Proteobakterie

Aktuální verze stránky ještě nebyla zkontrolována zkušenými přispěvateli a může se výrazně lišit od verze recenzované 28. ledna 2021; kontroly vyžadují 4 úpravy .
Proteobakterie

Escherichia coli
vědecká klasifikace
Doména:bakterieTyp:Proteobakterie
Mezinárodní vědecký název
Proteobakterie Stackebrandt a kol. 1986
Podskupiny

Acidithiobacilla

  • Acidithiobacillales

Alfaproteobakterie
(Alfa proteobakterie)

  • Caulobacterales
  • Kopriimonadales
  • Kordiimonadales
  • Parvularculales
  • Rhizobiales
  • Rhodobacterales
  • Rhodospirillales
  • Rickettsiales
  • Sneathiellales
  • Sphingomonadales

Betaproteobakterie
(Beta-proteobakterie)

  • Burkholderiales
  • Hydrogenophilales
  • Methylofily
  • Neisseriales
  • Nitrosomonadales
  • Rhodocyclales
  • Procabacteriales

Gammaproteobakterie
(Gamma proteobakterie)

  • Aeromonadales
  • Alteromonadales
  • Kardiobakterie
  • Chromatiales
  • Enterobakterie
  • Legionellales
  • Methylococcales
  • Oceanospirillales
  • Pasteurellales
  • Pseudomonadales
  • Thiotrichales
  • Vibrionales
  • Xanthomonadales

Deltaproteobakterie
(Delta proteobakterie)

  • Bdellovibrionales
  • Desulfarculales
  • Desulfobacterales
  • Desulfovibrionales
  • Desulfurellales
  • Desulfuromonadales
  • Myxococcales
  • Syntrophobacterales

Epsilonproteobakterie
(Epsilon-proteobakterie)

  • Campylobacterales
  • Nautiliales

Zetaproteobakterie
(Zeta-proteobakterie)

  • Mariprofundales

Oligoflexie

  • Oligoflexales

Proteobakterie ( lat.  Proteobacteria ) jsou nejpočetnější skupinou bakterií – 1534 druhů nebo asi třetina všech známých bakteriálních druhů [1] .

Proteobakterie jsou velmi heterogenní skupinou, do této skupiny patří jak eukaryotní symbionti , tak velké množství patogenních a oportunních mikroorganismů , foto- a chemotrofní druhy bakterií, autotrofní i heterotrofní . Všechny proteobakterie jsou gramnegativní , s vnější membránou postavenou z lipopolysacharidu . Skupina zahrnuje obligátní i fakultativní aerobní a anaerobní bakterie. Různé jsou i druhy pohybu, do skupiny patří jak bakterie s bičíky , tak i nepohyblivé bakterie a bakterie s tzv. „klouzavý“ typ pohybu.

Morfologicky je skupina také heterogenní: zahrnuje tyčinkovité bakterie a koky a spirálovité bakterie.

Carl Woese vyčlenil tuto skupinu v roce 1987 a vtipně ji nazval „fialové bakterie a jejich příbuzní“ [2] . Skupina byla izolována na základě analýzy nukleotidových sekvencí 16S rRNA , pojmenovaných po starořeckém bohu Proteovi , který věděl, jak libovolně měnit tvar (název proteobakterií odráží širokou škálu biochemických, fyziologických a morfologických vlastností, které jsou této skupině vlastní. ).

Na základě pravidel bakteriální nomenklatury je taxon Proteobacterium nelegitimní z důvodu absence definovaného typu nižšího taxonu [3] .

Taxonomie

Proteobakterie se dělí do tříd , označovaných písmeny řecké abecedy: Alfa- , Beta- , Gama- , Delta- a Epsilonproteobakterie . Rozdělení do tříd bylo provedeno také na základě analýzy 16S rRNA . Třídy proteobakterií alfa, beta, delta a epsilon jsou monofyletické [4] [5] [6] . Rod Acidithiobacillus  z třídy Gammaproteobacteria byl v roce 2013 převeden do třídy Acidithiobacilli [7] . Podle posledních údajů je tento rod parafyletický s ohledem na beta-proteobakterie [8] . Relativně nedávno byla popsána šestá třída - zeta-proteobakterie ( Zetaproteobacteria ), jejímž zástupcem je zatím jediný druh (izolovaný v čisté kultuře) - Mariprofundus ferrooxydans [9] , železo oxidující neutrofilní chemolitoautotrof, poprvé objevený u sopky Loihi v r. 1996 [10] .

Alfa proteobakterie

Třída alfa-proteobakterií zahrnuje velké množství fototrofů, dále sem patří symbionti eukaryot ( Rhizobium ), obligátní intracelulární parazité ( Rickettsia , Wolbachia ), bakterie kyseliny octové ( Acetobacter , Gluconacetobacter ) , bakterie schopné alkoholové fermentace ( Zymomona mobilis methylotrofy ( Methylobacteriaceae ). ). Z této skupiny pochází i domnělý předchůdce mitochondrií .

Beta-proteobakterie

Tato třída zahrnuje aerobní a fakultativní anaerobní bakterie. To zahrnuje jak chemoorganoheterotrofy, tak chemolitoautotrofy (např. nitrifikátory stupně I Nitrosomonadaceae , thiobakterie Thiobacillus ), fototrofní rody ( Rhodocyclus a Rubrivivax ). Do této skupiny patří také infekční agens: Burkholderia mallei (původce vozhřivky ) a Burkholderia pseudomallei (původce melioidózy ), Bordetella pertussis (původce černého kašle ) a rod Neisseria (patogeny meningitidy a kapavky ).

Gama proteobakterie

Tato třída zahrnuje jak fototrofní bakterie (například Chromatium  - fialové sirné anoxygenní bakterie), metanotrofy (například Methylococcus capsulatus ), tak bakterie klinického a vědeckého významu - čeledi Enterobacteriaceae , Vibrionaceae , Pseudomonadaceae , Francisellaceae , Legioneurellaceae a Pastionella.ceae Do této skupiny patří patogeny zvláště nebezpečných infekcí: Yersinia pestis , Francisella tularensis , Haemophilus influenzae , Legionella pneumophila a Vibrio cholerae , jakož i z vědeckého hlediska tak významný modelový organismus, jakým je Escherichia coli .

Delta-proteobakterie

Do této skupiny patří tak známé bakterie, jako jsou myxobakterie , schopné klouzavého pohybu a tvoření mnohobuněčných plodnic , dále známé bakterie redukující sírany ( Desulfovibrio , Desulfobacter , Desulfococcus , Desulfonema ) a sirné bakterie ( Desulfuromonas ). Patří sem také anaerobní železité bakterie ( Geobacter ). Zahrnuje také známé predátorské bakterie rodu Bdellovibrio , obligátní intracelulární bakterie rodu Lawsonia , chemolithotrofy rodu Hippea , schopné využívat síru a vodík jako zdroj energie. Třída zahrnuje aerobní i anaerobní bakterie, fakultativní anaeroby nejsou v této třídě známy. Většina anaerobů je schopna využívat anorganické akceptory elektronů , a tak provádět anaerobní dýchání . Zástupci třídy hrají důležitou roli v koloběhu prvků v přírodě.

Epsilon Proteobacteria

Patří sem řád Campylobacterales s čeledí Campylobacteraceae a Helicobacteraceae , včetně geochemicky významného rodu Sulfurospirillum [11] , původce lidských vředů Helicobacter pylori . Patří sem také symbionti trávicího traktu přežvýkavců Wolinella .

Fylogeneze proteobakterií

Poznámky

  1. ↑ Web Earth Life Web, Proteobakterie . Získáno 16. srpna 2008. Archivováno z originálu 11. října 2008.
  2. ↑ Woese CR Bakteriální evoluce  // Recenze  mikrobiologie a molekulární biologie. — Americká společnost pro mikrobiologii, 1987. - Sv. 51 , č. 2 . - str. 221-271 . — PMID 2439888 .
  3. ↑ Nomenklaturní typ příkazů: nutné opravy podle pravidel 15 a 21a Bakteriologického zákoníku (revize z roku 1990) a označení vhodného nomenklaturního typu ... (odkaz nepřístupný) . Získáno 16. srpna 2008. Archivováno z originálu dne 7. září 2008. 
  4. ↑ Noel R. Krieg, Don J. Brenner, James T. Staley. Bergey's Manual of Systematic Bacteriology: The Proteobacteria  (anglicky) . - Springer, 2005. - ISBN 978-0-387-95040-2 .
  5. ↑ Ciccarelli, F.D.; Doerks, T; Von Mering, C; Creevey, CJ; Snel, B; Bork, P. K automatické rekonstrukci vysoce vyřešeného stromu života  (anglicky)  // Science : journal. - 2006. - Sv. 311 , č.p. 5765 . - S. 1283-1287 . - doi : 10.1126/science.1123061 . — PMID 16513982 .
  6. ↑ Yarza, P; Ludwig, W; Euzéby, J; Amann, R; Schleifer, KH; Glöckner, F.O.; Rosselló-Móra, R. Aktualizace projektu All-Species Living Tree Project založeného na sekvenčních analýzách 16S a 23S rRNA  //  Systematická a aplikovaná mikrobiologie : časopis. - 2010. - Sv. 33 , č. 6 . - str. 291-299 . - doi : 10.1016/j.syapm.2010.08.001 . — PMID 20817437 . .
  7. ↑ Williams, KP; Kelly, DP Návrh na novou třídu v rámci kmene Proteobacteria, Acidithiobacillia classis nov., s typovým řádem Acidithiobacillales, a upravený popis třídy Gammaproteobacteria  //  Mezinárodní časopis systematické a evoluční mikrobiologie: časopis. - 2013. - Sv. 63 , č. Pt 8 . - S. 2901-2906 . - doi : 10.1099/ijs.0.049270-0 . — PMID 23334881 .
  8. ↑ Williams, KP; Gillespie, JJ; Sobral, BWS; Nordberg, E. K.; Snyder, EE; Shallom, JM; Dickerman, A. W.  Phylogeny of Gammaproteobacteria  // Americká společnost pro mikrobiologii. — Americká společnost pro mikrobiologii, 2010. - Sv. 192 , č.p. 9 . - S. 2305-2314 . - doi : 10.1128/JB.01480-09 . — PMID 20207755 .
  9. ↑ Rod Mariprofundus  : [ angl. ]  // LPSN .
  10. ↑ Emerson D. , Moyer CL Neutrofilní Fe-oxidující bakterie se hojně vyskytují v hydrotermálních průduchech Loihi Seamount a hrají hlavní roli při ukládání oxidu Fe.  (anglicky)  // Aplikovaná a environmentální mikrobiologie. - 2002. - Sv. 68, č.p. 6 . - S. 3085-3093. — PMID 12039770 .
  11. ↑ [https://web.archive.org/web/20080502223344/http://www.nature.com/nrmicro/journal/v4/n6/abs/nrmicro1414.html Archivováno 2. května 2008 na Wayback Machine The versatile [epsi]-proteobakterie: klíčoví hráči v sulfidických biotopech : Abstrakt : Nature Reviews Microbiology]

Viz také

Odkazy