Lidský koronavirus OC43

Lidský koronavirus OC43
vědecká klasifikace
Skupina:Viry [1]Oblast:RiboviriaKrálovství:OrthornaviraeTyp:PisuviricotaTřída:PisoniviricetesObjednat:NidoviralesPodřád:CornidovirineaeRodina:KoronaviryPodrodina:KoronaviryRod:betakoronaviruPodrod:EmbecoviruPohled:Betakoronavirus 1Žádná hodnost:Lidský koronavirus OC43
Mezinárodní vědecký název
lidský koronavirus OC43
Synonyma
  • HCoV-OC43
Baltimorská skupina
IV: (+)ssRNA viry

Lidský koronavirus OC43 [2] ( angl.  Human coronavirus OC43 ) je virus z čeledi koronavirů , zástupce druhu Betacoronavirus 1 , infekční pro člověka a skot [3] [4] . Obalený (+) jednovláknový RNA virus , který vstupuje do buňky vazbou na receptor kyseliny N-acetyl-9-O-acetylneuraminové [5] . Má, stejně jako ostatní koronaviry z podrodu Embecovirus , krátký spike protein, tzv. hemaglutinin esterázu (HE) [6] [3] .

OC43 je jedním ze sedmi známých koronavirů, které infikují lidi a je zodpovědný za přibližně 10–15 % případů SARS [7] [8] . Výzkumníci naznačují, že všechny čtyři nachlazení způsobující koronaviry přešly za posledních několik staletí k infikování lidí, a tím pravděpodobně způsobily pandemie v době přechodu [9] .

Virologie

Byly identifikovány čtyři genotypy HCoV-OC43 (A až D), přičemž genotyp D je pravděpodobně výsledkem genetické rekombinace . Sekvenování celého genomu dvou kmenů genotypů C a D a analýza bootscan vykazují známky rekombinace mezi genotypy B a C za vzniku genotypu D. Z 29 identifikovaných kmenů žádný nepatří ke staršímu genotypu A. Metoda spike a nukleokapsidových molekulárních hodin přiřazuje nejbližší společný předek všech genotypů do 50. let 20. století, genotyp B do 90. let a genotyp C do konce 90. let a počátku 21. století. Rekombinantní kmeny genotypu D byly objeveny již v roce 2004 [7] .

Srovnání HCoV-OC43 s jeho nejbližším kmenem druhu Betacoronavirus 1 , bovinním koronavirem , ukázalo, že měli nejbližšího společného předka na konci 19. století, přičemž několik metod datovalo separaci do doby kolem roku 1890, což vedlo výzkumníky ke spekulacím, že vstup prvního kmene do lidské populace způsobil pandemii chřipky v letech 1889-1890 [10] [9] . HCoV-OC43 pravděpodobně pochází z hlodavců [11] .

Patogeneze

Spolu s HCoV-229E , druhem z rodu Alphacoronavirus , patří HCoV-OC43 mezi známé viry způsobující běžné nachlazení . Oba viry mohou způsobit závažné infekce dolních cest dýchacích, včetně pneumonie u kojenců, starších osob a imunokompromitovaných osob, jako jsou pacienti podstupující chemoterapii, a lidé s HIV/AIDS [12] [13] [14] .

Epidemiologie

Koronaviry jsou celosvětově všudypřítomné a způsobují až 20–30 % nachlazení [9] (nejčastějším virem způsobujícím nachlazení je rhinovirus , který se vyskytuje u 30–50 % případů). Infekce jsou sezónní , většina případů se vyskytuje v zimních měsících [15] [16] [17] .

Rutinní povaha viru dlouho nepřitahovala pozornost výzkumníků: stejně jako 229E to byl „osiřelý virus“, který na rozdíl od SARS a MERS ani neměl „složité“ jméno. Domněnky o jeho souvislosti s pandemií ruské chřipky z let 1889-1890 - na základě výše uvedeného studia genomu a podobnosti příznaků poškození nervového systému  - však mohou naznačovat výrazné a poměrně rychlé oslabení patogenity koronaviru. Pokud bude Covid-19 následovat stejnou trajektorii, časem se promění v další nachlazení [9] .

Poznámky

  1. ↑ Taxonomie virů  na webu Mezinárodního výboru pro taxonomii virů (ICTV) .
  2. ↑ Popov N. N., Kolotova T. Yu. Molekulární evoluce zvláště nebezpečných vznikajících virových infekcí Archivní kopie ze 4. prosince 2021 na Wayback Machine // Annals of the Mechnikov Institute. - 2016. - č. 1. - S. 38-47 [38].
  3. ↑ 1 2 Prohlížeč taxonomie (Betacoronavirus 1) . www.ncbi.nlm.nih.gov . Získáno 29. února 2020. Archivováno z originálu dne 5. listopadu 2020.
  4. ↑ Lim, Yvonne Xinyi (2016-07-25). "Lidské koronaviry: Přehled interakcí mezi virem a hostitelem." nemoci . 4 (3): 26. doi : 10,3390/onemocnění4030026 . PMID  28933406 . Viz tabulka 1.
  5. ↑ Li, Fang (29.09.2016). "Struktura, funkce a evoluce špičkových proteinů koronaviru." Výroční přehled virologie . 3 (1): 237-261. DOI : 10.1146/annurev-virology-110615-042301 . PMID27578435  . _ BCoV S1-NTD nerozpoznává galaktózu jako galektiny. Místo toho rozpoznává kyselinu 5-N-acetyl-9-O-acetylneuraminovou (Neu5,9Ac2) (30, 43). Stejný receptor cukru rozpoznává také lidský koronavirus OC43 (43, 99). OC43 a BCoV jsou úzce geneticky příbuzné a OC43 mohl být výsledkem zoonotického přelévání BCoV (100, 101).
  6. ↑ Woo, Patrick CY (2010-08-24). „Analýza genomiky a bioinformatiky koronaviru“. Viry . 2 (8): 1804-1820. DOI : 10.3390/v2081803 . PMID21994708  . _ U všech členů podskupiny Betacoronaviru A je gen hemaglutinin esterázy (HE), který kóduje glykoprotein s aktivitou neuraminát O-acetylesterázy a aktivním místem FGDS, přítomen downstream k ORF1ab a upstream k S genu (obrázek 1).
  7. ↑ 1 2 Lau, Susanna KP (2011). „Molekulární epidemiologie lidského koronaviru OC43 odhaluje vývoj různých genotypů v průběhu času a nedávný vznik nového genotypu díky přirozené rekombinaci“ . Virologický časopis . 85 (21): 11325-11337. DOI : 10.1128/JVI.05512-11 . PMID21849456  . _
  8. ↑ Gaunt, ER (2010). "Epidemiologie a klinické prezentace čtyř lidských koronavirů 229E, HKU1, NL63 a OC43 detekovaných během 3 let pomocí nové multiplexní metody PCR v reálném čase . " J Clinic Microbiol . 48 (8): 2940-2947. DOI : 10.1128/JCM.00636-10 . PMID20554810  . _
  9. ↑ 1 2 3 4 Král A. Neobvyklá zima Archivováno 7. ledna 2021 na Wayback Machine // New Sci. 2020;246(3280):32-35. doi : 10.1016/S0262-4079(20)30862-9
  10. ↑ Vijgen, Leen (2005). „Kompletní genomová sekvence lidského koronaviru OC43: Analýza molekulárních hodin naznačuje relativně nedávnou událost přenosu zoonotického koronaviru“ . Virologický časopis . 79 (3): 1595-1604. DOI : 10.1128/JVI.79.3.1595-1604.2005 . PMID  15650185 .
  11. ↑ Fung, To Sing (2019). „Lidský koronavirus: interakce hostitel-patogen“. Výroční přehled mikrobiologie . 73 : 529-557. DOI : 10.1146/annurev-micro-020518-115759 . PMID  31226023 .
  12. ↑ Wevers, Brigitte A. (2009). „Nedávno objevené lidské koronaviry“. Kliniky v laboratorní medicíně . 29 (4): 715-724. DOI : 10.1016/j.cll.2009.07.007 . PMID  19892230 .
  13. ↑ Manuál klinické mikrobiologie. - Americká společnost pro mikrobiologii, 2007. - ISBN 978-1-55581-371-0 .
  14. ↑ Pyrc, K. (2007). „Antivirové strategie proti lidským koronavirům“. Infekční poruchy Drogové cíle . 7 (1): 59-66. DOI : 10.2174/187152607780090757 . PMID  17346212 .
  15. ↑ Van Der Hoek, L (2007). "Lidské koronaviry: Co způsobují?" . Antivirová terapie . 12 (4 Pt B): 651-658. PMID  17944272 . Archivováno z originálu 2022-01-28 . Staženo 2020-08-09 . Použitý zastaralý parametr |deadlink=( nápověda )
  16. ↑ Wat, Dennis (2004). „Nachlazení: Přehled literatury“. European Journal of Internal Medicine . 15 (2): 79-88. DOI : 10.1016/j.ejim.2004.01.006 . PMID  15172021 .
  17. ↑ Kissler, Stephen M. (14. dubna 2020). „Projekce dynamiky přenosu SARS-CoV-2 v postpandemickém období“. Věda : eabb5793. doi : 10.1126/science.abb5793 . PMID  32291278 .