Hadza and Sandawe Peoples odhaluje starověkou strukturu populace v Africe Archivováno 17. února 2019 na Wayback Machine , Genome Biology and Evolution, Volume 10, Issue 3, 1 March 2018, pages 875–882, 14 March 2018
  20. ↑ První starověký mitochondriální lidský genom od předpastoralisty jižní Afriky . Získáno 9. května 2016. Archivováno z originálu 8. října 2014.
  21. ↑ Alan G. Morris a kol. První starověký mitochondriální lidský genom od předpastoralisty jižní Afriky

Viz také

Strom haploskupin lidské mtDNA

Mitochondriální Eva
|
L0 L1 L2 L3 L4 L5 L6 L7
|
M N
| |
cz D E G Q R Ó A S X Y N1 N2
| | | |
C Z B F R0 před JT P Spojené království já N1a W
| | |
HV JT U K
| |
H PROTI J T Starší klastry IWX


Odkazy

Obecné informace

Haploskupina L3