Proteobakterie | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Escherichia coli | ||||||||||||
vědecká klasifikace | ||||||||||||
Doména:bakterieTyp:Proteobakterie | ||||||||||||
Mezinárodní vědecký název | ||||||||||||
Proteobakterie Stackebrandt a kol. 1986 | ||||||||||||
Podskupiny | ||||||||||||
Acidithiobacilla
Alfaproteobakterie
Betaproteobakterie
Gammaproteobakterie
Deltaproteobakterie
Epsilonproteobakterie
Zetaproteobakterie
Oligoflexie
|
||||||||||||
|
Proteobakterie ( lat. Proteobacteria ) jsou nejpočetnější skupinou bakterií – 1534 druhů nebo asi třetina všech známých bakteriálních druhů [1] .
Proteobakterie jsou velmi heterogenní skupinou, do této skupiny patří jak eukaryotní symbionti , tak velké množství patogenních a oportunních mikroorganismů , foto- a chemotrofní druhy bakterií, autotrofní i heterotrofní . Všechny proteobakterie jsou gramnegativní , s vnější membránou postavenou z lipopolysacharidu . Skupina zahrnuje obligátní i fakultativní aerobní a anaerobní bakterie. Různé jsou i druhy pohybu, do skupiny patří jak bakterie s bičíky , tak i nepohyblivé bakterie a bakterie s tzv. „klouzavý“ typ pohybu.
Morfologicky je skupina také heterogenní: zahrnuje tyčinkovité bakterie a koky a spirálovité bakterie.
Carl Woese vyčlenil tuto skupinu v roce 1987 a vtipně ji nazval „fialové bakterie a jejich příbuzní“ [2] . Skupina byla izolována na základě analýzy nukleotidových sekvencí 16S rRNA , pojmenovaných po starořeckém bohu Proteovi , který věděl, jak libovolně měnit tvar (název proteobakterií odráží širokou škálu biochemických, fyziologických a morfologických vlastností, které jsou této skupině vlastní. ).
Na základě pravidel bakteriální nomenklatury je taxon Proteobacterium nelegitimní z důvodu absence definovaného typu nižšího taxonu [3] .
Proteobakterie se dělí do tříd , označovaných písmeny řecké abecedy: Alfa- , Beta- , Gama- , Delta- a Epsilonproteobakterie . Rozdělení do tříd bylo provedeno také na základě analýzy 16S rRNA . Třídy proteobakterií alfa, beta, delta a epsilon jsou monofyletické [4] [5] [6] . Rod Acidithiobacillus z třídy Gammaproteobacteria byl v roce 2013 převeden do třídy Acidithiobacilli [7] . Podle posledních údajů je tento rod parafyletický s ohledem na beta-proteobakterie [8] . Relativně nedávno byla popsána šestá třída - zeta-proteobakterie ( Zetaproteobacteria ), jejímž zástupcem je zatím jediný druh (izolovaný v čisté kultuře) - Mariprofundus ferrooxydans [9] , železo oxidující neutrofilní chemolitoautotrof, poprvé objevený u sopky Loihi v r. 1996 [10] .
Třída alfa-proteobakterií zahrnuje velké množství fototrofů, dále sem patří symbionti eukaryot ( Rhizobium ), obligátní intracelulární parazité ( Rickettsia , Wolbachia ), bakterie kyseliny octové ( Acetobacter , Gluconacetobacter ) , bakterie schopné alkoholové fermentace ( Zymomona mobilis methylotrofy ( Methylobacteriaceae ). ). Z této skupiny pochází i domnělý předchůdce mitochondrií .
Tato třída zahrnuje aerobní a fakultativní anaerobní bakterie. To zahrnuje jak chemoorganoheterotrofy, tak chemolitoautotrofy (např. nitrifikátory stupně I Nitrosomonadaceae , thiobakterie Thiobacillus ), fototrofní rody ( Rhodocyclus a Rubrivivax ). Do této skupiny patří také infekční agens: Burkholderia mallei (původce vozhřivky ) a Burkholderia pseudomallei (původce melioidózy ), Bordetella pertussis (původce černého kašle ) a rod Neisseria (patogeny meningitidy a kapavky ).
Tato třída zahrnuje jak fototrofní bakterie (například Chromatium - fialové sirné anoxygenní bakterie), metanotrofy (například Methylococcus capsulatus ), tak bakterie klinického a vědeckého významu - čeledi Enterobacteriaceae , Vibrionaceae , Pseudomonadaceae , Francisellaceae , Legioneurellaceae a Pastionella.ceae Do této skupiny patří patogeny zvláště nebezpečných infekcí: Yersinia pestis , Francisella tularensis , Haemophilus influenzae , Legionella pneumophila a Vibrio cholerae , jakož i z vědeckého hlediska tak významný modelový organismus, jakým je Escherichia coli .
Do této skupiny patří tak známé bakterie, jako jsou myxobakterie , schopné klouzavého pohybu a tvoření mnohobuněčných plodnic , dále známé bakterie redukující sírany ( Desulfovibrio , Desulfobacter , Desulfococcus , Desulfonema ) a sirné bakterie ( Desulfuromonas ). Patří sem také anaerobní železité bakterie ( Geobacter ). Zahrnuje také známé predátorské bakterie rodu Bdellovibrio , obligátní intracelulární bakterie rodu Lawsonia , chemolithotrofy rodu Hippea , schopné využívat síru a vodík jako zdroj energie. Třída zahrnuje aerobní i anaerobní bakterie, fakultativní anaeroby nejsou v této třídě známy. Většina anaerobů je schopna využívat anorganické akceptory elektronů , a tak provádět anaerobní dýchání . Zástupci třídy hrají důležitou roli v koloběhu prvků v přírodě.
Patří sem řád Campylobacterales s čeledí Campylobacteraceae a Helicobacteraceae , včetně geochemicky významného rodu Sulfurospirillum [11] , původce lidských vředů Helicobacter pylori . Patří sem také symbionti trávicího traktu přežvýkavců Wolinella .
Fylogeneze proteobakterií | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||